NOUVELLES PEU DIFFUSÉES

Une seule santé, 2024-2026

Ce bloc-notes apporte des nouvelles scientifiques peu répandues. Son écriture a commencé en 2000, avec le séminaire Stanislas Noria à Hong Kong, bien avant l'existence de ce qu'on appelle aujourd'hui maladroitement « blog ». Bien sûr, le savoir présenté ici n'entre pas en compétition avec les nouvelles d'agences de presse comme l'Agence France Presse ou Reuters. Il sélectionne une information souvent absente des media habituels et, pour la Chine, provenant d'informateurs avertis. Cependant on notera que depuis quelque temps un changement politique majeur dans l'ouverture de la Chine au monde ne permet plus d'y avoir un accès fiable à l'information. Ce bloc-notes apporte aussi des connaissances sur l'Histoire des Sciences et la création des concepts utilisés par la biologie moderne, souvent sous la forme d'une mise à jour de la génomique. Un aspect important de ce qu'est la Science a été discuté au cours d'une conférence donnée à l'Université Zhong Shan (中山大學) de Guangzhou (广州) au début des années 1990.

Pour comprendre la biologie, savoir écrire à son propos ou en parler, quelques lectures sont utiles. Nous donnons des liens pour retrouver des informations importantes, y compris à nos propres publications lorsqu'elles sont destinées à un public éclairé non spécialisé. Une page est consacrée à la génomique, mais une information plus étoffée peut être trouvée dans La Barque de Delphes (Odile Jacob, mai 1998). La version anglaise du texte a été mise à jour en 2003 et réorganisée, The Delphic Boat (Harvard University Press, Cambridge, USA). Elle donne une vue plus anglo-américaine du même savoir.

Les sources les plus visibles sont supposées accessibles au lecteur. Le bloc-notes de Crawford Kilian s'est désormais étendu à toutes sortes d'autres maladies et surveille la Toile avec soin. Le Center for Infectious Disease Research Policy (CIDRAP) de l'Université du Minnesota, et le site de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) sont des sources d'information prioritaires. Plusieurs sites donnent des nouvelles à propos de la grippe saisonnière A (H3N2) et de la grippe aviaire (H5N1, H7N7, H9N2). L'information circule aujourd'hui très rapidement, et nous n'apportons donc ici que des compléments. Parmi les épisodes possibles qui créeraient des ravages, il y a les épidémies liées au sérotype H2, H2N2 en particulier, qui pourraient être très meurtrières. Pour les grippes H7N9, H9N2, H5N1 et désormais aussi H3N8 les données sont accessibles directement à notre page en anglais (lorsqu'il y a lieu d'en parler) et au centre de surveillance de Hong Kong. Pour les pandémies, espérons que, contrairement au SRAS, l'épidémie de COVID-19 aura servi de leçon.

