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Le début de l'épidémie COVID-19

Dans le cas de l'épidémie COVID-19, notez que les chiffres sont donnés à titre purement indicatif et changent rapidement.

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arrow 29 février 2020. L'épidémie déclenche des comportements irrationnels. « Ce que voit le singe, le singe le fait » est le dicton qui décrit en Chine, les achats de panique. Il y a des variations considérables dans le comportement du public en différents endroits du monde. État d'urgence dans l'île septentrionale de Hokkaido au Japon, où le nombre de cas atteint désormais 242. Ce pays ne dispose pas de centre de contrôle des maladies, laissant la gestion de l'épidémie à l'administration. Il est important de se rappeler que la léthalité de cette maladie est limitée, mais que la présence simultanée de cas graves pose des problèmes difficiles aux systèmes de santé, ce qui déclenche plus de réactions de panique chez les personnes entourant les patients que les épidémies de grippe (qui ont aussi des conséquences importantes en termes de décès, mais plus uniformément répartis). 85,906 case dans le monde, 79,251 cas en China, 95 à Hong Kong, 102 à Singapour et  2,943 décès. Il y a eu 1 128 cas et 29 morts en Italie. La France a 100 cas. En Corée du Sud l'épidémie continue avec 3,150 cas et 17 morts. Le rôle de la secte SCJ, qui a une antenne à Hong  Kong, apparaît de plus en plus centrale dans la propagation de l'épidémie. L'Iran a donné de nouveaux chiffres 593 cas et 43 décès et les États-Unis font état de 62 cas et un décès. Dans ce pays, un premier cas de pénurie d'ingrédients pharmaceutiques (fabriqués en Chine) a été signalé. Plusieurs coronavirus sont responsables de rhumes courants résultant en 1 à 2% des cas de pneumonie sévère. Ils n'ont jamais été maîtrisés et il n'y a pas encore de vaccin contre ces infections. Cela signifie que si l'épidémie actuelle n'est pas maîtrisée avant l'été, elle restera présente à l'avenir. Au contraire, si elle est contrôlée, comme l'a été le SRAS, elle disparaîtra.
arrow 28 février 2020. Les réunions en groupe, où les gens partagent fréquemment des locaux communs, sont une source majeure de l'épidémie. Cela comprend le tourisme de masse et les pratiques cultuelles. Un cas au Nigéria (provenant d'Italie) et un cas en Nouvelle Zélande (venant d'Iran). Les quatre sources principales de contamination  sont la Chine, l'Italie, l'Iran et la Corée du Sud. La plupart des cas qui désormais sont présents dans la majorité des pays proviennent de ces sources. Le premier cas importé en Chine provient d'Iran. 84 131 cas dans le monde, 78 824 cas en Chine, 94 à Hong Kong, 98 à Singapour et 2 876 décès. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint désormais 2 337 avec 16 décès. L'Iran déclare 388 cas et 34 décès. En Italie, 888 cas et 21 décès. Les États-Unis ont enregistré 60 cas. Le nombre de passagers concernés par le Diamond Princess est resté à 705 mais avec 6 décès. L'absence de propagation de l'épidémie en Afrique subsaharienne laisse perplexe. Cela pourrait être dû à une configuration de résistance génétique (et cela se verra si les Américains d'origine africaine sont moins touchés), ou, plus probablement au scénario de double épidémie, observé pendant l'épisode du SRAS. Les propriétaires d'animaux de compagnie à Hong Kong sont inquiets après qu'une réponse faible contre le SRAS-CoV-2 a été trouvée chez le chien d'un patient. Les autorités sanitaires de Hong Kong recommandent de mettre en quarantaine les animaux ainsi affectés. Il convient de souligner que, exactement comme le rhume survient chez l'homme, les coronavirus infectent également les animaux de compagnie (parfois, comme avec le SRAS, avec des formes hautement virulentes). Les pratiques obscures et très secrètes de la secte Shincheonji Church of Jesus the Temple of the Tabernacle of the Testimony (SCJ) pourrait avoir joué un rôle important dans la diffusion initiale de l'épidémie de COVID-19. Le laboratoire de Shanghai où les chercheurs ont publié—avant les autorités officielles—la première séquence du génome du SARS-CoV-2 qui cause Covid-19, a été fermé. Aucune raison pour expliquer cette fermeture n'a été communiquée.
arrow 27 février 2020. Alors qu'il se propage dans le monde, le SARS-CoV-2 continue d'évoluer. Le premier patient de la maladie est encore inconnu. Il y a désormais des cas de COVID-19 dans plusieurs pays d'Amérique du Sud. Il sera intéressant de suivre l'évolution de l'épidémie à San Paolo car cela pourrait donner une clé sur ce qui va se passer au moment du printemps. L'Argentine est aussi un témoin important car ce pays se situe dans l'hémisphère sud et a des relations importantes avec l'Italie. L'Afrique du Sud fait également partie des pays à surveiller. L'Australie et la Nouvelle-Zélande étant assez isolées, elles sont plus à même de contenir une épidémie. 82 659 cas dans le monde, 78 631 cas en Chine, 93 à Hong Kong, 96 à Singapour et 2 814 décès. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint désormais 1 766 avec 13 décès. L'Iran déclare maintenant 245 cas (après 141 ce matin), mais 26 décès. En Italie, 650 cas et 17 décès. Les États-Unis ont enregistré 60 cas. Le nombre de passagers infectés du Diamond Princess atteint 705. Il semble que l'immunisation de certains patients guéris puisse être temporaire, ce qui est une perspective négative pour la vaccination.
arrow 26 février 2020. Les deux tiers de tous les travailleurs ont repris leur activité en Chine. Seulement cinq nouveaux cas en dehors de la province du Hubei en Chine. Mais la maladie se propage largement en Europe, avec l'Italie comme source de contamination majeure vers les autres pays. La Chine a mis à jour la définition clinique de la maladie, ce qui pourrait changer le nombre de cas chinois dans le prochain rapport. 81 248 cas dans le monde, 78 064 cas en Chine, 91 à Hong Kong (comme attendu, la contribution des passagers du Diamond Princess commence à se faire voir), 93 à Singapour et 2 770 décès. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint désormais 1 261 avec 12 décès. L'Iran déclare 139 cas pour le moment - mais désormais 19 décès. En Italie, 374 cas et 12 décès. Les États-Unis ont maintenant 59 cas. Un cas en Algérie, en provenance d'Italie. Un cas au Brésil (à nouveau venant d'Italie). Pour ceux qui souhaitent voir comment le virus se déplace, le GISAID a construit un site avec des informations intéressantes montrant la propagation mondiale du virus (les couleurs montrent les différents lieux d'identification).
