UN COIN POUR LA PRESSE

COVID-19 : Été 2020

L'écriture de cette page a commencé en 2000 à Hong Kong, en anglais, bien avant l'existence de ce qu'on appelle aujourd'hui « blog » (bloc-notes serait l'équivalent correct en français). Comme alors, l'information présentée n'entre pas en compétition avec l'information des agences de presse comme l'Agence France Presse ou Reuters. Elle sélectionne une information (souvent non découverte par les media habituels et, pour la Chine, provenant d'informateurs avertis). Elle apporte aussi des informations sur l'Histoire des Sciences et la création des concepts utilisés par la biologie moderne, ce qui se résout aujourd'hui sous la forme d'une mise à jour de la génomique. Un aspect important de la nature intime de la Science a été discuté au cours d'une conférence donnée à l'Université Zhong Shan (中山大學) de Guangzhou (广州) au début des années 1990. Enfin, l'importance de la Chine est particulièrement mise en avant : le monde occidental est si puissant dans sa façon de contrôler les media que cela semble bien nécessaire. Cependant on notera que, depuis quelques années, un changement politique majeur dans l'ouverture de la Chine au monde ne permet plus d'avoir un accès fiable à l'information.

Cette page est désormais moins fournie en termes de mise à jour à propos des maladies émergentes, pour ne pas dupliquer de nombreuses sources très visibles qu'on suppose connues du lecteur. Plusieurs sites donnent des nouvelles intéressantes à propos de la grippe saisonnière A (H3N2) et de la grippe aviaire (H5N1, H7N9). Il existe aussi une carte quotidienne générale des maladies. Il faut noter que, parmi les épisodes de grippe possibles qui créeraient des ravages (plus que l'épisode COVID-19, en réalité plus limité que l'impression qu'il donne, voir la figure), il y a les épidémies de grippe, notamment liées au sérotype H2, H2N2 en particulier, qui pourraient être beaucoup plus meurtrières. Espérons que, contrairement au SRAS, l'épidémie actuelle aura servi de leçon.

Par ailleurs le bloc-notes de Crawford Kilian s'est désormais étendu à toutes sortes d'autres maladies et surveille la Toile avec soin. Le Center for Infectious Disease Research Policy (CIDRAP) de l'Université du Minnesota, et le site de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) sont des sources d'information prioritaires. L'information circule aujourd'hui très rapidement, et nous ne donnons donc ici que des compléments. Pour les grippes H7N9, H9N2, H5N1 et désormais surtout H3N8 les données sont accessibles directement à notre page en anglais (lorsqu'il y a lieu d'en parler) et au centre de surveillance de Hong Kong.

Mise à jour continue de l'infection par le 2019-nCoV (via le CCSE de l'Université Johns Hopkins)

Dans le cas de l'épidémie COVID-19, notez que les chiffres sont donnés à titre purement indicatif et changent rapidement.

Mise à jour quotidienne générale
Analyse de la mortalité
Informations générales en français

Comme une information pertinente est désormais largement représentée, les notes ici proposées traitent de questions plus rarement posées.

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Publications à usage du public général