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2026

	11 Mai 2026. La forme pulmonaire d'un hantavirus est bien plus dangereuse que la forme hémorragique. Les premiers cas ayant permis l'identification d'un hantavirus, durant la guerre de Corée dans le bassin de la rivière Hantan (avec un "h" aspiré en français), étaient marqués par une fièvre hémorragique. Les souches virale apparentées à cette famille particulière sont répandues en Extrême Orient et en Europe depuis la Grèce jusqu'à la Finlande. Plus récemment une famille à tropisme respiratoire a été identifié dans les Amériques. Chaque année des cas sporadiques apparaissent du nord au sud du continent américain. Un cas exemplaire est celui du virus Sin Nombre ("Sans Nom"), fréquemment rencontré depuis le Canada jusqu'à la Californie où son hôte, la souris Peromyscus maniculatus est très répandue. Comme souvent le tropisme des virus peut changer, il existe ainsi une forme du virus Sin Nombre qui a causé une pneumonie fulminante en 1999 aux États-Unis. Les infections par des hantavirus sont rares, mais une épidémie en France en 1996 a conduit à 230 cas d'infection. Dans ce bloc notes nous avons régulièrement noté les épidémies causées par les hantavirus, en particulier plusieurs foyers en Europe de l'Ouest en 2005 ayant causé plus de 500 infections. Dans presque tous les cas on a pu identifier une contamination par contact direct ou indirect (inhalation de poussière) avec des déjections de rongeurs infectés, chez qui le virus reste asymptomatique mais reste persistant. Cependant une souche particulière (Andes) apparue au Chili a semblé s'être communiquée entre personnes. La démonstration explicite d'une contagion interhumaine a été apportée en Argentine où un foyer de 29 cas, dont 11 mortels a été identifié dans le village d'Epuyén en Patagonie. Il va de soi que l'atmosphère par construction confinée d'un navire de croisière est particulièrement propice à la contagion, ce qui semble démontré dans le foyer d'infection du Hondius. Tant que le nombre total des infections reste limité, on peut penser que l'épidémie restera locale. Cependant la probabilité d'un changement du mécanisme de contagion augmente avec la population concernée, particulièrement dans le cas des infections respiratoires. Cela impose aux autorités sanitaires de prendre des mesures drastiques pour confiner les patients le temps qu'il faut.
	6 Mai 2026. La population mondiale est submergée d'informations concernant une infection par le hantavirus à bord d'un bateau de croisière. Bien que nous n'ayons pas prévu de rendre compte de l'infection par un virus Hanta à bord du bateau de croisière Hondius de retour d'Argentine (où le virus est connu pour être endémique), actuellement ancré au large du Cap-Vert, la peur qui se répand dans le monde entier mérite un commentaire. La raison en est que cette souche particulière du virus est connue pour se transmettre d'une personne à l'autre (P2P) et que cela semble s'être produit dans le cas présent, avec au moins huit personnes infectées. De plus, le virus est particulièrement dangereux car sa période d'incubation est longue, pouvant parfois atteindre deux mois, de sorte qu'une personne asymptomatique pourrait, longtemps après avoir débarqué, transmettre la maladie.