note Dans ce contexte il est intéressant de noter que la compagnie Tonix a réussi à synthétiser entièrement le virus de la vaccine, sans que personne ne trouve rien à redire, alors que cela ouvre une terriblement dangereuse boîte de Pandore.
arrow 25 février 2020. L'épidémie de COVID-19 continue à se développer en dehors de la Chine. L'épidémie COVID-19 est toujours sur un pente positive en dehors de la Chine. En dehors du Hubei, où il a fallu du temps pour reconnaître la maladie qui supporte le gros du nombre de patients et de décès, il semble que dès que la maladie est identifiée, les mesures mises en place permettent de la contenir assez rapidement. 80 382 cas dans le monde, 77 658 cas en Chine, 85 à Hong Kong, 91 à Singapour et 2 710 décès. À Hong Kong, une modification de la réglementation sur les systèmes d'évacuation des eaux usées, introduite en 2016, a peut-être accru le risque de contamination oro-fécale par les eaux usées. La province septentrionale du Heilongjiang, à côté de la Russie, compte 480 cas et 12 décès. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint désormais 977 avec 11 décès. Cette flambée d'origine sectaire a peut-être commencé avec des membres prosélytiques de la secte qui se sont rencontrés à Wuhan en janvier. L'Iran ne rapporte toujours aucun nombre vraiment fiable de patients - 95 pour le moment - mais enregistre officiellement 16 décès. En Italie, 322 cas et 11 décès. Les États-Unis ont enregistré 53 cas. Finalement, la croisière du Diamond Princess a conduit à 691 cas et 4 décès.
arrow 24 février 2020. Les scientifiques hésitent à partager leurs données sur le SARS-CoV-2 car ils espèrent les publier dans des revues à fort impact (IF élevé). Une habitude très malheureuse en ce moment fait que les gens essaient de publier leurs résultats dans des revues scientifiques à fort "facteur d'impact'". A titre d'illustration, j'ai reçu ce courriel: "les échantillons sont uniquement à des fins de détection. Interdit de faire des recherches si les hôpitaux ne veulent pas le faire maintenant. […] Pour moi, de toutes façons, c'est vraiment une honte. Comprends bien que c'est la situation maintenant, et ici. Je t'assure que nous publierons très prochainement de nombreuses séquences avec les cliniciens." La raison de cette attitude nuisible est que les revues à la mode (avec des IF élevés) mettent généralement un embargo sur les données associées aux articles qu'elles publieront, et, dans la plupart des pays, c'est compté pour le recrutement et même les salaires des chercheurs ! Et ce, malgré le fait que ces revues publient une quantité considérable de recherches fausses ou non reproductibles, sélectionnées par des rédacteurs formés à la publicité, et qui n'ont pour seul objectif que l'impact commercial ou autrement la visibilité de la revue qu'ils gèrent. Pour les vrais scientifiques, c'est un cauchemar, et dans des cas comme ce qui se passe maintenant, c'est un crime, car il est essentiel que les données sur l'épidémie soient partagées dans le monde entier, et immédiatement. Un certain nombre de structures universitaires ont signé la déclaration de San Francisco (DORA) cherchant à imposer que l'évaluation de la recherche repose sur son contenu et non sur la réputation de journaux dont les objectifs sont très discutables, mais c'est encore loin d'être généralisé (en France les chercheurs continuent par exemple à être évalués sur le fait qu'ils ont publié dans des revues à fort facteur d'impact, ce qui conduit d'ailleurs à des scandales à répétition !) 79 444 cas dans le monde, 77 150 cas en Chine, 81 à Hong Kong, 90 à Singapour et 2 627 décès. À wuhan le nombre des cas a atteint son pic et décroît significativement. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint désormais 833 avec 8 décès. Quelques changements en Italie à cette heure: on fait état de 215 cas et 7 décès. L'Iran ne signale aucun nombre fiable de patients—61 désormais—mais suggère qu'il y a maintenant 50 morts dans la ville de Qom. Cas multiples au Moyen Orient, confirmant l'inconnue de toute la région. Heureusement—comme on le voit avec le MERS, qui n'a pas de comportement épidémique—la chaleur empêche la propagation du virus. Pourtant, il semble important de surveiller les endroits où le temps va rester froid. Cela comprend la Russie, l'Asie centrale et les régions montagneuses.
arrow 23 février 2020. Plus de 9 000 membres d'une secte évangéliste de 200 000 adeptes sont testés pour le SRAS-CoV-19 alors que la maladie explose en Corée du Sud. Au moins neuf membres d'un groupe sud-coréen en tournée en Israël et en Cisjordanie ont été testés positifs pour le virus et la présence d'un millier de touristes dans ce pays fait craindre une contagion locale importante. Israel a demandé à ces touristes de se mettre volontairement en quarantaine. 78 959 cas dans le monde, 76 936 cas en Chine, 74 à Hong Kong, 89 à Singapour et 2 465 décès. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint désormais 602 avec 6 décès. L'Iran rapporte désormais 43 patients et 8 décès. Un groupe de patients dans le nord de l'Italie a porté le nombre de cas dans ce pays à 155 et à 3 décès. Plusieurs villes ont été mises en quarantaine, et il a été décidé de ne pas maintenir le carnaval de Venise.  Le premier patient à l'origine de cette explosion de cas n'a pas encore été identifié, ce qui pourrait signifier que le nombre de cas est beaucoup plus important que reconnu aujourd'hui. D'une façon générale, l'origine du virus reste matière à contention. Une récente étude (non revue par les pairs) suggère que le virus ne provient pas initialement du marché Hua Nan de Wuhan, mais sans doute du sud de la Chine.
arrow 22 février 2020. Plusieurs groupes de cas en dehors de Chine. La Chine a mis en place un système de surveillance utilisant l'IA pour permettre aux gens de savoir s'ils sont autorisés à voyager (laissez-passer rouge, vert et jaune, sur leurs téléphones portables). L'extension de l'épidémie de COVID-19 en dehors de Chine est inquiétante, notamment aux endroits où la température restera basse pendant un certain temps. 77 953 cas dans le monde, 76 288 en Chine, 70 à Hong Kong, 89 à Singapour et 2 364 décès. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint maintenant 433, avec deux décès. L'Iran rapporte désormais 28 patients et 6 décès. Un groupe de patients dans le nord de l'Italie a porté le nombre de cas dans ce pays à 51 et deux décès. L'identification des cas authentiques est essentielle et la difficulté du processus, couplée aux contraintes politiques locales, explique en grande partie l'incertitude sur le nombre des cas. Le BGI a interrompu son activité normale pour travailler 7j / 7 sur la construction de kits de test pour le virus (plus de 420 000 à ce jour) et sur des tests sur des isolats provenant de toute la Chine (plus de 170 000 à ce moment), il a aussi construit trois laboratoires d'analyse en des lieux permettant d'effectuer les tests localement.

