COIN PRESSE PHILOSOPHIE HISTORY OF BIOLOGY PHILOSOPHY JOURNALIST'S CORNER

Stabilisation sélective   Selective stabilization  
Philosophie: récursivité et création   Philosophy: recursivity and creation  
Implications philosophiques de la Biologie Moléculaire   Philosophical consequences of Molecular Biology  

Epistémologie   Epistemology  
Histoire des Sciences   History of Sciences

In green: popularisation of Science; fr une vue générale en français se trouve au Chapitre 4 du résumé d'activité

hkuprc This sign indicates that the corresponding work has been performed with or at the HKU-Pasteur Research Centre in Hong Kong


1973-1981 [Selective stabilization as a general principle for embedding "discoveries" in material systems]

JP Changeux, P Courrège, A Danchin
A theory of the epigenesis of neuronal networks by selective stabilization of synapses
Proc Natl Acad Sci U S A (1973) 70: 2974-2978
pubmed pnas pdf

fr A Danchin, JP Changeux
Apprendre par stabilisation sélective de synapses en développement
In: "L'Unité de l'Homme" (Centre Royaumont pour une Science de l'Homme) Le Seuil (1974): 320-350

fr A Danchin
L'inné et l'acquis: une théorie sélective de l'apprentissage
La Recherche (1974) 5: 184-187 (repris dans des ouvrages généraux, traduit en espagnol et en italien)

fr P Courrège, A Danchin
Apprentissage et changement dans le système nerveux central
Colloque de Cerisy-la-Salle, Change (ed. 10/18) (1975): pp 60-73

italia A Danchin
I principi biologici della comunicazione
Enciclopedia della Scienza et della Technica (Annuaria 75 EST)
Mondadori (1975): 151-160

JP Changeux, A Danchin
Selective stabilisation of developing synapses as a mechanism for the specification of neuronal networks
Nature (1976) 264: 705-712 pubmed pdf

A Danchin
A selective theory for the epigenetic specification of the monospecific antibodyText production in single cell lines
Ann Immunol (Paris) (1976) 127: 787-804 pubmed

JP Changeux, A Danchin
Biochemical models for the selective stabilisation of developing synapses
SES Symposium Book (WL Nastuk and GA Cottrell, eds.)(1977)

fr A Danchin
Stabilisation fonctionnelle et épigenèse: une approche biologique de la genèse de l'identité individuelle
In: "L'Identité" (JM Benoist, ed) Grasset (1977): 185-221 pdf

frLe dialogue entre préformation et épigenèse est au cœur de la vie. Ce qui est transmis de façon héréditaire et stable, est une règle de mise en place. Cette règle a la particularité d'offrir des choix multiples. Cela se remarque aussi bien dans le système nerveux, que le système circulatoire ou le système immunitaire. L'interaction  avec l'environnement (qui ne peut être le même pour deux individus), conduit à la sélection, par stabilisation (simple pérennité) d'une partie de ce qui a été offert initialement. On a là la base de l'apprentissage, et de la genèse de l'identité.   ukusThe dialogue between preformation and epigenesis is at the core of life. A construction rule is what is transmitted through heredity. This rule offers multiple choices. This can be seen most easily in the nervous system, the blood system or the immune system. The interaction with the environment (which cannot be the same for two individuals), leads to the selection, by a stabilisation process (ensuring perennity) of a fraction of what has been offered initially as choices. This is the basis for learning, as well as for the generation of identity.

fr A Danchin
Spécification épigénétique des réseaux nerveux par stabilisation fonctionnelle de synapses en développement
In: "Neurobiologie de l'Apprentissage" (R Delacour, ed) Masson (1978): 198-209

A Danchin
The specification of the immune response: a general selective model
Mol Immunol (1979) 16: 515-526 pubmed

fr A Danchin
"The self and its brain" by K Popper et J Eccles [
Book review]
La Recherche (1979) 96: 89-90

fr A Danchin
"La Dominance cérébrale" (H Hécaen) [
Book review]
L'Homme (1979) 19: 86-87

fr A Danchin
Note critique sur l'emploi du terme phénocopie
In: "Théories du langage, théories de l'apprentissage" (CRSH)
Le Débat Chomsky-Piaget, Le Seuil (1979) pp 109-114 (traduit en anglais en 1981)

fr A Danchin
Comment peut-on parler de l'automate cérébral aujourd'hui ?
Revue Philosophique (1980) No3: 287-304

frDepuis le XVIIIe siècle la philosophie a été envahie par un "biologisme" mécaniste. La Mettrie en est l'un des meilleurs exemples. D'où la tentation de parler de l'automate cérébral comme d'un automate (servo-)mécanique. La science du calcul, qui est en révolution depuis le début des années 1930 ne s'accomode pas de la mécanique, même de sa forme élaborée en servo-mécanisme. Il existe en effet un rôle essentiel du lieu du calcul dans son développement. Si, donc, on devait encore parler d'automate cérébral, il serait essentiel de le placer dans le lieu où il apprend sans cesse, dans son environnement. En quelque sorte les approches kantienne doivent s'incarner pour prendre en compte la réalité de l'objet qu'est le cerveau.   ukSince the time of "enlightment" philosophy has been continously invade by a mechanicist "biologism". Julien Offroy de la Mettrie is one of the best examples of this tendency. Hence the images of the brain automaton as a (servo-)mechanism (mostly controlled by feedback cybernetic processes). In contrast the science of computation, which is witnessing a revolution since the early '30s cannot accomodate mechanics, even considering servo-mechanism. It is indeed imbedded in a development where the situation of computation in time and space plays a crucial role. If, then, one still had to speak about a brain automaton, it would be essential to place it in the place where is learns, in its environment. In a way, the kantian views must become flesh, to take into account the brain object.