	2 Mai 2026. En dépit d'une opinion largement répandue, mais certainement discutable, sur l'origine du COVID-19, la question reviendra probablement sur le devant de la scène. L'existence d'un programme de recherche controversé sur les coronavirus, fruit d'une collaboration entre les États-Unis et la Chine, a été mise en lumière lorsque le COVID-19 a commencé à se propager, notamment parce qu'il est apparu à Wuhan, précisément la ville où ce programme devait être développé. Aujourd'hui, David Morens, ancien haut responsable de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses (NIAID), est mis en examen pour avoir dissimulé des documents fédéraux pendant la pandémie de COVID-19. Ces documents concernent une subvention du NIH, Comprendre le risque d'émergence d'un coronavirus de chauve-souris (subvention sur les coronavirus de chauves-souris), fondée l'idée que la COVID-19 serait apparue à l'Institut de virologie de Wuhan (WIV) à Wuhan, en Chine. En effet, si les travaux prévus, impliquant Peter Daszak, avaient été menés à bien, cela concernerait la mise au point d’une expérience potentiellement dangereuse de « gain de fonction » impliquant des coronavirus. L'acte d'accusation précise également que le NIAID a attribué la subvention à une « Société n° 1 » et à un « co-conspirateur n° 1 » non identifiés, qui ont ensuite accordé une sous-subvention à l'Institut de virologie de Wuhan. Cela survient à un moment où les choix de l'administration Trump en matière de santé sont très controversés et il faut s'attendre à ce que cela ne règle pas la question de l'origine du virus.
	30 Avril 2026. Craig Venter, pionnier de la génomique, est mort. Craig Venter était un personnage controversé, mais sa contribution à l'analyse des génomes est considérable. Son laboratoire a été le premier à transplanter un génome entier isolé in vitro dans une cellule receveuse étrangère, ouvrant ainsi la voie au développement de la biologie synthétique. Bien sûr, on reste bien loin de la synthèse de la vie, malgré les affirmations contraires. En raison de sa soif inextinguible de notoriété – et il n'est pas le seul dans ce cas –, ses travaux ont donné lieu à un nombre considérable d’affirmations fallacieuses et dangereuses, comme récemment l'idée erronée et profondément irrationnelle qu'il serait dangereux de créer une forme de vie dont tous les composants seraient en symétrie miroir par rapport à ceux de la vie existante. Ce « mirrorgate » est un pendant très malheureux du tristement célèbre « projet Stargate » de la CIA, fondé sur la parapsychologie, qui a sévi aux États-Unis à la fin des années 70.
	20 Avril 2026. Une observation vieille de cent ans revient comme apportant la clé pour comprendre la reproduction des mitochondries. En 2025, les épidémies touchant l'homme et les animaux n’ont cessé de se multiplier. Cela a été largement relayé par les media, ce qui superflues les information que nous pourrions rapporter à ce sujet. Cela nous offre l’occasion de nous tourner à nouveau vers la science et certaines découvertes inattendues et passionnantes. Parmi les maladies qui ne sont pas causées par des agents pathogènes, beaucoup sont associées à un minuscule organite de nos cellules, la mitochondrie. Ces organites essentiels ont été découverts à la fin du XIXe et au début du XXe siècle. Ils contrôlent la respiration des cellules animales et la production d'énergie qui y est associée. Comme ils possèdent leur propre génome autonome, une question cruciale se pose : comment ce génome est-il transmis aux cellules filles lors de la division cellulaire ? Dans un autre exemple de recherche menée par un couple, Margaret Reed Lewis, qui fut l’une des toutes premières personnes à réussir la culture de cellules animales in vitro, et son mari Warren Lewis, tout en confirmant l’existence d’organites de type microbien dans les cellules, ont observé à plusieurs reprises qu’ils formaient des perles à l’intérieur de la cellule hôte avant de se diviser. Ce processus de « perlage » vient d'être trouvé par des scientifiques de l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne, en Suisse, comme étant causé par une transition de phase hautement organisée, essentielle pour assurer la bonne distribution du génome mitochondrial lors de la division cellulaire.