note Une invasion de criquets pèlerins affecte la Corne de l'Afrique, le Yémen et les pays voisins, avec des conséquences désastreuses sur l'approvisionnement alimentaire de base. Malgré l'épidémie de COVID-19, la Chine réussit à produire une quantité considérable de spores de champignons  du genre Metarhizium qui tuent les criquets pour lutter contre cette ancienne peste.
arrow 21 février 2020. Contamination dans des prisons chinoises. La Corée du Sud fait face à une situation d'« urgence » et intensifie les mesures alors que le nombre de cas continue d'augmenter rapidement dans les villes de Daegu et Cheongdo. Surveiller la situation en Iran semble importante, car une Canadienne qui n'a jamais visité la Chine mais est revenue d'Iran est peut-être infectée par le SRAS-CoV-2. Un autre lieu à considérer est la Corée du Nord, sachant le trafic de contrebande très actif à la frontière avec la Chine. Pour comprendre la propagation de la maladie, il est essentiel d'avoir confiance dans les chiffres fournis par les autorités. Le fait même qu'il y ait eu une augmentation soudaine du nombre de cas le 13 février, au moment même où les autorités locales ont changé, jette un doute sur la réalité des chiffres. 76 794 cas dans le monde, 75 465 cas en Chine, 69 à Hong Kong, 86 à Singapour et 2 250 décès. Le Ministère chinois de la justice a informé que plus de 500 détenus de cinq prisons dans trois provinces avaient été infectés par le virus. Au moins 200 prisonniers internés dans deux prisons de la province du Shandong et 34 dans une prison de la province du Zhejiang ont été infectés par le SRAS-CoV-2. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint maintenant 208. C'est apparemment dû à un membre d'une secte religieuse évangéliste qui a infecté un grand nombre de membres de sa communauté. Avec le bateau de croisière Diamond Princess, cela démontre que les environnements confinés sont susceptibles de propager rapidement la maladie. L'Iran rapporte désormais 18 patients et quatre morts. Le Liban rapporte qu'un patient atteint par le virus revenait juste d'Iran. Certains des patients en convalescence qui ont été replacés des conditions de vie normales peuvent encore être porteurs du virus pendant un certain temps et pourraient contribuer ainsi à propager la maladie. À bord du Westerdam, il semble bien que l'identification du virus chez une passagère ait été un faux positif.
arrow 20 février 2020. La structure 3D de la protéine qui forme la spicule du virus est résolue en utilisant la microscopie cryoélectronique. Comme on pouvait s'y attendre, cet exploit technique est interprété comme s'il conduisait directement à de nouveaux médicaments et vaccins. C'est une nouvelle démonstration de la puissance de la microscopie cryoélectronique. L'idée de l'importance des structures suit une longue tradition qui est, malheureusement et contrairement à beaucoup de bruit, rarement suivie de véritables succès rapides en termes d'applications. Réunion d'urgence de la Chine et de l'ANASE sur l'épidémie de COVID-19. 75 773 cas dans le monde, 74 576 cas en Chine, 69 à Hong Kong (2 décès), 85 à Singapour et 2 129 décès. Le nombre de cas en Corée du Sud atteint désormais 104. La baisse soudaine en Chine continentale est assez surprenante et reflète sans doute le problème de l'identification exacte des cas de COVID-19. Deux passagers parmi les 621 infectés à bord du Diamond Princess sont morts. L'Iran rapporte trois nouveaux cas de patients affectés par la maladie. Une lettre au NEJM compare les effets du nouveau virus à celui du SRAS et note à la fois que la contagion semble surtout apparaître en même temps que les symptômes et qu'un patient significativement infecté était au jour de l'analyse asymptomatique.
arrow 19 février 2020. La Russie a fermé sa frontière orientale avec la Chine. Il était assez surprenant que le COVID-19 n'ait pas plus préoccupé la Russie plus tôt, car sa frontière orientale est assez perméable et  de nombreux citoyens chinois font toutes sortes de commerce dans cette région. 75 291 cas dans le monde, 74 185 cas en Chine, 65 à Hong Kong, 84 à Singapour et 2 010 décès. Un groupe de patients liés à une secte très active en Corée du Sud a connu une soudaine augmentation de 5 autres patients (aujourd'hui 15), portant le nombre de cas en Corée du Sud à 51. Montrant que la propagation de la maladie n'est pas encore tout à fait claire, deux cas ont été diagnostiqués en Iran et tous deux sont décédés. Cela suggère que le nombre réel de personnes contaminées dans ce pays est considérablement plus élevé.
arrow 18 février 2020. Des essais combinant des médicaments antigrippaux et anti-VIH contre l'infection par le SRAS-CoV-2 sont en cours. Le Chinese Journal of Epidemiology résume la situation, qui montre un excès de décès dans la province du Hubei par rapport au reste de la Chine. Les gens âgés ou souffrant d'autres maladies sont le plus à risque. 73 429 cas dans le monde, 72 436 cas en Chine, 61 à Hong Kong, 81 à Singapour et 1 873 décès. 350 personnes à bord du Diamond Princess devraient être transportées par avion à Hong Kong. Elles seront placées en quarantaine au domaine de Chun Yeung, mais ses habitants sont opposés à leur venue. Avec 88 nouveaux cas le nombre des personnes infectées sur le Diamond Princess atteint 542. Notre modèle sur la propagation de l'épidémie est en ligne sur MedRxiv. Une petite minorité des isolats a un temps d'incubation très long (de 14 à 24 jours).
arrow 17 février 2020. Il y a peut-être des cas asymptomatiques de l'infection par le SARS-CoV-19.