fr JP Changeux, P Courrège, A Danchin, JM Lasry
Un mécanisme biochimique pour l'épigenèse de la jonction neuro-musculaire
C R Séances Acad Sci III (1981) 292: 449-453 pubmed

italia A Danchin
Tempi critici dell'apprendimento, tempo critici dello sviluppo.
In: Le Frontiere del tempo (R Romano, ed.) Il Saggiatore (1981): 165-181

frLes théories sélectives, malgré leur difficulté conceptuelle (l'esprit humain tend spontanément à chercher un moteur à toutes choses), sont remarquablement puissantes. Le principe de stabilité dans le temps leur donne un pouvoir créateur exceptionnel. Les travaux ici décrits combinent plusieurs approches menées au sein d'un séminaire régulier tenu le mercredi après-midi à l'Institut de Biologie Physico-Chimique de 1971 à 1977. L'application de ces principes à la réponse immune a permis l'écriture d'un modèle ancestral de ce qui a constitué plus tard les théories des réseaux neuromimétiques.   ukusIn spite of their conceptual difficulty (the human mind tends to look first for an external driving principle in all things), selective theories provide remarkably powerful explanations. The principle of stability in time provides them with an exceptional power of creation. The work published here combine several approaches discussed during a weekly seminar held at the Institut de Biologie Physico-Chimique on wednesday afternoons from 1971 to 1977. Application of the principle to the immune response, in collaboration with Gabriel Ruget, led to the design of a first model for neuronal networks.

fr A Danchin
Le pilote fantôme (le cerveau et la conscience)
Le Débat (1982) 21: 123-130

fr A Danchin
Les bases cérébrales du langage
Le Débat (1987) 47: 158-171

A Danchin
Biological foundations of language: a comment on Noam Chomsky's approach of syntactic structures
In: Noam Chomsky: Consensus and Controversy. (Ed. Drs S& C Modgil) (1987) pp 29-39

A Danchin
Biological foundations of language: a reply to Dr. Marshall
In: Noam Chomsky: Consensus and Controversy. (Ed. S& C Modgil) (1987) pp 50-52

fr A Danchin
Signes Immuns
In: "Prospective et Santé": Immunologie, nouvelle frontière (1987) 42: 15-19

fr A Danchin
Concept et langue, question de neurologie
Colloque Transcultura, (1988), Louvain-la-Neuve
In: "Connaissance et Réciprocité" (ed. Ciaco), pp 41-56

A Danchin
Noama Chomsky'ego Proba Rewolucji Naukowej
IFiS Publishers (1996) Tom 2 pp 193-208

La réflexion poursuivie pour comprendre les conséquences de la stabilisation sélective d'un réseau de neurones conduit à s'interroger sur la nature du langage. Une conjecture mérite d'être explorée, autour du concept d'homéostasie, et qui reprend l'idée que c'est de la faiblesse que vient la force: c'est parce que les réseaux neuroniques ne peuvent être programmés avec certitude, pour réaliser des homéostats exacts, qu'ils conduisent à la répétition de réseaux approximatifs quasi-homéostatiques. Ces réseaux ont la propriété de conduire à un balayage endogène du système, qu'on peut proposer comme à l'origine de la conscience, dès que les structures linguistiques ont été mises en place, à la suite d'une duplication primitive.

Un ensemble de travaux non publiés, rassemblés sous la forme d'une série de manuscrits reliés par Philippe Courrège décrit un certain nombre des conjectures élaborées durant ces années.

  The conceptual consequences of the principle of selective stabilization of neuronal networks ask questions about the nature of language. A deep conjecture  about its consequences needs to be explored, around the concept of homeostasis. It starts from the very simple idea that strength comes from weakness: it is because neuronal networks cannot be exactly programmed to make accurate homeostats that they lead to repeats of approximate structures that are quasi-homeostatic. Such networks have the interesting property that they can trigger an automatic scanning process of the network. Why not propose this at the origin of consciousness, once the linguistic structures have appeared, perhaps as the consequence of another approximation, a duplication of a primitive structure. This was the root of a dialog between biology and formal properties of syntactic structures proposed by Noam Chomsky.
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1980-2004 [Philosophy: at the root of the exploration of genomes, paths meant to solve Kant's aporia]

fr A Danchin
La Permanence et le Changement
Le Débat (1981) 15: 106-114

A Danchin
Permanence and Change
Substance (1983) 10: 25-35

A Danchin
italia Epigenesi
Prometeo (1984) 5: 34-43
fr Epigenèse
Aprendizagem desenvolvimento (1985) 2: 9-15

fr A Danchin
Hérédité génétique, hérédité épigénétique
Confrontations psychiâtriques (1986) 27: 43-61

A Danchin
Order and Necessity
In "From enzyme adaptation to natural philosophy: heritage from J Monod" (E Quagliariello, G Bernardi, A Ullmann, Eds) Elsevier Sciences Publishers. (1987) pp 187-196 (Symposium "J Monod and molecular biology, Yesterday and Today". Trani. Italy: 13-15 dec 1986) pdf

Dans cette conférence à l'occasion du dixième anniversaire de sa mort, j'ai montré que l'épigraphe du livre célèbre de Jacques Monod, Le Hasard et la Nécessité, la citation qu'il attribue à Démocrite ne peut être correcte, mais que, bien au contraire, la pensée Grecque supposait le règne de l'ordre, et que les choses évoluent par l'exploration. Je montrais de plus que le concept d'entropie était associée de façon erronée au désordre, alors que, là encore, il aurait fallu l'associer à l'exploration. Quelques conséquences biologiques de ces observations étaient aussi discutées.   In this lecture in memory of the tenth anniversary of his death, I showed that the epigraph of the famous book of Jacques Monod, Chance and Necessity, the quotation he attributes to Democritus cannot be correct, but that, in contrast, there was rule of order in Greek thought that allowed things to evolve through exploration. I further argued that the concept of entropy was wrongly associated to disorder, instead of, once again exploration. Some biological consequences of these views were also discussed.