2025

27 February 2025. Un coronavirus apparenté à l'agent causal du MERS est découvert à Hong Kong. Si cette découverte d'un virus transmis par les chauves-souris (HKU5) permet d'établir un lien avec l'origine du MERS, qui se propage par infection des dromadaires, on est encore loin de l'identification de l'origine du SARS-CoV-2. Pour l'heure, le virus de la grippe H5N1 qui se propage en Amérique semble avoir acquis des propriétés dangereuses lui permettant d'infecter les mammifères, y compris les vaches. Il ne se propage pas encore de personne à personne (P2P), mais ce mode de transmission semble s'être rapproché.

14 Janvier 2025. L'épidémie de chikunguya à la Réunion passe au niveau 3 de crise. Le nombre des foyers de la maladie et sa répartition dans ce département de France d'Outremer fait craindre une résurgence épidémique de cette maladie transmise par le moustique tigre.

	19 Décembre 2024. La transmission à l'homme du virus H5N1 de la grippe bovine se répète. Depuis que des troupeaux de vaches ont été infectés par le virus H5N1 de la grippe aviaire aux États-Unis, le nombre de personnes malades a augmenté et un premier cas d'infection grave vient d'être identifié. La consommation de lait cru est devenue une tendance à la mode dans ce pays, surtout depuis que cette pratique a été encouragée par Robert Kennedy Jr, l'éventuel candidat de Donald Trump au poste de secrétaire à la santé et aux services sociaux.
	11 Décembre 2024. Les accidents de laboratoire impliquant des virus mortels existent et sont beaucoup trop longs à détecter. Des échantillons du virus Hendra, de lyssavirus (rage) et d'hantavirus, potentiellement mortels, ont disparu à la suite d'une panne du système de stockage par congélation du laboratoire public Forensic Science Queensland, en Australie. Une enquête a été ouverte après qu'il a été révélé que 323 échantillons de virus avaient disparu du laboratoire de virologie en 2021, ce qui constitue un "manquement grave" au protocole de biosécurité, a annoncé le ministre de la santé, Tim Nicholls.
	22 Novembre 2024. Le congrès international ICG-19 “Omics for All” tient place au BGI à Shenzhen. Le thème d'une session de ce jour explore de nouvelles techniques métagénomiques pour la santé. De nouveaux dispositifs pour les méthodes métagénomiques appliquées à la cellule unique sont présentés, comme les lectures longues des transcrits pour identifier l'expression de l'épissage alternatif des ARN pré-messagers. De même le BGI développe une approche intégrée pour établir le catalogue de l'expression génétique dans tous les types cellulaires d'un organisme.
	2 Octobre 2024. Une nouveau variant hautement transmissible du SRAS-CoV-2 se propage rapidement en Europe. Apparue en Allemagne en juin 2024 avant de se propager rapidement dans toute l'Europe, cee nouveau variant, baptisé XEC, est un sous-variant de la souche SARS-CoV-2 Omicron, qui a engendré de nombreux descendants depuis son apparition en 2021. Si nous signalons ici son émergence, ce n'est pas parce qu'il provoque des symptômes différents (à l'exception d'une proportion plus élevée de diarrhées) ou qu'il est plus grave que d'autres souches récentes, mais parce qu'il s'agit d'une souche recombinante—un hybride résultant de la fusion et du réarrangement de deux sous-variants omicfon préexistants, les sous-lignées KP.3.3 et KS.1.1. La recombinaison est peu fréquente car elle nécessite qu'une personne soit infectée par deux souches différentes du même virus, ou parfois d'autres virus, ce qui implique une contamination par des sources multiples. Ce processus moléculaire a déjà contribué à l'évolution de nombreux virus et a été étudié à l'origine du SRAS en 2003.
	11 Août 2024. Le Passage Ouest au nord du Canada est ouvert entre l'Europe et le Japon. Cette année, il n'est pas encore possible de se rendre au Japon par mer en passant par le nord de la Russie, mais le Passage Ouest est ouvert. L'automne et l'hiver sont le moment de l'année où les virus respiratoires sont les plus nombreux. Lors de l'apparition de la COVID-19 en 2020, le SARS-CoV-2 a rejoint la grippe et le virus syncytial qui atteignent leur pic pendant les mois les plus froids. Depuis lors, la COVID-19 est devenue endémique, mais avec un pic deux fois par an, dont une vague en été. Plusieurs facteurs sont à l'origine des vagues estivales. Au milieu ou à la fin de l'été, l'immunité de nombreuses personnes - soit à la suite de leur dernière vaccination à l'automne, soit à la suite d'une infection antérieure - s'est affaiblie. Le comportement humain joue également un rôle important. À mesure que le temps se réchauffe, nous passons plus de temps dans des lieux climatisés, où se produit la majeure partie de la transmission du virus. Enfin, la proportion de personnes asymptomatiques augmente, ce qui favorise la propagation du virus.
	20 Mai 2024. L'International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) publie un guide à l'intention des nouveaux centres qui souhaiteraient devenir membres de la collaboration. L'INSDC, qui associe depuis 1995 la DNA database of Japan (DDBJ), l'Archive européenne des nucléotides (ENA-EBI) et la banque de données de séquences Genbank des États-Unis, a finalement décidé d'étendre son champ d'action international en associant de nouveaux partenaires. Le présent guide met à jour la mission, la vision et la gouvernance de l'INSDC et fournit une documentation technique à l'intention des nouveaux membres. Cela est particulièrement important pour la science ouverte à une époque où le séquençage des gènes et des génomes est devenu monnaie courante.