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2020

	5 Juin 2020. Les ventilateurs assurant l'aération dans les cuisines pourraient être à l'origine de la grappe d'infections de COVID-19 à Sha Tin à Hong Kong. KY Yuen, qui a créé avec moi le HKU-Pasteur Research Center Ltd à Hong Kong en 2000 (aujourd'hui démantelé), pense que les ventilateurs d'extraction d'air situés dans les cuisines auraient pu propager le virus depuis un appartement où vivait une personne contaminée. Il a aussi démontré, en utilisant des hamsters, que le port du masque est très efficace pour prévenir la propagation de la maladie, avec un rôle plus important dans l'orientation d'un patient vers une personne naïve que comme protection. Cela est conforme à la pratique répandue qui demande au personnel des blocs chirurgicaux de porter un masque. Avant un acte chirurgical, qui demanderait au chirurgien de retirer son masque ? Pourquoi, alors, n'est-ce pas une pratique obligatoire dans les endroits surpeuplés ?
	3 Juin 2020. De nouvelles vagues de COVID-19 ne sont pas imaginaires, elles sont déjà là. La vague la plus évidente affecte l'Iran, où le gouvernement a autorisé d'importantes assemblées religieuses. Cette vague pourrait même dépasser la première. Une deuxième situation intéressante est celle de Singapour où la première vague a touché une infime proportion de la population, suivie d'une explosion de cas dans les dortoirs utilisés par les travailleurs migrants et mal surveillés. À Hong Kong, la situation était contenue, mais il y a quelques jours, un groupe local de cas dans un immeuble résidentiel est inexpliqué et peut être lié à un cas "superspreader". Enfin, la Corée du Sud avait maîtrisé très tôt la maladie, mais des groupes de personnes habituées des bars où il est à la mode de ne pas suivre les règles, ont fait repartir une nouvelle série de foyers de la maladie.
	2 Juin 2020. Hong Kong constate un nouveau foyer de COVID-19 dans la communauté locale. Sept personnes sont probablement contaminées par le SARS-CoV-2 à Hong Kong. Ce ne serait pas un sujet de préoccupation si cette nouvelle grappe d'infection pouvait être liée à une contamination par quelqu'un venant de l'extérieur de Hong Kong. Pour l'instant, tout se passe comme si le virus était resté invisible pendant plus de deux semaines, ce qui suggère qu'une deuxième vague peut recommencer n'importe où à tout moment.
	29 Mai 2020. Une flambée de nouveaux cas à Séoul a contraint les autorités à fermer des centaines d'écoles. La situation en Corée du Sud a été une sentinelle au début de COVID-19. Nous devons être préoccupés par la nouvelle vague de cas dans des zones densément peuplées. Cela pourrait être le premier signal d'une deuxième vague de l'épidémie. 13 nouveaux cas à Hong Kong, tous provenant du Pakistan : nombre le plus élevé depuis le 13 avril.
	26 Mai 2020. L'hypothèse d'une double épidémie que nous avions proposée en 2003 pourrait expliquer une partie de la différence observée dans la propagation de COVID-19. En 2003 l'épidémie de SRAS ne s'est pas propagée à Shanghai, malgré ses nombreux contacts avec Hong Kong. Nous avions expliqué la situation comme le résultat d'une épidémie antérieure qui avait apporté une protection croisée aux habitants de Shanghai les immunisant contre la maladie. Une situation de ce genre semble apparaître pour certains endroits où l'épidémie de COVID-19 ne se propage pas. D'une manière qui ressemble à ce qui se passe avec le sida, une étude de l'Université Zhong Shan à Guangzhou (Université Sun Yat Sen à Canton) a montré que la protéine ORF8 du SARS-CoV-2 est utilisée pour éliminer les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) de la surface des cellules infectées, les rendant invisibles au système immunitaire. Il s'agit d'une observation très préoccupante car cela implique que le virus peut rester invisible pendant une période de temps inconnue chez les personnes infectées.