A Danchin
The tree and the ring. Hierarchical and acentered structures in biology [
a paper in System's Biology that exposes the function of closure in creating global behaviour]
The Cancer Journal (1989) 2: 285-287

fr A Danchin
La Permanence et le Changement
Repris avec modifications dans "La Querelle du Déterminisme" (K Pomian, ed.) Gallimard, 1990

italia A Danchin
Permanenza e cambiamento
In: "Sul determinismo. La filosofia della scienza oggi." a cura di Krzysztof Pomian. Il Saggiatore (1991) pp 103-118

fr A Danchin
Hasard et biologie moléculaire
In: "Le hasard aujourd'hui" (Entretien avec Emile Noel) Ed. Le Seuil (1991): pp 111-125

fr A Danchin
Une Image inattendue de l'Identité, l'Image alphabétique
XXXIVes Rencontres Internationales de Genève 1993 - "Nos Identités" (1994) Editions de la Baconnière - Boudry-Neuchâtel (Suisse) pp 209-250

fr A Danchin
La métaphore alphabétique de l'hérédité génétique
Revue Internationale de Psychopathologie (1993) 13: 859-883 [enregistrement sonore; introduction par Alex Mauron ; suivi d'un entretien avec Marino Buscaglia... [et al.]. - Genève : Laboratoire audiovisuel universitaire [prod.], 1993. - 2 cassettes sonores (90, 25 min.)]

A Danchin
On genomes and cosmologies
In: "Integrative Approaches to Molecular Biology" (J Collado-Vides, B Magasanik and TF Smith eds), The MIT Press (1996) pp 91-111 pdf

fr A Danchin
La profondeur critique : une conséquence de la métaphore alphabétique de l'hérédité
Bulletin d'Histoire et d'Epistémologie des Sciences de la Vie (1997) 4: 1-36

A Danchin
The Delphic boat or what the genomic texts tell us
Bioinformatics (1998) 14: 383
pubmed  bioinformatics

fr A Danchin
La Barque de Delphes, ce que révèle le texte des génomes
Odile Jacob, (1998)
  delphes

fr A Danchin
Séquençage des grands génomes et médecine.
In: "Biomedecine 2000 - Faits et réflexions sur les systèmes de santé de l'an 2000" Henri Joly ed, Lavoisier (1996) pp 125-131

fr A Danchin
Génomes et évolution
Annales de l'Institut Pasteur/Actualités (2001) 11: 9-18

fr A Danchin, D Mange
Le Vivant et la Machine de Turing
La Recherche (2001) 345: 88-93

HKU_Pasteur
A Danchin
The Delphic Boat. What genomes tell us, Harvard University Press (2003)
[ comment in EMBO Reports, comment in Nature Genetics, comment in Nature pdf, comment in the American Journal of Human Biology pdf, comment in Magyar A genetikai identitás (a memóriától a manipulációig) , see also a surprising but unfortunately politically significant example of "bushism" in science, a comment in the American Scientist, under the revealing label 'French symbolism'! To check the incredible stupidity of the comment, please read the book and test your intellectual background; the improbable author of the book review certainly did not. As an example (but all the review goes along many similar totally lazy illiterate readings) the reviewer ascribes to the author of the book the contention that "The concept of energy, [the author] curiously ascribes to Mesmer...", which, of course, is a totally fanciful view of what is in the book... The rest is even more comical. Reviewers should have some general intellectual education (and be knowledgeable in domains other than their strict technical competence) and read first, before reviewing, and should not invent data as irreal as the "arms of mass destruction" in Iraq!] Delphes

A Danchin, S Noria
Genome structures, operating systems and the image of the machine
In: Molecules in time and space. Bacterial shape, division and phylogeny (M Vicente, J Tamames, A Valencia, J Mingorance, eds) Kluver (2004) pp 195-208pdf

A Danchin
Genome diversity: A grammar of microbial genomes
ComPlexUs (2004/2005) 2: 61-70
turing_machines

"Il ne peut pas y avoir de commencement; mais tout a un début"? Ce paradoxe apparent remarquablement redit par Kant, anime la philosophie depuis des millénaires. La science elle-même est le plus souvent une science des origines, quand elle ne se tient pas à l'Eternel Retour. Nous proposons l'exploration d'une alternative: le Monde est le déploiement d'un commencement. Ou bien encore, la Création est postérieure au Monde. Parmi les découvertes les plus récentes de la conceptualisation du Monde l'idée de la récursivité, au sein même des objets les plus simples, ceux de l'arithmétique, indique la voie à suivre. Ne serait-ce pas cette voie qu'explore la matière lorsqu'elle se fait Vie? C'est toute la question de nos approches les plus récentes, et la raison même de chercher à comprendre ce que sont les génomes...   "There is no beginning, but everything starts from an origin"? Kant has remarkably pointed out this paradox that is at the core of Philosophy for the past millenia. Science is indeed often a science of the origins, when it does not care for cycles and Eternal Return. We propose to explore an alternative: the World is the unfolding of a permanent Beginning. Said elseways: Creation postdates the World. Among the most recent discoveries in the conceptualisation of the World (Reality) the idea of recursivity, within the simplest objects, those of arithmetics, suggests a path to follow. Would not it be that path that matters follows when it becomes Life? This is the core of the question within our most recent approaches, and the very driving principle that led us to try and understand the nature of genomes...
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1974-1985 [The principles of Molecular Biology and their formal consequences]

fr A Danchin
Règles de réécriture en biologie moléculaire
Change (1974) 19: 10-24

