NOUVELLES SCIENTIFIQUES ET MÉDICALES PEU DIFFUSÉES 2021

COVID-19 : Début de la vaccination 2021

Ce bloc-notes apporte des nouvelles scientifiques peu répandues. Son écriture a commencé en 2000 à Hong Kong, bien avant l'existence de ce qu'on appelle aujourd'hui maladroitement « blog » (bloc-notes en est l'équivalent français) avec le séminaire Stanislas Noria. Comme alors, le savoir présenté ici par Antoine Danchin n'entre pas en compétition avec les nouvelles d'agences de presse comme l'Agence France Presse ou Reuters. Elle sélectionne une information (souvent absente des media habituels et, pour la Chine, provenant d'informateurs avertis). Elle apporte aussi des connaissances sur l'Histoire des Sciences et la création des concepts utilisés par la biologie moderne, souvent aujourd'hui sous la forme d'une mise à jour de la génomique. Un aspect important de la nature intime de la Science a été discuté au cours d'une conférence donnée à l'Université Zhong Shan (中山大學) de Guangzhou (广州) au début des années 1990. Enfin, le rôle de la Chine est particulièrement mis en avant : le monde occidental est si puissant dans sa façon de contrôler les media que cela semble bien nécessaire. Cependant on notera que, depuis quelques années, un changement politique majeur dans l'ouverture de la Chine au monde ne permet plus d'avoir un accès fiable à l'information.

Nous ne dupliquons pas les nombreuses sources très visibles qu'on suppose accessibles au lecteur. Plusieurs sites donnent des nouvelles à propos de la grippe saisonnière A (H3N2) et de la grippe aviaire (H5N1, H7N9). Il existe aussi une carte quotidienne générale des maladies. Il faut noter que, parmi les épisodes de grippe possibles qui créeraient des ravages, il y a les épidémies de grippe, notamment liées au sérotype H2, H2N2 en particulier, qui pourraient être beaucoup plus meurtrières. Espérons que, contrairement au SRAS, l'épidémie actuelle aura servi de leçon.

Par ailleurs le bloc-notes de Crawford Kilian s'est désormais étendu à toutes sortes d'autres maladies et surveille la Toile avec soin. Le Center for Infectious Disease Research Policy (CIDRAP) de l'Université du Minnesota, et le site de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) sont des sources d'information prioritaires. L'information circule aujourd'hui très rapidement, et nous ne donnons donc ici que des compléments. Pour les grippes H7N9, H9N2, H5N1 et désormais surtout H3N8 les données sont accessibles directement à notre page en anglais (lorsqu'il y a lieu d'en parler) et au centre de surveillance de Hong Kong.

Mise à jour continue de l'infection par le 2019-nCoV (via le CCSE de l'Université Johns Hopkins)

Dans le cas de l'épidémie COVID-19, notez que les chiffres sont donnés à titre purement indicatif et changent rapidement.

Mise à jour quotidienne générale
Analyse de la mortalité
Informations générales en français
Prévisions du nombre des cas

Comme une information pertinente est désormais largement représentée, les notes ici proposées traitent uniquement de questions plus rarement posées.

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Publications à usage du public général

