CHRONIQUES

COIN PRESSE PHILOSOPHIE HISTORY OF BIOLOGY PHILOSOPHY JOURNALIST'S CORNER

Stabilisation sélective   Selective stabilization  
Philosophie: récursivité et création   Philosophy: recursivity and creation  
Implications philosophiques de la Biologie Moléculaire   Philosophical consequences of Molecular Biology  

Epistémologie   Epistemology  
Histoire des Sciences   History of Sciences

In green: popularisation of Science; fr une vue générale en français se trouve au Chapitre 4 du résumé d'activité

hkuprc This sign indicates that the corresponding work has been performed with or at the HKU-Pasteur Research Centre in Hong Kong


2008-présent [Bloc-Notes]

1969-2005 [Popularisation of science]

fr M Grunberg-Manago, H Costinesco, J Massoulié, A Danchin, F Rieger
Cent ans de recherche sur l'ADN
Atomes (1969) 24, 268: 497-502

frCet article résume pour un large public la découverte de l'ADN par Miescher et les avatars de cette molécule jusqu'à la compréhension de son rôle dans l'hérédité   ukThis paper summarizes for the public the discovery of DNA by Miescher and the ideas that prevailed until its role in heredity was uncovered

fr A Danchin
Diversité des anticorps: une profonde remise en cause
La Recherche (1979) 100: 579-581

fr A Danchin
Une révolution lamarckienne en immunologie?
La Recherche (1981) 118: 84-85

fr A Danchin
Les gauchers, la testostérone et la dissymétrie du cerveau
La Recherche (1983) 140: 110-111

fr A Danchin, PP Slonimski
Les gènes en morceaux ("Gespleten Genen", Natuur en Technick (1985) 53: 436-445)
La Recherche (1984) 155: 616-626

fr A Danchin
Génétique moléculaire
Encyclopaideia Universalis (1984) sup 84: 355-358

fr A Danchin
La mise au point du message génétique
La Recherche (1985) 166: 688-691

fr A Danchin
Les gelées de printemps ont un gène
La Recherche (1986) 174: 278-279

fr A Danchin
La musique des gènes,
La Recherche (1986) 179: 976-977

fr A Danchin
L'étrange monotonie des récepteurs membranaires
La Recherche (1987) 185: 262-263

fr A Danchin
Signes Immuns
In: "Prospective et Santé": Immunologie, nouvelle frontière (1987) 42: 15-19

italia A Danchin, P Slonimski
Uno stratagemma dell'evoluzione: i geni discontinui
Scienza, Tecnica Annuario della EST (1987) Mondadori

fr A Danchin
L'origine de la vie
La Recherche (1988) 201: 878-886

fr A Danchin
Les bactéries sont-elles devenues lamarckiennes ?
La Recherche (1989) 209: 538-539

fr A Danchin
La Révolution des ARN
La Recherche (1989) 216

fr A Danchin
L'origine de la vie
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte (1991): pp 197-201

Ce que peut apporter le séquençage des grands génomes
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte (1991): pp 227-229

La diversité génétique, atout à préserver
In: "l'Etat des Sciences et des Techniques" La Découverte (1991): pp 238-240

fr A Danchin
Le séquençage des petits génomes. Vers la description complète d'un organisme vivant
La Recherche (1993) 251: 222-232
Version espagnole: La Secuenciacion de pequenos genomas. "Hacia la description completa de un organismo vivo"
Mundo Scientifico (1993) 134: 376-386

fr A Danchin, P Glaser, F Kunst, I Moszer, G Rapoport
Bacillus subtilis dévoile ses gènes
Biofutur (1998) 174: 14-17

A Danchin, P Glaser, F Kunst
A dynamic gallery. The practical value of microbial genomics
Odyssey (1998) 4: 16-22

fr A Danchin
Séquençage des grands génomes et médecine
In: "Biomedecine 2000 - Faits et réflexions sur les systèmes de santé de l'an 2000" Hénri Joly ed., Lavoisier (1996) pp 125-131

italia A Danchin
Il Linguaggio della vita
NUOVA SECONDARIA Editrice La Scuola, filiale di Brescia (Italia) (1999) pp. 20-24.