Dans sa leçon inaugurale au Collège de France, François Jacob s'interrogeait sur les analogies possibles entre la structure du langage écrit, et le programme génétique. Un peu plus tard il en débattait avec le linguiste Roman Jakobson. Ce thème a été le déclencheur des travaux d'Antoine Danchin sur le rôle de la "ponctuation secondaire" dans le phénomène de traduction du message génétique, et c'est ce qu'il expose dans ce texte de la revue Change (Seghers), après avoir découvert une fonction inattendue de la ponctuation secondaire chez les bactéries.   In his inaugural lesson at the Collège de France, François Jacob reflected about possibly analogies between the structure of the written language and that of the genetic programme. A few years later he discussed the topic with the linguist Roman Jakobson. This theme has initiated the experimental work of Antoine Danchin on the role of "secundary punctuation" in the process of tranlation of the genetic message. This is discussed in this text of the journal Change (Seghers), after he had uncovered an unexpected function of secundary punctuation in bacteria.

fr A Danchin
La relecture du message génétique
La Recherche (1977) 83: 989-991

fr A Danchin
Ordre et Dynamique du Vivant. Chemins de la Biologie Moléculaire
Le Seuil (1978) 350 p

fr A Danchin
Entropie et Ordre Biologique
La Recherche (1978) 92: 788-791

italia A Danchin
Macromolecole
Enciclopedia Einaudi (1979) 8: 660-690

italia A Danchin
Metabolismo
Enciclopedia Einaudi (1980) 9: 141-159

italia A Danchin
Organico-Inorganico
Enciclopedia Einaudi (1980) 10: 108-134

italia A Danchin
Osmosi
Enciclopedia Einaudi (1980) 10: 253-277

fr A Danchin
Liaisons biochimiques faibles
Encyclopaedia Universalis sup 1980: 867-868

fr A Danchin
Règles de réécriture en biologie moléculaire
Le Débat (1980) 3: 111-113

italia A Danchin
Vita
Enciclopedia Einaudi (1981) 14: 1145-1205

italia A Danchin
Eredità
Enciclopedia Einaudi (1982) 15: 215-225

italia A Danchin
Evoluzzione
Enciclopedia Einaudi (1982) 15: 233-243

italia A Danchin
Organico/Inorganico
Enciclopedia Einaudi (1982) 15: 458-468

italia A Danchin
Organismo
Enciclopedia Einaudi (1982) 15: 469-479

fr A Danchin
L'Oeuf et la Poule
Histoires du Code Génétique, Fayard ed., (1983, livre de poche 1986) 282 p
jpin Japanese, 1985
pt O Ovo e a Galinha - Historias do codigo genetico; Relogio d'Agua, Rua Sylvio Rebelo, 15, 1000 Lisboa) (1993). Translation: Ana Luisa Faria

fr A Danchin
Les surprises de la génétique moléculaire.
In: L'Etat des Sciences et des Techniques (1983) pp 206-211, Maspero

La période considérée recouvre l'apogée du développement des grands concepts de la biologie moléculaire. Résultat d'un cours de quatre années à l'Ecole Polytechnique, Ordre et Dynamique du Vivant tente d'en extraire les plus importants par leurs conséquences pratiques et philosophiques. Une partie significative de cette réflexion est développée en Italien italia.   After the discovery of the genetic code in the mid-sixties, molecular biology developed most of its major concepts. Ordre et Dynamique du Vivant (not translated) tries to extract those that have the most important consequences in terms of practice and philosophical questioning. A significant part of this reflection is published in Italian italia.

fr A Danchin
Génétique moléculaire
Encyclopaideia Universalis (1984) sup 84: 355-358

fr A Danchin
L'explication de la vie : perspectives et questions
Le Débat (1990) 60: 302-308

fr A Danchin
Hasard et biologie moléculaire
In: "Le hasard aujourd'hui" (Entretien avec Emile Noel) Ed. Le Seuil (1991): pp 111-125

it A Danchin
Il Linguaggio della vita
Nuova Secondaria Editrice La Scuola, (1999) XVII: 20-24 fr

fr A Danchin
De la fonction à la structure, l'apport de la génomique
BioFutur 191: 14-18

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1978-2010 [Epistemology]

fr A Danchin
Entropie et Ordre Biologique
La Recherche (1978) 92: 788-791

Le second principe de la thermodynamique n'implique pas une augmentation du désordre.  

The second law of thermodynamics does not necessarily imply an increase in disorder.

fr A Danchin
Placage et modèles totalitaires.
In: "Elaboration et justification de modèles" (P Delattre, M Thellier, eds.) Maloine (1979): pp 39-56

fr A Danchin
Thèmes de la biologie. I. Théories instructives
Revue des questions scientifiques (1979) 150: 151-164

fr A Danchin
Thèmes de la biologie. II. Théories sélectives
Revue des questions scientifiques (1979) 150: 323-337 (repris, avec l'article précédent, dans la revue portugaise Aprendizagem-Desenvolvimento, (1981) 1: 65-68; 1 , 51-54)

A Danchin
Conjectures and refutations
In: "Origins of Molecular Biology, a Tribute to Jacques Monod" (A Lwoff, A Ullmann, ed) Academic Press (1979): 243-246

A Danchin
Progressing towards the end of progress [
comment]
Trends in Biochem Sci (1979) 4: 217-219

A comment on Paradoxes of Progress by Gunther Stent, who reacted very negatively: Yet, “It turned out to be not prescient at all, but was dead wrong,” Dr. Botchan said. “New methods were developed regarding the recombinant DNA, and surprising unexpected discoveries are being made in an exponential way.” Dennis Hevesi The New York Times

fr A Danchin
L'invasion du biologisme
Le Débat (1980) 2: 66-81

fr A Danchin
La Permanence et le Changement
Le Débat (1981) 15: 106-114
it A Danchin
Permanenza e cambiamento
In: "Sul determinismo. La filosofia della scienza oggi." a cura di Krzysztof Pomian. Il Saggiatore (1991) pp 103-118

fr A Danchin
Expérience et Méthode
Le Débat (1985) 35: 80-86

fr A Danchin
Nature ou Culture
Le Débat (1985) 36: 20-24

fr A Danchin
René Thom l'Aristotélicien. (Esquisse d'une sémiophysique, InterEditions 1988)
La Recherche (1989) 210: 508

fr A Danchin
Les frères Bogdanov, Jean Guitton et Dieu : Dieu est-t-il thermodynamicien ?
La Recherche (1991) 237: 1352-1353

The ravage of age and Jean Guitton's gullibility, and the Bogdanov's hoax.