Si c'est le cas il sera presque impossible de contenir l'épidémie et la maladie deviendra endémique. 71,440 cas dans le monde, 70,548 cas en Chine, 60 à Hong Kong, 77 à Singapour et 1,775 décès. Pour contenir les comportements de panique, les autorités sanitaires de Taiwan ont créé une bande dessinée avec le chien Zongchai pour afficher des messages comme «Laissez les masques aux personnes qui en ont besoin, lavez-vous fréquemment les mains avec du savon, évitez de vous toucher les yeux, le nez et la bouche avec votre mains.» Il sera intéressant de suivre ce qu'il advient des passagers du bateau de croisière Westerdam après qu'une passagère a été trouvée infectée par le virus. C'est d'autant plus important maintenant que 99 nouveaux cas ont été identifiés parmi les passagers du Diamond Princess. Une alerte prioritaire sur un autre virus à ARN positif qui infecte les plantes, le virus du fruit rugueux brun de la tomate (ToBRFV) est lancée en France, où un premier cas d'infection aurait pu être identifié.
arrow 16 février 2020. L'épidémie de COVID-2 ralentit.
Toute la population de la province du Hubei (58 million de personnes, dont 24 million de ruraux) a reçu l'ordre de rester chez soi. À Hong Kong, quelque 2 000 habitants ont manifesté contre le projet de créer des centres de quarantaine près des domaines où ils vivent. 69,278 cas dans le monde, 68,500 cas en Chine, 57 à Hong Kong, 75 à Singapour et 1,670 décès. Alors que l'origine de l'épidémie reste inconnue (un article a été publié suggérant que l'animal contaminant était un pangolin), l'Institut de Virologie de Wuhan (un laboratoire du niveau de sécurité 4, le plus haut existant) dément que "le patient zéro" ait été l'un de ses employés. Avec la propagation continue de l'épidemie COVID-19 à bord du bateau de croisière Diamond Princess (355 personnes atteintes, dont 21 de Hong Kong, à comparer à la situation dans une ville de 7 millions d'habitants), on assiste à la démonstration du rôle de ces «boîtes de Pétri flottantes» dans la propagation des épidémies.
arrow 15 février 2020. Bien qu'il n'y ait toujours pas de cas d'infection par le SRAS-CoV-2 en Indonésie, la  panique conduit les gens à acheter massivement des masques faciaux et des produits de base.
67 187 cas dans le monde, 66 492 cas en Chine continentale, 56 à Hong Kong, 72 à Singapour et 1 527 décès. Un touriste Japonais a peut-être déclenché la maladie à Hawaï. Au moins une passagère du bateau de croisière Westerdam, qui avait eu du mal à accoster quelque part pour finir au Cambodge a été infectée par le virus et est repartie pour la Malaisie.
arrow 14 février 2020. L'accroissement des cas de COVID-19 retrouve un chemin standard.
L'hiver est dans l'hémisphère Nord le moment de pics de pneumonies. Identifier la cause spécifique d'une maladie de ce type suppose une infrastructure lourde. Cependant la combinaisons de signes cliniques aussi précis que possible peut suffire à caractériser une maladie, et c'est désormais ce qui prime lorsque l'identification moléculaire du génome du virus n'est pas possible. Il reste difficile cependant de connaître la réalité dans un pays contrôlant en amont toutes les sources d'information. 64 452 cas dans le monde, 63 851 cas en Chine continentale, 56 à Hong Kong et 1 383 décès. 1 736 membres du personnel médical en Chine ont été infectés. Le sérum de convalescents semble avoir un effet protecteur. Désormais 67 personnes ont été infectées à Singapour. Premier cas identifié en Égypte.
arrow 13 février 2020. Le rebond important du nombre de cas indique un retard dans le décompte.
La modélisation dépend fortement de la manière dont les autorités communiquent le nombre de cas. D'après les chiffres des jours précédents, il était clair qu'il se passait quelque chose d'inhabituel. Cela semble maintenant être corrigé, avec 60 386 cas dans le monde, 59 804 cas en Chine continentale, 53 à Hong Kong et 1 370 décès. 10 000 personnes sont mises en quarantaine au Vietnam. 2 600 personnel de santé militaires sont arrivés à Wuhan, portant l'ensemble à 6 600 personnes. C'est considérablement plus que pendans l'épisode du SRAS.
arrow 12 février 2020. Les conséquences économiques de l'épidémie semblent être plus importantes que celles de l'épisode de SRAS.
Le nom du virus 2019-nCoV a été officiellement changé par le Comité International sur la Taxonomie des Virus en SARS-CoV-2. Jusqu'à présent plus de 80% des cas groupés de COVID-19 se retrouvent au sein des membres d'une même famille. 45 175 cas dans le monde, 44 653 cas en Chine continentale, 50 à Hong Kong et 1 117 décès. Les questions du mode de transmission et du temps d'incubation ne sont pas clairement répondues. Un point important qui n'est pas encore compris est le nombre de cas très légers ou asymptomatiques.
arrow 11 février 2020. L'épidémie semble ralentir à Wuhan et dans la province de Hubei.
La maladie causée par le 2019-nCoV a été officiellement baptisée COVID-19 (Coronavirus Disease 2019). Il semble qu'au moins 500 membres du personnel médical de Wuhan ait été infecté par le 2019-nCoV. Les autorités sanitaires de Hong Kong recherchent neuf ménages du domaine de Cheung Hong à Tsing Yi pour surveiller leur état de santé. Le système d'égouts de ce complexe est certainement moins sujet à la contamination que celui du domaine d'Amoy Gardens, mais, avec l'épisode du bateau de croisière Diamond Princess, il semble que la contamination par la voie oro-fécale est assez importante. 43 114 cas dans le monde, 42 638 cas en Chine continentale, 49 à Hong Kong et 1 018 décès. La question de l'origine du virus reste ouverte et donne lieu à toutes sortes de rumeurs.
arrow 10 février 2020. Le nombre de personnes se remettant de la «nouvelle pneumonie à coronavirus» (NCP) devient important.
La police de Hong Kong cherche à retrouver deux personnes qui se sont échappées de leur quarantaine. 3 344 se sont remis de la maladie. 40 631 cas dans le monde, 40 171 cas en Chine continentale, 43 à Hong Kong, dont dix membres de la même famille, et 910 décès. La situation à Tsing Yi, faubourg de Hong Kong, ressemble à s'y méprendre à celle d'Amoy Gardens durant l'épisode du SRAS (contamination par le système d'évacuation des effluents liquides). En accord avec une contamination oro-fécale plus de 65 personnes à bord du Diamond Princess, le navire de croisière actuellement en quarantaine dans le port de Yokohama au Japon ont été testées positives pour le 2019-nCoV, portant le total à 136 passagers infectés.
arrow 9 février 2020. Modéliser la tendance des épidémies entre différents sites est essentiel pour comprendre la propagation d'une maladie (et savoir si les chiffres peuvent être fiables).