italia A Danchin
Il nostro genoma quotidiano)
Il Sole-24 Ore 2 Luglio (2000) 32

italia A Danchin
La Biologia nell'Era del Genoma
Spoletoscienza (2000) 20: 10, account in: Biotecnologie e clonazione a "Spoletoscienza" Di quale futuro abbiamo bisogno?

fr A Danchin
Une histoire intense, presque violente: l'histoire du programme génome humain [UKUS A rattling good history: the story of the Human Genome Project]
La Recherche (2000) 332

fr A Danchin
Science-fiction, roman gothique ou canular ?
Le Monde 3 juillet 2000

it-flag A Danchin
Dalla funzione alla struttura
Prometeo (2000) 71: 24-29

fr A Danchin
Entre Pas Encore et Déjà Plus
Au-Delà 2001. Odyssée de l'Esprit, (Emile Noël, dir.), Editions de la Radio
Suisse Romande Espace2, Genève; chapitre 5, pp 53-64

HKU_Pasteur
fr A Danchin
Qu'est-ce que la génération spontanée?
In: Tout ce que vous avez voulu savoir sur les Sciences. Bayard Compact (2001) pp 464-466

fr A Danchin
Apport de l'analyse des génomes, complets ou non
In "Gènes de Résistance aux antibiotiques et plantes transgéniques" (L Clavilier, P Hervieu, O Letodé, eds) INRA Editions (2001) pp 97-103

A Danchin
Sequencing the genome of Bacillus subtilis: a Western inside story
For the Love of Genome
A Tribute to Hiroshi Yoshikawa (2001): 4-9

fr A Danchin
Génomes et évolution
Annales de l'Institut Pasteur/Actualités (2001) 12: 9-18

HKU_Pasteur
fr A Danchin
Qu'est-ce que la génération spontanée?
In: Tout ce que vous avez voulu savoir sur les Sciences. Bayard Compact (2001) pp 464-466

fr A Danchin, D Mange
Le Vivant et la Machine de Turing
La Recherche (2001) 345: 88-93

fr A Danchin
Au début était l'ordre des gènes
La Recherche (2002) Hors série 9 "Ordre & Désordre": 14-18 pdf

fr A Danchin, D Mange
L'autonomie des êtres vivants
La Recherche (2002) 350:

hu A Danchin
A genetikai identitás (a memóriától a manipulációig)
Tavaszi 44 (2002) http://www.c3.hu/scripta/

HKU_Pasteur
Lifeline. Dissecting Room. 
The Lancet (2002) 360:  1030 pdf [amusingly, the journalist making the interview asked me about my favorite therapies, and he mistook Mercurey, an excellent Burgundy wine, for mercury!]

A Danchin
The software of life pkt tt
Pr∆ekvapivy´ software z∆ivota
Project Syndicate (2005) February pjs

fr A Danchin
Francis Harry Compton Crick
Universalia 2005
Encyclopædia Universalis, 433-434

A Danchin
Living Turing machines and the Delphic boat
Cancer Genomics & Proteomics (2005) 2: 175

A Danchin
Beneficial biological warfare
EMBO Rep (2006) 7:767
PubMed    PDF

A Danchin
Le Syndrome Chinois (commentaire sur le livre de KT Greenfeld)
La Recherche (2006) 401:89

A Danchin
From the origin of life to Synthetic Biology
BIOforum Europe (2007) 6: 30-31; Highlights Issue (2008) 12: 4-6

fr A Danchin
De la biologie symplectique à la biologie synthétique
In: L'Homme Artificiel (sous la direction de JP Changeux), Odile Jacob, Paris (2007) pp 61-86

fr A Danchin
Code génétique
Encyclopaedia Universalis (2007-2009)

it A Danchin
Sapremo costruire un batterio artificiale?
Prometeo (2007) 25 (100): 14-29

fr A Danchin
Saurons-nous construire une bactérie synthétique ?
Médecine/Sciences 24: 533-540

fr A Danchin
Fabriquer une bactérie comme un ordinateur
Pour la Science 60: 66-72

A Danchin
Les organismes vivants comme pièges à information
Ludus vitalis (2008) 16: 30 tarpol pdf