A Danchin
Science and Technology: A Western imbroglio
Projections (1992) 7/8: 39-48

fr A Danchin
La science hors d'elle-même ? La science et les modèles du savoir
Esprit (1993) 191: 85-90

A Danchin 唐善 • 安東
"Lun Ke Xue Mou Shi"
In: Shi hua xia 市 华 夏 Editions 93 de l'Université Sun Yat Sen (Zhong Shan Da Xue 中山大學) Canton (Guang Zhou 廣州) (1993) pp 231-246

A Danchin
The models of knowledge
Enciclopedia Multimediale delle Scienze Filosofiche (Multi-Media Encyclopaedia of the Philosophical Sciences)
Philosophy and Current Affairs: Videotape

fr A Hénaut, A Danchin
Informatique et génomes ou l'expérimentation in silico
La Lettre du GREG (1995)

fr A Danchin
Nankin 1965 - 1996: Mémoires chinois .
In: Culture: Diversité et coexistence dans le dialogue Chine - Occident, Actes du colloque international de Nanjing (1998) pp 149-156

A Danchin
By way of introduction: some constraints of the cell physics that are usually forgotten, but should be taken into account for in silico genome analysis
Biochimie (1996) 78: 299-301
pubmed

fr A Danchin
Dialogue entre Chine et Occident: une question d'énergie potentielle
In: "La Licorne et le Dragon" - Les Malentendus dans la Recherche de l'Universel - (Ed  D Yue, A Le Pichon) Peking University Press (1996) pp 66-77
Texte de l'ouvrage : article page 215 licorne

fr A Danchin
Silice, basophiles et comités de lecture
La Recherche (1998) 310: 85-87

fr A Danchin
La Barque de Delphes, ce que révèle le texte des génomes
Odile Jacob, (1998)
  delphes

A Danchin
From protein sequence to function
Curr Opin Struct Biol (1999) 9: 363-367 pubmed pdf

A Danchin
From function to sequence, an integrated view of the genome texts
Physica A (1999) 273: 92-98

HKU_Pasteur
A Danchin
Sheng wu ji shu jie he dian; meng huw xian shi?
In: Yin te wang chuang xin ji tou zi - lai zi hua er jie he gui gu de bao gao
published by the Chinese Association for Science and Business ( The biotech connection: dream or reality?) (2000) 166-179
HKU_Pasteur
A Danchin
Zi ran yu ren wei (en Chinois) ( Nature and Artifice)

Ke xue yu ren wen, Transcultural Dialogue (2000), Yue Daiyun, 樂 黛雲 (乐 黛云) ed., Beijing University Press 5: 1-9

HKU_Pasteur
italia A Danchin
Dalla funzione alla struttura
Prometeo (2000) 71: 24-29
HKU_Pasteur
italia A Danchin
 II modi di produzione del sapere: esiste une specificità occidentale?
In " Tecnocrazia " Kéiron (2001) 9: 52-62
HKU_Pasteur
fr A Danchin
 Nature et artifice [Nature and Artifice]
Alliage (2001) 45-46: 125-133 
HKU_Pasteur
A Danchin
delphic
The Delphic Boat. What genomes tell us, Harvard University Press (2003)
[comment in EMBO Reports, comment in Nature Genetics, comment in Nature pdf, comment in the American Journal of Human Biology pdf, in Human Biology, comment in Magyar: A genetikai identitás (a memóriától a manipulációig) hu-flag, see also other references and comments at our "Philosophy" publications page]

en-flagLiving organisms are those material systems that tamed processes allowing them to survive in an unpredictable world. To do so they organised a way to probe and explore their environment, while keeping a memory of what it is. This memory was progressively built up by combining modules that can be used and reused in completelly different contexts. Hence, complex systems can be built up in a combinatorial approach, in a highly discontinuous way resulting from reassignment of functions for pre-selected modules. The specific case of the transparency of the lens (or of the bodyText of some animals) is used to show how systems composed of multiple elements can progressively be used to make new functions emerge.

 

fr-flagLes organismes vivants sont les systèmes matériels qui ont domestiqué des processus capables de leur permettre de survivre dans un environnement imprévisible. A cette fin, ils ont organisé une façon de percevoir et d'explorer leur environnement, tout en gardant la mémoire de ce qu'il est. Cette mémoire a été constituée peu à peu par la combinaison de modules qui peuvent être utilisés et réutilisés dans des contextes différents. En conséquence des systèmes complexes s'élaborent par une combinatoire, d'une façon très discontinue, du fait qu'elle résulte de la réattribution des fonctions de modules pré-existants. Le cas de la transparence du cristallin (ou du corps de certains animaux) est choisi pour montrer comment des systèmes formés d'éléments multiples peuvent voir émerger de nouvelles fonctions.