La quarantaine imposée au vaisseau de croisière à Hong Kong se termine et passagers et équipage peuvent quitter le navire. 37 580 cas dans le monde, 37 198 cas en Chine continentale, 36 à Hong Kong (avec huit cas appartenant à une famille entière d'un patient infecté) et 813 décès. Le nom proposé pour la maladie est « Nouvelle Pneumonie à Coronavirus » (NPC). L'ambassadeur de Chine aux Étas-Unis réagit à la propagation de fausses nouvelles à propos de l'origine du 2019-nCoV à Wuhan.
arrow 8 février 2020. Le manque de transparence propage la propagation de fausses nouvelles dangereuses.
Le meilleur moyen de comprendre la propagation de l'épidémie et son coût réel en termes de vies humaines, il semble important de surveiller ce qui se passe dans les pays politiquement ouverts. 34 898 cas dans le monde, 34 546 cas en Chine continentale, 26 à Hong Kong et 725 décès. Encore une fois, la compréhension de l'origine du virus devrait déclencher une interdiction mondiale de l'importation d'animaux sauvages.
arrow 7 février 2020. Réactions indignées en Chine après l'annonce la mort de WenLiang Li.
Le trafic illégal d'animaux sauvages en Chine est sans doute responsable de l'épidémie. À ce stade la recherche conduit à soupçonner que le pangolin, malheureusement sujet de ce trafic malgré sa rareté, pourrait être l'hôte intermédiaire du 2019-nCoV. On peut espérer que le gouvernement Chinois en tirera la leçon et punira sévérement l'usage d'animaux sauvages dans le pays. L'épidémie se propage dans un bateau de croisière en quarantaine près de Tokyo avec 61 cas identifiés. 31 527 cas dans le monde, 31 203 cas en Chine continentale, 26 à Hong Kong et 638 décès. Des dizaines de milliers de voyageurs en provenance de Shenzhen font la queue pour se rendre à Hong Kong avant que l'obligation de quarantaine de 14 jours pour tous les visiteurs du continent à Hong Kong ne soit imposée à minuit (heure de l'UE +7).
arrow 6 février 2020. L'état de contagion communautaire est déclaré à Hong Kong.
Il semble que WenLiang Li, le médecin qui avait alerté le 30 décembre les autorités de Wuhan du début de l'épidémie puis avait été réprimandé par la police soit mort. Il avait 34 ans. À ce stade les autorités sanitaires chinoises affirment qu'il est toujours en vie. Rappel d'hygiène: avoir les mains et le visage non contaminé est essentiel pour éviter la propagation du virus. L'usage des masques est donc souvent moins utile que nuisible (car on risque de se toucher le visage) dans les espaces où l'air confiné est recyclé après filtration correcte. Beaucoup des 24 Hongkongais qui ont été infectés ne se sont pas récemment rendus sur le continent, démontrant une chaîne de transmission locale. 28 403 cas dans le monde, 28 130 cas en Chine continentale, 24 à Hong Kong et 567 décès. De vigoureuses mesures de quarantaine sont mises en œuvre dans la province du Zhejiang.  Les navires de croisière sont le réservoir commun des épidémies de virus intestinaux. Des milliers de personnes de plus que ce que l'on pensait auparavant auraient pu être exposées au 2019-nCoV, après qu'une compagnie de croisière a admis que l'un de ses navires avait navigué quatre fois (Nansha-Vietnam-Guangzhou-Hong Kong, où 8 patients infectés ont été débarqués) depuis le débarquement des passagers Chinois infectés par la maladie. Le navire est actuellement mis en quarantaine (d'autres navires de croisière sont également mis en quarantaine ailleurs dans le monde).
arrow 5 février 2020. Le gouvernement chinois a déployé un laboratoire de biosécurité mobile BSL-3 à Wuhan.
24 648 cas dans le monde, 24 405 cas en Chine continentale, 21 à Hong Kong et 494 décès. Le nombre de personnes qui ont récupéré est désormais supérieur à 1000. Hong Kong étend l' autorisation de travailler à domicile. À Shenzhen, le personnel des Universités est invité à rester à la maison jusqu'au 24 février. Les autorités chinoises de santé publique ont ajouté certains problèmes respiratoires à la liste des symptômes des cas suspects, élargissant la classification des patients atteints de coronavirus de trois à quatre, ajoutant une catégorie pour les cas «légers». Ceux de la catégorie légère et qui présentent des symptômes de fièvre, fatigue, toux ou problèmes respiratoires mais aucune infection pulmonaire doivent être mis en quarantaine.
arrow 4 février 2020. Toutes choses égales par ailleurs le nombre des cas hors de Chine n'augmente pas très significativement
20702 cas dans le monde, 20492 cas en Chine continentale, 18 à Hong Kong et 427 décès. Singapour rapporte six nouvelles infections dont quatre issues de contacts de personne à personne. De nombreux essais de médicaments sont en cours en Chine. Plusieurs groupes ont utilisé des approches d'IA pour explorer le potentiel de médicaments existants. Le personnel médical est en grève à Hong Kong pour protester contre la gestion de la crise et en particulier le maintien d'une certaine ouverture de la frontière avec la Chine continentale.
arrow 3 février 2020. La double voie probable de contagion modifiera le cours de l'épidémie, espérons-le pour le meilleur.
17491 cas dans le monde, 17307 cas en Chine continentale, 15 à Hong Kong et 362 décès. La contagion par voie oro-fécale, comme c'était déjà le cas du SRAS, limite considérablement l'utilisation des masques faciaux. Comme on le conseillait alors, il faut absolument que les gens évitent de toucher leur visage.
arrow 2 février 2020. Parallèlement à l'épidémie de 2019-nCoV, une épidémie de grippe H5N1 affecte la province du Hunan.