A Danchin
Quelles cellules saurons-nous construire ?
Deliciouspaper (2009) 3: 6 tarpol

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1995-2010 Chroniques [Evolution: philosophie, politique et conséquences morales]

fr A Danchin
Chroniques 1995 dans La Recherche
Le cochon chinois, ça éternue ! 281: 76
Dans l'imaginaire populaire, les maladies tombent sur les hommes comme des fléaux venus du ciel. Qu'en est-il en réalité? L'homme est un animal social, et bien des maladies ne pourraient exister sans société humaine organisée. Cela est vrai, bien sûr, de maladies peu contagieuses, qui ne peuvent se développer qu'au travers de pratiques où des agents pathogènes s'échangent. Cela a été vrai de la peste qui ne touchait pas les palefreniers (parce qu'ils ne se lavaient pas, et que l'odeur du cheval est insupportable à la puce de l'homme), et qui a vraiment disparu lorsque furent établis avec fermeté des cordons sanitaires. L'aurait-on oublié? Et que dire de la grippe? Cette maladie, plus grave qu'il n'y paraît (une forte épidémie peut aisément tuer en France 30000 personnes), est causée par un virus dont les hôtes normaux sont les oiseaux, en particulier les canards. Mais comment passe-t-on du canard à l'homme? La calligraphie chinoise nous en donne une idée. Dans cette langue le mot famille, , s'écrit comme le mot cochon, , sous un toit, . Le symbole du bien être familial en Chine est la possession du cochon, si comestible et si prolifique. Mais on sait aussi combien les Chinois apprécient le canard. Il s'ensuit que, dans la basse-cour chinoise, le virus de la grippe, anodin généralement pour le canard, côtoie si fréauemment le cochon qu'il se touve de temps en temps des variants viraux susceptibles d'infecter ce nouvel hôte (qui en tombe malade). Le porc, nous le savons tous, étant bien plus proche de l'homme que le canard, le virus va donc infecter l'homme et se propager rapidement sur toute la Terre. C'est ainsi qu'il est impossible de faire disparaître la source d'infection, et que bien des grippes viennent d'Asie. Instructive leçon d'écologie virale. Qui nous montre que nous ne sommes pas à l'abri de l'apparition de nouvelles maladies et que nos pratiques sociales sont loin d'y être étrangères. Ne peut-on voir là un sujet de recherche pour l'avenir?
Les animaux voient-ils avec la langue ? 282: 94
Eloge de l'absence 283: 95

fr A Danchin
Chroniques 1996 dans La Recherche
Un bricolage linguistique bien enrichissant, 283: 82
La biologie moléculaire se développe de façon explosive, et comme toutes les sciences, le savoir correspondant se transmet dans le monde à l'aide d'un esperanto , succédané d'anglais, que parlent presque tous les chercheurs du monde. Rien à dire à cela, il faut bien pouvoir communiquer avec un Japonais, un Américain, un Russe ou un Allemand. Cela justifie-t-il pour autant l'abandon de sa propre langue lorsque l'on communique avec les siens ? « Ce qui se conçoit bien s'énonce clairement » , et le vocabulaire a une grande importance dans la conceptualisation des choses. Il véhicule en particulier toutes sortes de connotations qui font comprendre de façon intuitive ce dont il est question. Il est donc important d'utiliser le mot approprié, et non la transposition grossière d'un anglais approximatif. Le jargon de spécialiste sert bien souvent à éviter la communication, et ne marque en fait qu'une grande ignorance. Celui qui entend « initiation » va immédiatement penser aux rites rapportés par les anthropologues, et il aura du mal à comprendre qu'on veut lui parler d'un commencement, d'un départ ou d'un début. Et s'il entend « élongation », il se demandera quel sport pratiquait la victime, alors qu'on veut indiquer l'allongement d'une chaîne. De même, il faut savoir créer avec le génie de sa langue des néologismes: on sait le succès d'« ordinateur » et de « logiciel ». Pourquoi ne pas faire preuve, en biologie, de la même richesse imaginative ? Comme les organismes vivants, les langues évoluent par bricolage. Mais que dire de l'affreux « spliceosome », formé sur « splicing » (épissage) et du suffixe grec -some ? Laissons donc aux Américains sans histoire ces oxymores, et, pour exprimer qu'un édifice compliqué sert à l'épissage de fragments d'ADN, appelons-le, par exemple, « coptosome » (de cobo , « je couds » et soma , « corps »).
Les oiseaux préfèrent les papillons femelles, 284: 96
Eloge de la galanterie, 286: 97
Demain, l'avis faber ?, 287: 96
C'est l'opportunisme qui fait la fonction, 288: 95
Sélection en trompe l'oeil, 290: 95
Le cri du haricot, 291: 96
Les causes sérieuses n'ont pas de prix, 292: 96
Camouflage au parfum, 293: 94