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1977-present [History of Sciences]

fr A Danchin
Physique, chimie, biologie : un demi-siècle d’interactions, 1927-1977
In: "Cinquantième anniversaire de l'Institut de Biologie Physico-Chimique " Fondation Edmond de Rothschild, Les Presses Artistiques, Paris (1977): 53-97

Avant-Propos: Au  moment de la création de l'Institut de Biologie Physico-Chimique, la science, à la fois pour des raisons épistémologiques et technologiques, se trouvait séparée en compartiments artificiels selon une classification hiérarchique résumée au milieu du siècle dernier par Auguste Comte: Mathématiques, Physique, Chimie, Biologie. Mais le développement des idées qui conduisait à une conception unitaire de la science atteignait à cette époque un point culminant. Dans son allocution à l'occasion du 25e anniversaire de la fondation de l'Institut de Biologie Physico-Chimique, André Mayer, Professeur au Collège de France et Directeur du Service de Physiologie, distinguait trois cas où la création d'une institution de recherche est nécessaire: celui où cette institution doit donner refuge à la liberté de recherche menacée par un conformisme imposé, ainsi est né le Collège de France; le second cas est celui où l'on veut rassembler des hommes de science avec des praticiens voués à l'application des découvertes, et ce fut la raison de la création de l'Institut Pasteur; le troisième cas est celui où l'on veut faire vivre et travailler côte à côte des chercheurs de différentes disciplines sur des problèmes aux frontières de ces disciplines, et c'est ce qu'a voulu faire le baron Edmond de Rothschild en fondant l'Institut de Biologie Physico-Chimique. [suite]  

italia A Danchin
Jacob
I protagonisti della storia universale
Nuova CEI (1980)

fr A Danchin
L'Oeuf et la Poule
Histoires du Code Génétique, Fayard ed., (1983, livre de poche 1986) 282 p
in Japanese, 1985
O Ovo e a Galinha - Historias do codigo genetico, Editeur: Relogio d'Agua, Rua Sylvio Rebelo, 15, 1000 Lisboa) (1993). Traduction: Ana Luisa Faria

fr A Danchin
Préface à la traduction de Schrödinger "What is life?"
(1986) C Bourgois. pp 7-28

Dans ce livre remarquable Schrödinger postule que le support de l'hérédité se comporte comme un "cristal apériodique", préfigurant la découverte de la double hélice. Ce texte est cependant placé dans l'idéologie du temps (1944) où la dégradation des choses joue un rôle central. Marqué par cette idée il voit la vie comme une lutte contre l'augmentation de l'entropie, mais il remarque avec raison que cela correspond mal avec la physique des phénomènes, où finalement, l'entropie minimale serait celle du cristal proche du zéro absolu. Ce n'est pas vraiment ce qu'on remarque dans la vie...   In this prescient book Schrödinger postulates that heredity behaves as if borne by an "aperiodic crystal", thus foreseeing the discovery of the double helix. This text is however marked by the ideology of the time (1944), obsessed by the idea of degradation. This made him see life as a perpetual fight against the increase of entropy, but he notes that this would not fit with what his colleagues physicists would think. After all the lowest entropy would be found in a crystal at zero Kelvin, not quite life conditions....

A Danchin
"High-dilution" experiments a delusion
Nature (1988) 334: 286

A Danchin
Origin of mutants disputed
Nature (1988) 336: 527

uk-flagCairns started a heated debate about the possibility of directed mutations ("adaptive mutations") in bacteria. This lettre challenges this interpretation by showing that the experimental setup is heavily biased. A series of experiments, performed with students of the Microbiology course at the Institut Pasteur de Paris later on demonstrated that bacteria could only be Lamarkian if they were very intelligent organisms! Modulation of mutagenesis under stressful conditions is enough to give rise to the behaviour observed.   fr-flagCairns a déclenché un débat houleux en croyant démontrer l'existence de mutations orientées chez les bactéries. Cette lettre met en doute cette interprétation en montrant que les conditions sont biaisées. Des expériences réalisées avec les étudiants du cours de Microbiologie de l'Institut Pasteur on démontré plus tard que si les bactéries étaient Lamarckistes, c'est qu'elles seraient très intelligentes. La modulation du taux de mutation dans des conditions difficiles suffit à rendre compte des observations.

fr A Danchin
René Thom l'Aristotélicien. (Esquisse d'une sémiophysique, InterEditions 1988)
La Recherche (1989) 210: 508

fr A Danchin
Un retour des objections créationistes ? 20
La Recherche (1989)

A Danchin, C Médigue, O Gascuel, H Soldano, A Hénaut
From data banks to data bases [
keywords: Data bank, Data base, Library; B. subtilis, E. coli, Nucleotide and protein sequences, Updating, Learning techniques, In silico.]
Res Microbiol (1991) 142: 913-916
pubmed

L'apparition des ordinateurs a complètement modifié notre accès à la biologie, en particulier au moment de la création des programmes de génomique. J'ai utilisé l'expression "in silico" pour exprimer ce fait que désormais, il faudrait compter, outre l'expérience in vivo et in vitro, l'expérience in silico, avec des ordinateurs. Cette expression a été utilisée dans de nombreux exposés de présentation des programmes génomes, et elle est apparue probablement pour la première fois par écrit dans le compte rendu d'un exposé fait pour la réunion internationale du consortium de Bacillus subtilis au cours de laquelle le Japon a choisi de faire partie du programme.  