L'hiver est une période courante pour les maladies respiratoires. Comme lors de l'épisode du SRAS, la grippe H5N1 réapparaît. Cependant, on sait maintenant que les virus de la grippe des familles H5 ou H7, bien que causant de graves infections aux personnes en contact direct avec des animaux infectés, ne sont pas susceptibles de provoquer des épidémies. Cela contraste avec les virus des familles H1 et H3. En particulier le virus H3N8, qui infecte les chiens, les chevaux et les phoques, doit être surveillé attentivement. 14556 cas dans le monde, 14380 cas en Chine continentale, 14 à Hong Kong et 305 décès. Suivre l'évolution de la maladie à Hong Kong peut nous donner le moyen de prédire l'évolution de l'épidémie à l'avenir. Il est vraisemblable que la transmission du virus ressemble à celle du SRAS, que nous avions résumée sous la forme d'une « double épidémie ».
arrow 1 février 2020. Urgence médicale publique aux États-Unis.
 12031 cas, 11860 en Chine continentale, 14 à Hong Kong et 259 décès. Johnson et Johnson s'embarquent dans le développement d'un vaccin. À Hong Kong le personnel médical menace de se mettre en grève si la frontière avec la Chine continentale n'est pas fermée.
arrow 31 janvier 2020. Le nom de la maladie Maladie Respiratoire Aiguë 2019-nCoV.
Le nom définitif sera décidé par le Comité International pour la Taxonomie des virus. 9910 cas, 9783 en Chine continentale, 13 à Hong Kong et 213 décès. Plusieurs sources suggèrent que le nombre réel de cas est inférieur à celui qui est publié. N'oublions pas qu'en cette saison, il existe de nombreuses maladies respiratoires dans l'hémisphère Nord. Pour le moment, la grande majorité des patients hors de Chine ont eu des contacts récents avec Wuhan. La Russie ferme sa frontière avec la Chine. Le manque de transparence sur la contagion interhumaine des premiers cas mi-décembre à Wuhan déclenche une tempête sur les réseaux sociaux en Chine.
arrow 30 janvier 2020. Plusieurs grandes fondations ont décidé de financer la recherche sur le virus.
L'OMS déclare que l'épidémie est une USPPI. Le temps moyen d'incubation de la maladie est de cinq jours. Toutes les provinces de Chine sont désormais affectées. 8265 cas, 8144 en Chine continentale, 12 à Hong Kong et 171 décès. Les universités de Hong Kong cessent leurs cours jusqu'au mois de mars. Une transmission de personne à personne est apparue dès la mi-décembre 2019. "L'infection à 2019-nCoV  est plus susceptible d'infecter les hommes âgés ayant des maladies associées et peut entraîner des affections respiratoires graves et même mortelles." Pour faire face à la grave pénurie, la direction des prisons de Hong Kong a imposé aux prisonniers de produire des masques faciaux 24h sur 24.
arrow 29 janvier 2020. Controverse sur l'avenir de l'épidémie de Wuhan.
Compte tenu du manque de communication adéquate au cours de la première phase de l’épidémie, l’OMS va réévaluer son statut d’urgence de santé publique de portée internationale (USPPI). Les media d'État chinois affirment que la maladie durera moins longtemps que le SRAS, tandis que les médecins de Hong Kong disent le contraire. Un groupe de cas familiaux au Vietnam confirme la contagion de personne à personne mais sans autre contagion pour le moment. Les analyses phylogénétiques montrent que le premier cas date probablement de fin novembre dernier. 6154 cas, 6061 en Chine continentale et 132 décès. Dans une évolution intéressante du comportement officiel, la Cour Suprême du Peuple a jugé que la police n'aurait pas dû censurer un échange de conversations dirigé par un médecin qui a discuté très tôt de cas inhabituels de pneumonie à Wuhan (le médecin a lui-même été contaminé par un patient). Cela démontre de manière frappante l'importance d'un niveau significatif de transparence dans les échanges entre citoyens ordinaires. Une caractéristique regrettable de l'épidémie est qu'elle propage le racisme anti-chinois comme une maladie, en particulier en Asie.
arrow 28 janvier 2020 Accroissement sensible du nombre des personnes atteintes par le Wuhan CoV.
4607 cas en Chine (4682 dans le monde) et 106 décès (voir, avec un peu de retard, une carte d'Asie Orientale et le rapport de l'OMS). Deux nouveaux cas au Japon, dont un chauffeur de bus qui a transporté des touristes chinois dans la préfecture de Nara, montrant clairement un cas de contamination de personne à personne. Un nouveau cas déclaré en France, cette fois-ci, sévère. Le télétravail se répand à Hong Kong. Les bourses du monde entier commencent à réagir négativement car l'impact économique de la maladie sera probablement considérable. Sur les 13 millions d'habitants de Wuhan, 5 millions ont quitté la ville pour le Nouvel An avant qu'elle ne soit mise en quarantaine, ne permettant à personne de sortir. Il est important de noter que bon nombre de ceux qui sont désormais en dehors de Wuhan se trouvent à Pékin, Shanghai, Guangzhou, etc. Le doyen de la Faculté de Médecine à HKU a demandé au gouvernement de HK de fermer les frontières de HK car cela submergerait le système médical local, mais le gouvernement a refusé de le faire dans un premier temps. Le personnel des hôpitaux a donc menacé de faire grève à moins que le gouvernement ne ferme la frontière. Désormais le gouvernment a accepté de limiter considérablement cet influx depuis la Chine continentale. L'hôpital de 1000 places créé pour l'épidémie de SRAS rouvre à Pékin. Afin de mettre les chiffres en perspective, n'oublions pas que l'épidémie de grippe cause chaque année de 250 000 à 500 000 décès supplémentaires dans le monde par rapport aux saisons sans grippe, alors que bien des personnes sont réticentes vis à vis de la vaccination, ce qui est très paradoxal au vu de la situation de pré-panique actuelle. Cela ne signifie pas que l'épidémie n'est pas grave, mais il est important de ne pas relayer les fausses nouvelles et de comprendre pourquoi, en général, la vaccination est une pratique utile. Si la maladie atteint les proportions de la grippe, il est probable qu'elle restera endémique au moins pendant un certain temps. Le principal problème de toute nouvelle maladie contagieuse est qu'elle crée localement un grand nombre de cas car il n'y a pas d'immunité antérieure. Cela déclenche la panique, ce qui pousse les gens à s'éloigner et à propager la maladie, avec d'énormes conséquences économiques ...
arrow 27 janvier 2020 L'épidémie ne marque pas le pas.