	18 Avril 2024. Un gel biodégradable contenant des nématodes protège le maïs contre une chenille ravageuse. L'abus généralisé de pesticides non seulement contamine l'environnement, mais aussi conduit à la sélection rapide d'insectes ravageurs résistants. Des chercheurs suisses ont pensé à utiliser un prédateur naturel, enfermé dans un gel collant à la plante, comme agent insecticide. La chenille légionnaire Spodoptera frugiperda est friande du gel collé à la plante et s'infecte par les nématodes qui y sont enfermés, et qui se multiplient en la tuant. Cette approche est généralisable et devrait rapidement être imitée.
	28 Mars 2024. L'homme contamine massivement les animaux par des virus. L'analyse génomique de plus de 12 millions de génomes viraux réalisée par des scientifiques de l'University College de Londres a montré que, parmi ceux-ci, plus de 3 000 passaient d'une espèce de vertébrés à une autre espèce. 79 % d'entre eux sont transmis d'un animal à un autre, tandis que les autres concernent notre espèce. Cependant, deux tiers des infections sont transmises de l'homme à l'animal et un tiers de l'animal à l'homme. Une proportion considérable concerne les animaux domestiques et les animaux de compagnie en particulier. Le changement d'hôte est toujours associé à une explosion du nombre de mutations affectant le virus, à la suite de son adaptation à son nouvel hôte.
	23 Janvier 2024. Mort catastrophique de bébés éléphants de mer dans le sud de l'Argentine. La nouvelle souche du virus de la grippe H5N1 fait des ravages dans la péninsule de Valdés, en Argentine : plus de 17 000 bébés éléphants de mer sont morts subitement de la maladie et les cadavres sont omniprésents sur les côtes. L'observation la plus inquiétante est que la contagion semble s'être produite d'un petit à l'autre, et non par contact avec d'autres animaux morts. Jusqu'à récemment, le virus ne se transmettait pas au sein des espèces de mammifères, mais depuis des oiseaux infectés vers les mammifères. Cette nouvelle évolution doit être surveillée de près, car l'infection pourrait atteindre l'homme.
	21 Janvier 2024. Un chercheur chinois a téléchargé une séquence génétique du virus SARS-CoV-2 dans une base de données liée à l'INSDC le 28 décembre 2019, deux semaines avant que le gouvernement chinois ne publie officiellement la séquence. La séquence a été rapidement supprimée de la base de données (16 janvier 2020), environ une semaine après que le CDC chinois a entré une séquence presque identique le 10 janvier 2020 dans une base de données associée à GenBank, partenaire de l'INSDC, le 12 janvier. Cette information, précédemment évoquée, renforce le mystère sur l'origine de la pandémie.
	16 Janvier 2024. Nous ne sommes pas sortis de l'auberge : des expériences de laboratoire en Chine testent un coronavirus hautement létal. En virologie, les accidents sont la règle et non l'exception. Comment percevoir le fait que dans un laboratoire de haute sécurité de l'Armée populaire de libération chinoise, un groupe de souris "humanisées" s'est vu administrer le coronavirus du pangolin GX_P2V, apparenté au SARS-CoV-2, pour en tester l'effet ? Toutes les souris sont mortes après que la maladie s'est propagée des poumons au cerveau. Il faut noter que le virus avait été adapté aux souris par des passages en série sur cultures cellulaires. Cette étude est publiée dans bioRxiv.
	1 Janvier 2024. Vaccins anti-COVID-19 et maladies émergentes. Le projet NextGen, basé aux États-Unis, qui vise à mettre au point un vaccin actif à vie contre la COVID-19, va mener des expériences à grande échelle sur l'homme. Trois vaccins ont été choisis pour les essais cliniques de phase 2b (10 000 participants): Un vaccin auto-amplificateur à base d'ARN synthétique visant à être "exempt de variants" par Gritstone Bio ; Covi-Vac/CoviLiv: Un vaccin intranasal à virus vivant de Codagenix ; Un vaccin intranasal à vecteur viral, par Castlevax, une entreprise dérivée de l'hôpital Mount Sinai. Dans ce contexte, il est important de se rappeler que l'ARN synthétique glisse dans les ribosomes lors de la traduction, générant des polypeptides immunogènes accidentels. Les conséquences de cette situation n'ont pas encore été étudiées. Dans le cas d'éventuelles épidémies de grippe, le réassortiment des fragments génomiques au sein des virus de la grippe doit être étroitement surveillé. Enfin, il se développe une forte et très dangereuse propagande visant à permettre les expériences de "gain de fonction" (GdF), en utilisant le fait que l'expression est extrêmement ambiguë. Les partisans du concept, par exemple, feignent de croire que l'expression hétérologue de protéines dans les cellules pourrait être considérée comme un gain de fonction. C'est occulter le fait que la propagation efficace de virus inoffensifs pour l'homme dans des cellules humaines, par exemple, est une expérience très dangereuse de GdF, qui n'a en réalité aucune justification sérieuse. Elle sert uniquement à assurer la renommée de ses auteurs.

Vagues de COVID-19 en 2022

Vaccination 2021