The expression "in silico" has been used in White Papers written to support the creation of bacterial genome programs. The sentence where "in silico" appeared first in an article is probably the following:

"Experimentation in silico

Using the data available in libraries [...]
Two sets of experiments were performed on computers (experiments in silico) using the consistency of the data extracted.[...]"

fr A Danchin
Ce que peut apporter le séquençage des grands génomes
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte (1991): pp 227-229

fr A Danchin
Crick (Francis Harry Compton Crick)
Dictionnaire des Philosophes (A Jacob, ed.). (1992) Presses Universitaires de France, Paris

A Danchin
Informatics and genome sequencing programs
Biochimie (1993) 75: 319

fr A Danchin
Pour l'unité de l'esprit scientifique
Le Débat (1993) 73: 71-76

fr A Danchin
La mathématique e(s) t la vie ?
Contribution à l'ouvrage réalisé en hommage à René Thom à l'occasion de son soixante-dixième anniversaire
Passion des Formes, Collection Theoria, ENS Editions (1994) 2:569-583

fr F Jacob, A Danchin, O Postel-Vinay
François Jacob, trente ans après
La Recherche (1995) 280: 111-115

fr A Hénaut, A Danchin
Informatique et génomes ou l'expérimentation in silico
La Lettre du GREG (1995)

fr A Danchin
L'enfance de la Biologie Moléculaire
Aux Frontières de la Science
Supplément à La Recherche (1997) p50

fr A Danchin
La "mémoire de l'eau", épisode extravagant de l'ordinaire pratique scientifique
Silice, basophiles et comités de lecture
La Recherche (1998) 310: 85-87

fr A Danchin
Science-fiction, roman gothique ou canular ?
Le Monde 3 juillet 2000

A Danchin
A brief history of genome research and bioinformatics in France
Bioinformatics (2000) 16: 65-75 pubmed bioinformatics

fr A Danchin
Une histoire intense, presque violente: l'histoire du programme génome humain [ A rattling good history: the story of the Human Genome Project]
La Recherche (2000) 332

A Danchin
Sequencing the genome of Bacillus subtilis: a Western inside story
For the Love of Genome: A Tribute to Hiroshi Yoshikawa (2001): 4-9

HKU_Pasteur
S Brunak, A Danchin, M Hattori, H Nakamura, K Shinozaki, T Matise & D Preuss
Nucleotide sequence database policies
Science (2002) 298: 1333 pdf

fr A Danchin
Francis Harry Compton Crick
Universalia 2005
Encyclopædia Universalis, 433-434

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1980-present [Ethical and political considerations]

fr A Danchin
Les interactions hérédité/milieu dans le développement des individus
Droit et Liberté (1979) 382 sup: 19-23

fr M Blanc, G Chapouthier, A Danchin
Les fraudes scientifiques
La Recherche (1980) 113: 858-868

fr A Danchin
Les fraudes scientifiques.
In: L'Etat des Sciences et des Techniques", pp 136-138, Maspero, 1983

fr A Danchin
Naître et mourir
Corps Ecrit (1987) 21: 37-42
pdf

fr M Andler, A Danchin, P Thibaud, G Waysand
La Maîtrise du développement technologique. Extraits d'une discussion
Science et Culture
Esprit (1987) 128: 83-86

fr A Danchin
L'irruption de la morale
La Recherche (1990) 225: 1172-1173

fr A. Danchin
Hérédité et intelligence: un débat faussé
La Recherche (1991) 230: 386-387

fr A Danchin
Eugénisme et génétique
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte (1991): pp 126-128

fr A Danchin
La diversité génétique, atout à préserver
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte (1991): pp 238-240

fr A Danchin
Epistémologie, Différence Humaine, Ethique
In: "Patrimoine Génétique et Droits de l'Humanité" (F Gros, G Huber, ed) Odile Jacob (1992): pp. 512-514

fr A Danchin
Pour l'unité de l'esprit scientifique
Le Débat (1993) 73: 71-76

ukThe Nobel Prize physicist Jean Perrin, understanding the unity of knowledge, created in Paris the Institut de Biologie Physico-Chimique, based on a reflection by Claude Bernard. This inspired the idea of the creation of the first Centre National de la Recherche Scientifique. The central idea there was that it was extremely fruitful in principle to put together all the domains of human thought. This text shows how suicidal it would be for a country to destroy one of the best of its inventions in the preparation of the conditions to make discoveries   fr C'est Jean Perrin, qui, après avoir créé l'Institut de Biologie Physico-Chimique, à partir d'une réflexion de Claude Bernard, qui fut l'inspirateur de la création du premier Centre National de la Recherche Scientifique. L'idée originale de cette création, proprement universitaire au sens étymologique, était d'associer dans une même structure tous les domaines de la pensée humaine. Ce texte essaie de montrer combien ce principe est fécond, et pourquoi il serait maléfique de le détruire

fr A Danchin
Doute et création
In: "La Responsabilité, la condition de notre humanité"
Autrement (1994) 14:249-266

fr A Danchin
Les Evolutions, Phylogenèse de l'individuation. Presses Universitaires de France (1994) pp 219-245

fr A Danchin
Œdipe totalitaire ou l'énigme de la création
In: "Transmissible" "Intransmissible"
Césure (1995) 8: 49-71
pdf

Le modèle psychanalytique standard repose sur le mythe d'Œdipe. Il repose sur la mort du père. N'est-ce pas curieux qu'il soit né peu avant la plus grand massacre qu'ait connu l'humanité (la Grande Guerre) où les pères envoyaient leurs fils à la mort? Et Œdipe lui-même n'était-il pas un enfant abandonné? Nous nous interrogeons ici sur une relecture du mythe, où la création, celle de l'inattendu, est systématiquement rejetée, et où la mort de la descendance joue un rôle au moins aussi fondamental que son symétrique, longtemps monté en épingle. Qui se souvient de la fille de Jephté?   The psychoanalytic standard model rests on the Œdipus myth. It rests on the death of the father. We note that it appeared just before the largest  massacre in the history of Mankind (the Great War) when the fathers sent their sons to death. Was not Œdipus himself an abandoned child? We propose in this text a new reading of the myth, where creation, that of the unexpected, is systematically rejected, and where the death of the progeny plays a role at least as important as that of its counterpart, long considered as the only important one. Who remembers Jephte's daughter?

fr A Danchin
L'inutile cri de Cassandre
Le Monde / Mardi 27 Août 1996, p 11 pdf

fr A Danchin
Postface : "Le droit saisi par la biologie. Des Juristes au laboratoire". "Regards d'un biologiste"
Editions LGDJ (1996) pp 395-408

fr A Danchin
Apologie de la Création
Information Génétique et Expression
JIB/Ethique (1997) 8: 63-75

fr A Danchin
La "mémoire de l'eau", épisode extravagant de l'ordinaire pratique scientifique
La Recherche (1998) 310: 85-87