L'information standard sur l'épidémie est largement accessible désormais. Les questions principales concernent l'origine du virus et l'évolution de sa contagiosité et de sa virulence. Nous ferons ici le point, en nous rappelant par exemple que durant l'épisode du SRAS on avait un moment suspecté qu'un serpent était à l'origine de la maladie. Les étrangers cherchent à fuir la Chine avec l'aide de leurs propres autorités. En tout état de cause, si les gouvernements acceptent de déplacer certains de leurs citoyens hors d'une région contaminée, il est essentiel que ces personnes soient confinées dans une zone de quarantaine pendant au moins deux semaines à leur arrivée. 2839 cas en Chine (2901 dans le monde) et 82 décès (voir avec un peu de retard une carte d'Asie Orientale), 110 cas en observation aux USA. Le virus s'est adapté à l'homme et évolue rapidement. La période d'incubation dépend de la charge virale et dure de 24 heures à 14 jours (10 jours en moyenne).
arrow 26 janvier 2020. Le potentiel épidémique de la maladie causée par le Wuhan CoV semble être assez élevé (2,6, intervalle 1,5-3,5). Comme dans le cas de la grippe le virus est contagieux durant la période d'incubation, qui peut durer au moins 14 jours.
La longueur de la période d'incubation contagieuse rend la maladie beaucoup plus difficile à contenir. 2034 cas en Chine continentale (2084 dans le monde) et 56 décès (voir avec un peu de retard la carte de l'Asie de l'Est, mentionnée le 25 janvier). Le Tibet est la seule province chinoise sans cas de la maladie. Il y a maintenant six cas à Hong Kong. Près de 5 millions d'habitants de Wuhan semblent avoir quitté la ville avant sa mise en quarantaine, ce qui créera probablement des foyers de la maladie un peu partout. Le Premier ministre Li Keqiang va diriger le groupe de coordination de la lutte contre l'épidémie. Plus de 1 000 médecins et infirmières supplémentaires vont se joindre à l'effort médical au Hubei. 2 400 lits d'hôpital ont été ajoutés à Wuhan et le gouvernement prévoit d'en ajouter 5 000 de plus au cours des trois prochains jours. Voici un exemple de la réactions des plus hautes autorités en Chine (conférence de presse). Divers antiviraux, y compris utilisés contre le VIH sont essayés pour ralentir le développement du virus. Il va de soi que cela interfère avec son profil de mutagenèse, ce qui n'est pas nécessairement positif. Le scénario de l'origine de la maladie reste assez insaisissable. La phylogénie du virus le relie, comme dans le cas du SRAS à un virus de chauve-souris. Notons cependant que le coronavirus du MERS, qui infecte les dromadaires, est lui aussi relié à un virus de chauve-souris. Certains signes indiquent que le virus peut devenir plus contagieux avec le temps. Il peut être intéressant de remarquer que l'intuition biologique peut être passablement en avance (nous avons noté la possibilité d'une épidémie de type SRAS dès le 1er janvier, comme on le voit ici-même, même si une approche d'intelligence artificielle a pu nous devancer: la plateforme BlueDot semble avoir perçu le danger dès le 31 décembre. L'OMS a notifié au grand public le 9 janvier la propagation d'une maladie pouvant provenir du Huanan Seafood Market à Wuhan. À Hong Kong la population cherche violemment à empêcher la transformation d'un ensemble d'immeubles (Fai Ming Estate) récemment terminés en zone de quarantaine.
arrow 25 janvier 2020. L'activité normale des 6 000 taxis a été suspendue à Wuhan, et ils sont utilisés pour des activités médicales et logistiques. La Chine déploie une force de 1 230 médecins et personnels infirmiers pour combattre la maladie.
Des experts, y compris certains qui étaient impliqués dans la lutte contre le SRAS, de Guangdong, Shanghai et d'autres endroits se déplacent à Wuhan. Les autorités cherchent à multiplier le nombre de machines permettant de réoxygéner et d'enlever le gaz carbonique des patients en réanimation, car l'asphyxie est la cause majeure de décès pour cette maladie. 81 de ces machines ont été expédiées depuis Shanghai. Il est désormais établi qu'il n'y a aucun lien entre le premier cas identifié (repéré le 1er décembre) bien plus tôt que ce qui a été communiqué) et le marché aux poissons de Wuhan. Hong Kong déclare le plus haut niveau d'alerte (5 cas) et les écoles sont fermées. 1459 cas en Chine continentale (1497 dans le monde) et 42 décès, dont un médecin à Wuhan ; trois cas en France (deux à Paris, un à Bordeaux); 7 cas en Thailande, 4 en Australie, 3 au Japon, 2 en Corée du Sud, 2 au Vietnam et un au Népal. Une image, un peu en retard, donne la situation en Chine. Le plus jeune patient est une fillette de deux ans. Il est désormais probable que certaines personnes infectées par le coronavirus ne présentent aucun symptôme mais qu'ils ont certainement été infectés, montrant, contrairement à certaines affirmations, que le système immunitaire peut répondre à l'infection. La question de savoir s'ils peuvent transmettre la maladie est discutée. De nombreux articles sont déjà publiés à propos de la maladie. Pour comprendre un peu de la propagation locale voir par exemple  et aussi le fait qu'une virulence atténuée accroisse le danger (en anglais). Le fait qu'il puisse exister une immunité latente conduit à rechercher les lieux où la maladie, de façon inattendue, ne se développe pas. Il n'y a pour l'instant pas d'indication dans ce sens, contrairement à la situation qui prévalait en 2003, où Shanghai a été remarquablement épargnée.
arrow 24 janvier 2020. Échec de la quarantaine: la plupart des cantons du Hubei et 29 des 31 provinces chinoises ont désormais au moins un cas de personne infectée par le Wuhan nCoV.
910 cas et 26 décès en Chine. Une deuxième patiente aux États Unis. À partir de maintenant, nous ne fournirons plus de détails sur l'étendue de la pneumonie de Wuhan parce que les media sont bien informés. Cependant, nous discuterons des aspects scientifiques et socio-politiques des questions posées par la propagation de la maladie. En collaboration avec l'Université Fudan à Shanghai plusieurs universiés américaines en collatoration avec les NIH travaillent au développement d'un vaccin, visant à permettre des essais de vaccins d'ici trois mois. L'OMS n'a pas déclaré l'épidémie comme un cas d'Urgence Sanitaire de Portée Internationale après des débats animés, notamment parce qu’il n’existe encore aucune indication d'une forme super-propagatrice de la maladie. Il sera important d'explorer l'évolution du génome viral, notamment en termes de son contenu en G + C (voir notre étude). Pour le moment, les autorités sanitaires chinoises ont fixé le niveau de confinement des études sur le virus au niveau 3 (BSL3). Le risque de décès parmi les cas hospitalisés est d'environ 14%. Les autorités de Wuhan visent à construire un hôpital pour des centaines de patients en une semaine. Les travailleurs sont payés trois fois leur salaire habituel pour construire ce centre. Des médecins de l'armée, spécialisés en réanimation, sont appelés pour aider les hôpitaux de Wuhan. D'autres vont venir. L'origine du virus reste toujours énigmatique.