fr A Danchin
Chroniques 1997 dans La Recherche
Le nom de l'ancêtre, 294: 96
Mais que font les parents ? 295: 91
Que vaut la leçon du Professeur Sokal?
Electrochoc pour schizophrène, 297: 94

frCette chronique (texte) n'est pas seulement un commentaire sur la mode associée au discours (au demeurant fort intéressant) de Jacques Lacan, mais pointe vers une absence essentielle du discours psychanalytique, celle de la mort de la descendance: voir aussi Œdipe totalitaire.   This chronicle (texte) is not a simple comment on the fashion associated to the speakings of Jacques Lacan (often quite interesting, in fact), but points at a major ovision of the psychoanalytical discourse, that of the killing of the progeny, not of the parents: see (in French) Œdipe totalitaire.

L'algorithme de la queue, 298: 91
Le sexe obsolète, 299: 94
Le rouge et le noir, 301: 110
Vers la génétique de l'évolution, 302: 116
Intelligence et hérédité: un débat en cache un autre, 303: 108
Aller de la fonction à la structure. Et non l'inverse, 304: 108

fr A Danchin
Chroniques1998 dans La Recherche
Le déterminé n'est pas le prévisible 306: 114
L'opportunisme absolu de l'évolution 307: 108
Au fond des ocelles, 308: 108
La mémoire des efforts passés, 310: 111
Pilote fantôme, 311: 128
Variez vos poisons !, 312: 106
Mon clone, cet inconnu, 313: 126
La dissymétrie, est-ce la vie ?, 314: 111
Alzheimer et la génétique, 315: 110

fr A Danchin
Chroniques 1999 dans La Recherche
Des souris mutantes à la viande rose 316: 105
Sida: le mirage du vaccin ? 318: 106
Avenir imprévisible de l'Homme 319: 105
La logique de Saint Thomas, 320: 107
Pierres, répétitions, barreaux 321: 110
La nécessité de mourir 322: 110
Du bon usage des métaphores 323: 106
Le tablier du moineau 324: 111
Pièges de la domestication 325: 108
L’habit ne fait pas le moine, 326: 28

fr A Danchin
L'identité génétique
Quatrième conférence de l'Université de tous les savoirs, cycle qu'est-ce que la vie ?
Volume 1: Qu'est-ce que la vie ? coordonné par Yves Michaud, Odile Jacob (2000) p 59-68

fr A Danchin
Chroniques 2000 in La Recherche
Métabolisme en mouvement, 327: 24
Le peloton d'exécution, 328: 14
Echelles de la vie, 329: 26
Le nombril du monde, 330: 26
Le jeu de la vie, 331: 102
Le style fait l'espèce, 332: 24
L'ADN volant, 334: 26
Du bon usage de l'analogie, 335: 24
Pas de pétrole mais des microbes,336: 20
Les grenadiers prussiens, 337: 36

fr A Danchin
Chroniques 2001 dans La Recherche
Les parasites de Tom et Jerry 338: 22
L’âme du monde, 340: 24
Où l’habit ne fait pas le moine, 341: 22
Bricolage moléculaire, 342: 90
Mélancolie, 343: 92
Politiques de dissuasion, 345: 92
Vie sociale au futur, 347: 91
Le nombre est-il si important?, 348: 91

A Danchin
On our tiniest foes
EMBO Reports (2001) 2: 468-469 pdf
Lassa fever virus, Hantavirus and Ebola virus are members of different families which cause hemorrhagic fever, and the way they are spread are not well understood. HIV is clearly still not under control. We do not understand how prion diseases spread. And, finally, flu could make a very dangerous come back.