Toutes les nouvelles | Titres seuls

2020

	16 Janvier 2021. Le potentiel pandémique d'un virus est étroitement lié à sa capacité à produire des cas asymptomatiques. Très tôt, au cours de la présente pandémie, nous avons constaté que si un nombre important de personnes étaient infectées sans symptômes, l'épidémie deviendrait rapidement incontrôlable. Bien que cela soit simple à comprendre, cela n'a pas encore été pris en compte dans le cas de futures pandémies. Par exemple, le virus de la grippe H5N1 est extrêmement virulent, mais comme il ne semble pas donner de cas asymptomatiques (ou très légers), le virus ne s'est pas propagé dans la population humaine, malgré la façon dont il a été présenté initialement. C'est pourquoi nous ne devrions probablement pas nous préoccuper des autres virus de la grippe (qui doivent cependant être surveillés de près), mais nous devrions envisager le fait que les variants H1, H2 et H3 sont les sources les plus probables de futures pandémies graves de grippe. Le virus H3N8, qui infecte les chiens, les chevaux et les phoques, est malheureusement un candidat pour de futures épidémies, et le virus H2N2, qui avait créé une grave pandémie en 1957-1958, pourrait revenir en force, car l'immunité correspondante a probablement pratiquement disparu dans la majeure partie de la population humaine. En termes de médicaments, nous devrions rechercher des produits chimiques qui pourraient atténuer les symptômes les plus graves, tout en laissant au virus suffisamment de place pour générer une réponse immunitaire chez ses hôtes.
	13 Janvier 2021. Le SRAS-CoV-2 évolue très rapidement pour échapper au système immunitaire adaptatif. Une étude (non encore revue par des pairs) réalisée par le laboratoire de Rino Rappuoli a montré in vitro que le virus pouvait échapper à la neutralisation par les anticorps des patients après quelques mutations apparues lors d'une croissance par dilution successive sur un milieu contenant des anticorps. Les changements observés sont similaires à ceux observés récemment au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ce qui jette un doute sur l'efficacité future du vaccin actuel. Outre cette mise en garde, il convient de noter que cette expérience est typiquement de la catégorie "gain de fonction", et qu'elle aurait dû être développée dans des environnements extrêmement sécurisés (au moins niveau BSL-3 +). Une description adéquate des installations concernées est absente de cet article, ce qui constitue une sérieuse violation des mesures de sûreté/sécurité, d'autant plus que les auteurs de l'étude appartiennent à des laboratoires situés en Italie (Sienne et Trieste), aux États-Unis (La Jolla et Austin) et à Londres (Royaume-Uni), ce qui suggère que le virus pourrait avoir été transporté d'un endroit à l'autre.
	11 Janvier 2021. L'origine du SARS-CoV-2 restera probablement inconnue. L'OMS a mis en place une équipe qui va maintenant enquêter sur l'origine de l'épidémie de COVID-19. Bien que cela semble être souhaitable, il est probable que cela ne permettra pas de connaître vraiment l'origine du virus. En particulier, le laboratoire BSL-4 de Wuhan sera au centre de l'enquête, mais, chose assez surprenante, un membre de l'équipe de l'OMS, bien qu'il soit manifestement un expert, appartient à une institution qui a financé ce laboratoire particulier ! Il est aussi essentiel de comprendre que tous les BLS-4 sont strictement soumis à des règles de confidentialité extrêmes, dans le monde entier. En effet, ils traitent d'informations classifiées, pour des raisons évidentes : les connaissances techniques associées à des agents pathogènes dangereux pourraient être utilisées par des personnes malveillantes ou même par des États voyous. Il s'ensuit que les informations non seulement sur des pratiques spécifiques, mais aussi sur le type d'expériences et les espèces concernées ne seront jamais librement accessibles. Cela implique que les personnes qui prétendront être au courant de ce qui se passe dans ces laboratoires ne disposeront d'aucune information fiable. En outre, la mise en œuvre d'informations classifiées dans ce domaine implique que la vie-même de ceux qui voudraient communiquer ce qu'ils savent est certainement menacée. La seule réflexion rationnelle que nous pourrions avoir est d'essayer d'interdire à tout laboratoire, où que ce soit, de stocker des agents pathogènes dangereux au même endroit. Et encore, s'il est techniquement possible de transporter des agents pathogènes de manière totalement sûre, le fait de les placer dans des dispositifs de transport et de les en retirer est susceptible de créer des accidents. Comme d'habitude avec les technologies très évoluées, les accidents sont une certitude, pas l'exception. C'est pourquoi il n'est pas juste de prétendre que quoi que ce soit est exempt d'accident. La seule façon rationnelle de procéder est de savoir comment se comporter après qu'un accident est arrivé.