HKU_Pasteur
A Danchin
The natural war [book review: The Biology of Doom by Ed Regis]
EMBO Reports (2000) 1: 216

A Danchin
On our tiniest foes
EMBO Reports (2001) 2: 468-469

fr A Danchin
Apport de l'analyse des génomes, complets ou non
In "Gènes de Résistance aux antibiotiques et plantes transgéniques" (L Clavilier, P Hervieu, O Letodé, eds) INRA Editions (2001) pp 97-103

HKU_Pasteur
A Danchin
Not every truth is good. The dangers of publishing knowledge about potential bioweapons
EMBO Rep (2002) 3: 102-104 pdf
HKU_Pasteur
A Danchin
Infection of society [As diseases have evolved to exploit the holes in our defences, including weaknesses in society, we have to reconsider our way of life, otherwise they will continue to haunt us]
EMBO Reports (2003) 4: 333-335 pdf

安东·唐善 (唐善 • 安東)
致中国朋友的一封信
跨文化对话 (2008) 23: 辑目录

A Danchin
Perfect time or perfect crime?
EMBO Reports (2010) 11: 74 pubmed

Opening: Imagine the situation: “[O]ne day, you notice an old country woman crossing a downtown street, just about to put one foot down on the rails of the streetcar line. […] Suppose, now, that at the very moment she puts her foot on the rail a streetcar comes rushing down the tracks toward her. If the old woman does not notice the car and continues across the tracks nothing will happen. But if someone should happen to shout ‘Look out, old woman!’ what would be her natural reaction? […] she would suddenly become flustered and would pause to decide whether to go on or step back […] the mere words ‘Look out, old woman!’ would be as dangerous a weapon as any knife or firearm. […] the man who sounds the warning actually becomes a murderer!" (Ranpo, 1956). In this sense, the Asilomar conference on genetic engineering in 1974 was the perfect crime in using cautionary exclamations asa weapon that had far-reaching consequences for the emerging field of molecular biology: a moratorium stopped research in some places while others proceeded and took the lead. The same fate may lie in store for synthetic biology (SB). The usual crooners have understood the importance of resorting to appeals to ethics and playing on people’s fears to make themselves known and have begun a discussion of the purported dangers of creating organisms a la carte. Such clamouring for attention may yet end up being a shot to our own feet. Moreover, does minimization of a bacterial genome really pose ethical questions? Should we worry, and if so why? After all, what is the purpose of SB? We need to explore the knowledge that we are required to master to (re)construct life in order to gain a better idea of the economic and ethical questions that we have to ask before we start asking them.

A Danchin
To understand and solve, share, foresee
Ludus Vitalis (2013) XXI: 263-265 pdf

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1979-2010 [origin of Life, evolution]

fr A Danchin
L'origine du code génétique: la nécessité l'emporte-t-elle sur le hasard ?
La Recherche (1979) 97: 186-188

fr A Danchin
L'Oeuf et la Poule
Histoires du Code Génétique, Fayard ed., (1983, livre de poche 1986) 282 p
in Japanese, 1985
O Ovo e a Galinha - Historias do codigo genetico, Editeur: Relogio d'Agua, Rua Sylvio Rebelo, 15, 1000 Lisboa) (1993). Translation: Ana Luisa Faria

fr A Danchin
L'origine de la vie
La Recherche (1988) 201: 878-886

A Danchin
Homeotopic transformation and the origin of translation
Progress in Biophysics and Molecular Biology (1989) 54: 81-86 pubmed see  further developments about the origin of life in
italia pdf

Il est amusant de constater qu'à l'Institute for Scientific Information, le titre de cet article a été changé et a confondu "homeotopic" avec "homeotropic" en altérant significativement le sens   It is revealing to note that the title of this article has been misspelled at the Institute for Scientific Information, modifying "homeotopic" into "homeotropic", changing the meaning of the concept

fr A Danchin
L'explication de la vie: perspectives et questions
Le Débat (1990) 60: 302-308

fr A Danchin
Une Aurore de Pierres. Aux origines de la vie
Le Seuil (1990), 276 pp
Traduction portugaise: "Uma aurora de pedras. Nas origens da vida", Almedina, Coimbra 1992

fr A Danchin
L'origine de la vie
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte (1991): pp 197-201

fr A Danchin
Les premières formes de vie (entretien avec Ruth Scheps)
In: "La mémoire de la terre" Le Seuil, (1992): pp. 151-167

A Danchin
Conclusions and perspectives
In: From stars and minerals to life: is the paradigm changing? Frontiers of Life (J&K Trân Thanh Vân, JC Mounolou, J Schneider, C McKay, eds) Editions Frontières, Gif sur Yvette (1992): pp.399-414

fr A Danchin
Aux Frontières de la Vie
La Recherche (1992) 241: 368-369

A Danchin
O ovo e a galinha Historias do codigo genetico
Relogio d'agua, Lisboa (1993)

A Danchin [Article écrit pour la clôture du Centenaire de la mort de Louis Pasteur à Marnes la Coquette (28.09.1995)]
italia Dai minerali alla vita
fr Des minéraux à la vie: une alternative à la soupe prébiotique
From minerals to life : an alternative to the prebiotic soup
Prometeo (1996)14 (54): 16-21

fr A Danchin
Des minéraux à la vie: une alternative à la soupe prébiotique ?
In: Dictionnaire de l'ignorance, Aux frontières de la Science (PUF) (1998) pp 196-212

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1995-present Chronicles and Blogs [Evolution: philosophical, political and moral consequences]

Popularisation of science