fr A Danchin
Chroniques 2002 dans La Recherche
Quand les poules auront des dents, 349: 92
Roméo, Juliette et la bactérie, 351: 200
Mystère ou problème ?, 352: 91
Les princes de Serendip, 353: 91
La soif du colibri, 354: 20
Mémoires et apprentissages, 356: 91
Faibles doses, 357: 91
Un Jurassic Park moléculaire, 358: 111

fr A Danchin
Chroniques 2003 dans La Recherche
Chercheurs d'or, microbes et évolution, 360: 111
Images trompeuses, 361: 111
Microbe et société, 364: 103
Là où il y a de l'hygiène, 368: 103
Futureland, 369: 103

A Danchin
Une nouvelle grippe pourrait faire des ravages dans le monde entier
La Recherche (2003) 365: 45

HKU_Pasteur
A Danchin
Infection of society [As diseases have evolved to exploit the holes in our defences, including weaknesses in society, we have to reconsider our way of life, otherwise they will continue to haunt us]
EMBO Reports (2003) 4: 333-335 pdf

fr A Danchin
Chroniques 2004 dans La Recherche
Une impossible quête des origines, 371: 111
Tous in silico, 373: 103
Multiples origines, 375: 104
Séduction forcée, 376: 95
Nuisible pression sociale, 378: 95
Science et politique, 381: 95
Fallait-il d étruire la tour de Babel? 382: 93

A Danchin
The software of life
Prekvapivy´ software zivota
Project Syndicate (2005) February

fr A Danchin
Chroniques 2005 dans La Recherche

Fallait-il détruire la tour de Babel? 382: 111
Du pouvoir de la rhétorique, 383: 95
Le sexe et l'effroi, 384: 95

Le sexe est un caractère universel du vivant. Même les pucerons, qui pourtant peuvent se reproduire par parthénogenèse (ce qui explique les énormes vols de ces moucherons quand les conditions climatiques le permettent), ont conservé des mâles, et leurs femelles pondent des œufs. Certaines espèces de baudroies des abysses ont conservé un mâle minuscule qui nage, se plante en la femelle par ses puissantes mâchoires puis se transforme en un petit testicule parasite qui féconde leurs œufs. Et personne (du moins, du sexe qu’on dit fort) n’oublie les mantes religieuses qui dévorent leur mâle au moment de l’accouplement. Tout cela est bien mystérieux, puisque la différenciation en deux sexes demande le maintien d’un grand nombre de gènes spécifiques de la masculinisation du sexe de base, le sexe femelle. Beaucoup de gènes, bien sûr, cela veut dire beaucoup d’accidents, à la fois dans leur transmission et dans leur expression. Ce qui est mâle est très difficile à conserver et à perpétuer. Si la Nature suivait le rasoir d’Ockham, il y a bien longtemps que les mâles auraient disparu: foin des appendices inutiles! Et même dans les civilisations humaines, ce qui est masculin n’est valorisé qu’au travers, bien souvent, de caractères agressifs ou violents, comme s’il s’agissait, en effet, de conserver une espèce gravement menacée.

La Reine Rouge
Au cours de l’histoire, le regard fasciné et craintif des femmes des peintures romaines en dit long sur l’obscur objet du désir. De façon plus douce les parades de la séduction ont le même rôle. Les naturalistes n’ont pas cessé de s’interroger sur cette question, non par une hantise de mauvais aloi, mais parce que c’est vraiment bizarre, et qu’il faut donc trouver une explication (même les bactéries ont découvert la sexualité !). Et ils ont pensé la trouver dans la parabole d’Alice au Pays des Merveilles, celle de la Reine Rouge, qui ne cesse de courir pour rester à la même place. C’est qu’en effet la transmission héréditaire interagit avec toutes sortes d’espèces alors qu’elle subit inévitablement des erreurs, et qu’il faut donc courir pour les rattraper car le paysage (y compris celui des sexes de la même espèce) change sans cesse. Mais voici que cette hypothèse est remise en cause. Elle est en effet très difficile à tester expérimentalement, car elle suppose qu’on puisse mesurer la co-adaptation d’une espèce avec un environnement infiniment varié et sans cesse en changement. En fait elle n’a été testée que par des modèles mathématiques, nécessairement tributaires d’hypothèses très restrictives, et … d’oublis. Le raffinement actuel de ces méthodes contredit la généralité de l’hypothèse. Mais on sait aussi qu’il faut être capables, parfois, de revenir en arrière, pas seulement de s’adapter à un environnement changeant. Parce que rencontrer des accidents au même endroit dans un jeu de deux chromosomes de chaque sorte est exceptionnel (sauf, incidemment, pour les gènes qui sont spécifiques du sexe mâle, ce qui pose tout de même une question), c’est exactement ce que permet la sexualité. Toute cette réflexion s’applique à des interactions d’organismes sans culture: le langage et le retour sur son propre destin, conscient, sinon raisonnable, introduit de tout autres questions. Maintiendrons nous la sexualité humaine en courant comme la Reine Rouge, ou parce que nous serons envahis par les maladies génétiques, ou bien irons-nous vers le monde Unisexe du plaisir solitaire ?