	23 Mai 2020. En virologie, les accidents ne sont pas exceptionnels, ils sont la règle. De nombreux exemples illustrent cette observation. De nombreux accidents ont déjà eu lieu, notamment avec la variole au Royaume-Uni (Harling, 2002), avec une attaque utilisant le bacille du charbon aux USA (Anderson and Eisold, 2002), et bien sûr le SRAS à Singapour et Taïwan (Normile, 2004), et en Chine (Enserink and Du, 2004). Un article fournissant toutes les recettes utiles pour fabriquer des coronavirus chimères, publié en 2015 (naturellement non cité ici) montre que les maisons d'édition, les éditeurs et les auteurs, lorsqu'ils cherchent à obtenir un facteur d'impact élevé, ne reculent devant rien. Et il est encore plus préoccupant de savoir que les instruments facilitant la construction d'un coronavirus fonctionnel sont accessibles au public sur le marché ! Il est aussi intéressant de noter que la recherche développée laboratoire BSL-4 à Wuhan sur la transmission de coronavirus entre les chauves-souris et d'autres animaux, y compris l'homme, ont été développés grâce à une subvention d'un programme de l'Alliance EcoHealth, financé par les NIH des États-Unis. Sachant que des accidents se sont déjà produits - rien de plus normal  que les accidents, comme le rappelle Charles Perrow - n’aide malheureusement pas à comprendre ce qui s'est passé avec l'épidémie de COVID-19. Il semble en effet qu'un virus provoquant déjà des cas graves de pneumonie atypique existait mi-décembre 2019 en Chine, et peut-être même en Italie ou en France, avec des cas aux États-Unis qui n'avaient pas initialement été attribués à COVID-19 en janvier 2020. Il se pourrait donc que les premiers ancêtres du SARS-CoV-2, produisant des infections asymptomatiques se soient déjà propagés, provoquant ensuite une maladie cliniquement identifiable - COVID-19 . Hélas, le comportement des gens un peu partout dans le monde, conduit à un  relâchement de la distanciation sociale, ce qui n'est pas du tout adapté au présent état de l'épidémie, qui ne s'est pas encore atténuée.
	20 Mai 2020. Plus de 5 millions de cas de COVID-19 ont été enregistrés. Pendant ce temps, il est malheureusement difficile d'avoir une vision pertinente de la science qui explore les tenants et aboutissants de la maladie car les revues les plus visibles pour les media de masse empêchent l'accès aux informations les plus importantes. Et cela malgré l'affirmation d'une ouverture complète à toutes les recherches liées à COVID-19. C'est que la façon dont les articles sont choisis par les comités de rédaction est conçue pour rejeter sans même passer par l'évaluation scientifique des articles qui ne font pas assez référence aux articles publiés dans des revues comparables. C'est un moyen, bien sûr totalement contraire à l'éthique scientifique, très efficace pour maintenir un facteur d'impact élevé, au prix de la reproductibilité et de la qualité du contenu, expliquant la très grande proportion de faux dans ces journaux.
	18 Mai 2020. La Chine est en état d'alerte pour une éventuelle deuxième vague de COVID-19. Le nombre de cas en cause est très faible mais la transmission locale est préoccupante. Dans le nord du pays, dans la province du Jilin, après 73 jours sans aucun cas, une grappe d'infection semble récurrente. À Shanghai, au moins un cas de transmission locale a aussi été identifié, ainsi que des cas dans le Heilongjiang (à côté de la Russie) et à Wuhan. Prenant la question au sérieux, les autorités prévoient de tester le virus dans toute la population de Wuhan (11 millions de personnes).
	15 Mai 2020. Avec le grand nombre de patients se remettant de COVID-19, de nouvelles conséquences pathologiques deviennent visibles. La plupart des patients COVID-19 sans symptômes ou  affectés de façon bénigne se rétablissent sans séquelles. Malheureusement, ce n'est pas le cas des patients qui ont été touchés par des symptômes sévères. on observe dans ce cas des séquelles à long terme dans les poumons, les muscles, le système cardiovasculaire, les reins ainsi que parfois des troubles neurologiques. Prévenir l'entrée dans la phase sévère de la maladie devient une priorité absolue.
	12 Mai 2020. Un nouveau coronavirus de chauve-souris, proche de SARS-CoV-2, vient d'être découvert dans la province du Yunnan en Chine. Comme SARS-CoV-2, le nouveau virus comporte une insertion d'un acide aminé à la jonction des deux domaines de la protéine de la spicule qui est utilisée par le virus pour se lier à ses cibles chez l'hôtes infecté. Le comportement des foules semble incontrôlable dans le monde Occidental et risque de conduire à une deuxième vague de COVID-19, principalement en dehors d'Asie.
	10 Mai 2020. Après l'apparition d'une nouvelle grappe d'infection la Corée du Sud craint une deuxième vague de l'épidémie. Les autorités sanitaires de Corée du Sud ont fermé plus de deux mille lieux de rencontre nocturnes à la suite de l'apparition de grappes d'infection, l'une d'entre elle liés à plusieurs dizaines de personnes. Cet avertissement apparaît au moment où en Allemagne le relâchement du comportement individuel a arrêté la diminution du taux d'infection. Hong Kong offrira gratuitement des masques réutilisables 60 fois à partir de demain aux personnes qui se sont inscrites à un programme destiné à prévenir une deuxième vague de la maladie (près de la moitié de la population s'est inscrite). Aucune transmission locale là-bas depuis trois semaines.