	9 Janvier 2021. Le SRAS-CoV-2 évolue rapidement. Il devient important de prendre le point de vue du virus et d'anticiper la façon dont il va affecter la population. L'analyse fonctionnelle est la clé pour comprendre la vie. Cette approche fait l'inventaire des fonctions attendues pour tous les agents impliqués dans les processus vitaux et explore leurs relations. En bref, un agent particulier a une fonction principale qui est développée en un réseau de fonctions auxiliaires, suivant deux grands types de hiérarchies : les hiérarchies dendritiques (arborescentes) et les hiérarchies segmentées (fondées sur des "organes" hiérarchiques organisés individuellement. C'est illustré par exemple par les fonctions d'une imprimante (fonction maîtresse : imprimer), qui nécessite des fonctions d'aide comme l'alimentation électrique, l'alimentation en encre, l'alimentation en papier, etc. Dans cette optique, nous pouvons explorer les fonctions auxiliaires d'un virus, en supposant que sa fonction principale est de continuer à produire une descendance à long terme. Il existe de nombreuses stratégies pour atteindre cet objectif, avec deux extrêmes : une importante descendance avec des pertes considérables, ou une petite progéniture peu nombreuse, mais composée d'individus très résilients. Quel que soit le cas, la première fonction auxiliaire est celle qui consiste à trouver un hôte. Cette fonction est limitée par la stabilité du virus dans l'environnement et par la densité des hôtes. Deux caractéristiques majeures sont ici mises en évidence, celle des sociétés humaines et celle de la génétique de la surface des tissus humains, en plus du rôle de l'immunité de surface puis de l'immunité innée. La densité de l'espace urbain favorisera évidemment la propagation du virus. Le manque d'aération dans les environnements fermés favorisera aussi le virus. La façon dont les gens se dispersent après s'être assemblés dans un environnement bondé jouera aussi un rôle important en faveur du virus. Il est important de considérer un aspect dérivé, celui de la stratification de la population par âge, en particulier en fonction de la façon dont les gens se rassemblent et se déplacent en fonction de leur âge. Il y a là un rôle évident des écoles, des universités, des restaurants et des bars, etc. Une caractéristique notable de ces environnements est qu'ils varient considérablement avec l'âge. Un deuxième point lié à l'âge est la gravité de la maladie, car une maladie grave restreint considérablement les mouvements des personnes concernées. Ainsi, du point de vue de l'avenir du virus, il semble probable qu'il évoluera vers des formes qui auront progressivement tendance à infecter plus efficacement la population jeune. Cela devrait être pris en compte pour anticiper le profil de l'épidémie. Même si le virus s'atténue progressivement, le fait d'infecter un grand nombre de jeunes gens conduira inévitablement à déplacer l'âge moyen de la létalité vers un âge plus jeune.
	4 Janvier 2021. Le nombre d'articles rétractés sur COVID-19 continue d'augmenter à un rythme rapide. Le site Retraction Watch continue de rassembler les articles traitant de l'épidémie de COVID-19 qui ont été rétractés. Malheureusement, ce n'est que la partie émergée de l'iceberg à un moment où près de 150 000 articles ont été publiés ou mis en ligne sur ce sujet important. Parmi les nombreux articles traitant du "travail" provenant de sites de "conspirationnistes" (par exemple le rôle de la 5G ou de toutes sortes d'"ondes" sur l'épidémie), il y a beaucoup d'articles qui ont malheureusement considérablement influencé la façon dont les autorités ont traité l'épidémie, ralentissant ainsi d'importantes découvertes qui nous aideraient à lutter contre la maladie. L'utilisation catastrophique de l'hydroxychloroquine (malheureusement, seul un nombre limité d'articles a été rétracté jusqu'à présent) y joue un rôle important, alors que son mauvais usage a non seulement compromis d'importants essais cliniques, mais a probablement aussi augmenté la mortalité de la maladie (notez toutefois que l'article n'est pas encore officiellement publié).
	1 Janvier 2021. Une modification remarquable de l'ARN utilisé pour le vaccin BioNTech/Pfizer contre le SARS-CoV-2 devrait empêcher les virus d'utiliser la construction humaine pour accroître ses possibilités d'évolution. Les ingénieurs qui ont conçu le vaccin ARN anti-SARS-CoV-2 de BioNTech/Pfizer ont eu l'idée de stabiliser, en modifiant sa structure chimique, l'ARN leurre encapsulé codant un antigène majeur de la surface du virus, parce qu'on sait que l'ARN est une molécule très instable. Par chance, cette modification a une deuxième propriété bénéfique. Comme elle est artificielle cette modification ne peut avoir été prise en compte au cours de l'évolution par aucun processus de recombinaison, de sorte que la probabilité qu'une partie de la construction artificielle se retrouve dans d'autres virus, leur permettant de découvrir de nouvelles façons d'évoluer, sera extrêmement réduite. De la même manière, la polymérisation (dépendante de l'ARN injecté) en un ARN complémentaire sera probablement bien plus difficile. Voici l'astuce (résumée dans une étude très intéressante). Un ARN est constitué de quatre éléments constitutifs, A, U, G et C, qui ont la capacité de s'apparier : A avec U et G, avec C. Maintenant, la partie hétérocyclique du bloc U peut être transformée en une molécule différente appelée pseudouridine, ψ, qui peut toujours jouer le rôle que joue le U dans l'ARN utilisé pour fabriquer des protéines, mais qui modifie de manière subtile la machinerie générale de transcription/réplication. L'ARN modifié est donc beaucoup plus stable et sera utilisé dans les cellules cibles de l'hôte pour fabriquer une bonne quantité de protéines qui seront reconnues par le système immunitaire de l'hôte, le protégeant ainsi contre une attaque du véritable virus du SRAS-CoV-2. Généralement, au lieu d'avoir : GAAUAAACUAGUAUUCUUCUGGUCCACAGACUCAGAGAGAACCCGCCACC nous avons dans la construction artificielle du vaccin : GAAΨAAACΨAGΨAΨΨCΨΨCΨGGΨCCCCACAGACΨCAGAGAGAACCCGCCACC Cette dernière séquence est toujours reconnue par la machinerie qui traduira le "message" de la construction en protéine jouant le rôle de l'antigène, et déclenchera ensuite la réponse immunitaire. Non seulement cela produit le bon antigène mais cela augmente aussi considérablement la sécurité de la construction.