L'année du Coq ou celle de la grippe?, 385: 95
Quand Laïos abandonne Œdipe, 389: 95

fr A Danchin
Chroniques 2006 dans La Recherche

Les deux bouts de la lorgnette 397: 97
Le goût de la fraude 399: 113
Du bon usage de la guerre biologique 402: 97

fr A Danchin
Chroniques 2007 dans La Recherche

Masse et connaissance 404: 95
La recherche "motivée" 406: 97

Le Premier ministre demande que des efforts soient faits pour rendre la Science plus attractive, pour favoriser le retour des meilleurs chercheurs au pays, pour prendre en compte de façon urgente la gestion de l’eau, de l’énergie, du climat. Et il s’interroge sur le modèle des rapports entre la recherche et les applications de la recherche. Mais il s’agit du Premier ministre…indien, devant le Congrès annuel de la science indienne. Tout ce que nous aimerions entendre. Nous n’avons qu’un vieux discours plus ou moins démagogique alors que nous avons pourtant à notre disposition un modèle remarqué, celui de la science telle que Pasteur l’avait développée en son temps.
Les tribunes les plus fréquentes opposent la recherche « pure », « de base », « académique » ou « fondamentale », à la recherche « appliquée » ou « industrielle ». L’innovation technologique demande autre chose que ce manichéisme. Le mérite de Pasteur a été de penser que recherche et applications ne sont pas contradictoires, mais orthogonales. L’espace dans lequel nous devons travailler est donc bien autre que celui qu’on nous décrit. Nous n’avons pas à opposer recherche et applications.

Chercher à comprendre
Si Bohr faisait de la recherche purement académique (qui aura pourtant plus tard des conséquences technologiques et industrielles en nombre infini), si Edison faisait de la recherche purement appliquée, Pasteur, lui faisait de la recherche « motivée » (pour reprendre un terme utilisé par le mathématicien Jean-Pierre Aubin). Le thème lui en était fourni par une grande question du moment fût-elle religieuse ou pratique : génération spontanée de la vie, maladies de la bière et du vin, maladie du ver à soie, épidémies… Et au sein de chaque thème il se comportait alors comme un pur chercheur académique. Son objet n’était pas d’abord de trouver une solution au problème posé, mais de comprendre ce qui était la source du problème. D’où l’extraordinaire fécondité de ses travaux.
Il faut d’abord et avant tout chercher à comprendre. Nous avons aujourd’hui un problème de pollution de l’eau ? Etudions donc la microbiologie des cours d’eaux et des nappes phréatiques. Les déchets s’accumulent ? Pensons aux communautés microbiennes qui les dégradent. Le climat se réchauffe ? Voyons la contribution du lisier de porc… Le modèle pastorien aurait tôt fait de réconcilier science et politique. Pourquoi ne pas l’utiliser ?

Papillons cosmiques 408: 95
Le malade peut attendre 411: 97

fr A Danchin
Chroniques 2008 dans La Recherche

Est-il permis de penser l'avenir ?, 415: 113
Voir et regarder, entendre et écouter 418: 97

fr A Danchin
Paludisme: Pot-pourri
Wikigrill (2009) Books 60: 66-72