	9 Mai 2020. Le nombre des cas de COVID-19 identifiés dépasse quatre millions. Entre-temps, les traitements proposés par des médecins auto-célébrés se révèlent progressivement inutiles voire dangereux. Malheureusement, cela a utilisé beaucoup de ressources et a eu un impact négatif sur les patients, ce qui donne une très mauvaise image de ce qu'est la science. Espérons que le cours de la rationalité scientifique l'emportera. Nos maladies et leur guérison sont le reflet de nos sociétés. Il en va de même dans les pays où le port du masque n'est pas rendu obligatoire en raison de conseils mal venus. Entre-temps, les origines du virus (lieu et temps) restent énigmatiques avec une variété d'hôtes intermédiaires possibles, y compris des animaux de compagnie. Outre les voies respiratoires, les yeux sont une source majeure de contamination par le SRAS-CoV-1 et cela contraste apparemment avec le SRAS-CoV-1.
	7 Mai 2020. Une étude de Singapour montre à quel point le COVID-19 a été mal géré en dehors de l'Asie. Dans cette étude réalisée par le sondeur indépendant basé à Singapour Blackbox Research, rapportée par le South China Morning Post, la France est particulièrement mal notée, ce qui n'est pas surprenant lorsque l'on compare ce pays avec d'autres pays européens. Hong Kong n'est pas non plus créditée d'une note élevée. Curieusement, malgré l'explosion des cas dans les dortoirs de Singapour, la cité-État est toujours perçue comme faisant mieux que l'Europe. La note dela Corée du Sud est également surprenante, mais pas celle du Japon (notamment à cause de la gestion du paquebot Diamond Princess).
	6 Mai 2020. SADS, une maladie du porc causée par un coronavirus se propage. Le SARS-CoV-2 n'est pas la seule maladie à coronavirus préoccupante. Fin 2016, une nouvelle maladie porcine est apparue dans la province chinoise du Guangdong, à environ 100 km de l'endroit où le cas index du SRAS a été découvert. Cette maladie provoque une diarrhée aiguë chez les porcelets et a été nommée SADS (syndrome de diarrhée aiguë du porc), en conséquence. À nouveau, sa cause est un alphacoronavirus (similaire à celui du TGEV, maladie diarrhéique sévère qui s'est développée au milieu des années 1980), qui est très semblable à un virus de chauve-souris. L'épidémie se termine en Suisse et il est intéressant de voir son impact sur la mortalité
	2 Mai 2020. La gestion de l'épidémie à Taiwan a probablement été l'une des meilleures au monde. Le ministre de la Santé de Taiwanais, Shih-Chung Chen, peut être fier d'avoir limité l'épidémie à 429 cas, désormais sans transmission locale pendant 20 jours consécutifs. Il a été aidé par le comportement collectif de ses concitoyens qui portent soigneusement des masques en toutes circonstances lorsqu'ils croisent les autres. Quelle différence avec, en France, les gens qui courent et soufflent, sans masque ! Tout cela se reflète dans les proportions désastreuses  qu'a pris la maladie dans la plupart des pays européens. L'absence totale de compréhension de l'intérêt commun est le fléau des cultures occidentales. Dans ce contexte, il est intéressant de voir comment la Suède va continuer à s'en sortir, puisque le pays n'a introduit que des mesures de quarantaine limitées. Les taux de mortalité sont intéressants à comparer (décès par million de citoyens): Belgique – 665 Espagne – 531 Italie – 467 UK – 405 France – 377 Pays-Bas – 286 Suède – 263 Suisse – 203 Allemagne – 80 Danemark – 79 Ces chiffres ne nous indiquent pas les raisons sous-jacentes d esuccès, notamment en Allemagne (avec un verrouillage limité) et au Danemark (avec un verrouillage strict). La distanciation sociale et le port obligatoire du masque pourraient être la voie à suivre. Malgré les discussions sur le rôle de ce type de protection, une visualisation de la façon dont les gouttelettes sont émises en parlant, avec ou sans masque semble convaincante.
	1 Mai 2020. L'identification des porteurs «invisibles» devient prioritaire. La maladie, sous sa forme plus bénigne, continue de se propager à Singapour (17 000 cas) mais l'augmentation reste limitée aux dortoirs des migrants, tandis que la ville s'apprête à reprendre ses échanges avec les pays étrangers (Australie, Canada, Corée du Sud et Nouvelle-Zélande).