note La situation est très préoccupante dans la Corne de l'Afrique en raison d'un nombre inhabituel d'essaims de criquets ravageurs. Important tremblement de Terre à l'Est de la Turquie.
arrow 23 janvier 2020. La ville de Wuhan - y compris la ville voisine de Huanggang, puis Ezhou, Chibi, Xiantao, Qianjiang, Zhijiang et Lichuan -  sont mises en quarantaine. Cependant, il semble évident qu'il n'est pas vraiment possible d'empêcher les mouvements des habitants d'une ville de 11 millions d'habitants.
L'année du rat d'or commence dans deux jours. Cela sera marqué par d'énormes mouvements de population en Chine et dans le monde. De nombreuses célébrations sont annulées en Chine. Hélas, certaines personnes essaient - et réussissent - d'éviter la détection par le contrôle de la température dans les aéroports, ce qui devrait être sévèrement puni. Une personne avec ce profil est arrivée en France, et peut donc être considérée comme un cas suspect. On peut donc prévoir que l'épidémie actuelle se développera davantage et deviendra probablement une pandémie. Il est donc essentiel que le développement d'un vaccin soit rapidement mis en œuvre. On peut remarquer que Wuhan est le lieu en Chine d'un laboratoire de confinement maximal (P4, dans le district de Jiangxia), laboratoire qui a été mis en service il y a tout juste un an, ce qui fait que des installations appropriées sont disponibles localement. Au moment où est écrit ce résumé , on a compté 647 cas (634 cas en Chine continentale) et 18 décès, dont 17 à Wuhan et un dans la province de Hubei. Ces chiffres augmentent continûment. Premier cas répertorié à Singapour. On peut trouver des informations vérifiées au Centre for Health Protection in Hong Kong.
arrow 22 janvier 2020. Premier cas d'infection par le Wuhan-nCoV à Hong Kong.
Des clients furieux ont quitté à la hâte l'hôte
l à Tsim Sha Tsui où le premier patient identifié à Hong Kong a résidé. Il faut insister sur le fait que c'est une attitude très dangereuse car la panique est le meilleur moyen de répandre la maladie. L'épidémie de SRAS a ainsi pu être jugulée par l'implémentation de mesures de quarantaine strictes. Un quatrième patient décède à Wuhan, déclenchant la peur de l'apparition d'une forme 'super-spreader' du virus. De nouveaux cas suspects sont signalés à Shanghai, Qingdao, Chengdu et dans les provinces du Yunnan et du Guangxi. Cela indique qu'une grande partie de la Chine est probablement contaminée. De nombreuses personnes infectées sont désormais sorties de l'hôpital, ce qui indique qu'elles sont protégées contre la maladie et qu'une vaccination sera sans doute possible (mais cela demande du temps).
arrow 21 janvier 2020. Premier cas possible du virus Wuhan-CoV en Australie, un cas à Taiwan, un aux États-Unis, six décès et plus de 300 cas. 15 membres de personnels hospitaliers sont atteints à Wuhan.
On ne connaît toujours pas l'origine de la maladie, mais il est certain qu'elle se transmet désormais de personne à personne. Le plus curieux est qu'elle semble provenir d'un marché au poisson de Wuhan. Il est vrai que les coquillages concentrent bactéries et virus, et que certains coronavirus infectent le tube digestif. Un changement de tropisme comme l'épidémie porcine de 1984 pourrait ouvrir une explication à cette nouvelle épidémie.
arrow 20 janvier 2020. Le virus Wuhan-CoV paraît se propager juste au moment de la Nouvelle Année Chinoise.
Les autorités de Hong Kong fournissent une information validée sur le Wuhan-CoV. Les statistiques retardent d'environ 24 heures mais sont fiables (lien interrompu). Le nombre total de cas est désormais de 198, dont 136 nouveaux durant le week end et trois décès. Deux patients ont été identifiés à Pékin. On suspecte la présence de nombreux cas : cinq sont en quarantaine dans la province du in the Zhejiang et huit à Shenzhen. La Corée du Sud rapporte un premier cas de la maladie.
arrow 19 janvier 2020. Au moins trois patients à Shenzhen (dont un en quarantaine) et un à Shanghai ont peut-être été infectés par le Wuhan-CoV.
Le nombre total des cas à Wuhan est désormais au moins de 62, 8 dans un état sérieux. À Hong Kong plus de 90 personnes sont surveillées pour des pneumonies ressemblant à la maladie en cours. La population en Chine commence à être préoccupée, comme on le voit sur Weibo, l'équivalent de Twitter : “Toute l'information que nous voyons a été filtrée […] la situation réelle pourrait être pire”; “Quelle est le niveau d'infectivité du virus, quel est son degré de danger et peut-il se propager de personne à personne ?  – l'affiche [produite par les autorités sanitaires] ne fait que laisser les gens l'imaginer ”. On ne fait que suggérer aux gens, pour se protéger, de porter un masque, de se laver souvent les mains et d'éviter la foule .
arrow 18 janvier 2020. Le coronavirus de Wuhan pourrait s'être beaucoup plus répandu qu'on ne le pensait.
Le nombre total de cas identifiés à Wuhan est de 45, mais le nombre réel de personnes infectées pourrait être beaucoup plus important. La Thaïlande a confirmé un second cas chez une personne Chinoise de 74 ans en provenance de Wuhan. La mortbidité et la mortalité du virus pourraient être bien inférieure à celle des coronavirus du SRAS ou du MERS, masquant l'importance de l'épidémie.
arrow 17 janvier 2020. Alors qu'un deuxième décès marque l'apparition d'un nouveau coronavirus de pneumonie à Wuhan, les autorités de Hong Kong ferment le marché de la volaille à l'import depuis la Pologne.
Deuxième décès dû à cette pneumonie atypique et un premier cas suspect au Japon. La contagion interhumaine semble possible. Dans le même temps, la grippe animale H5N8 affecte de nombreux élevages de volaille en Pologne et en Hongrie et les autorités de Hong Kong suspendent l'importation de volaille depuis ces pays.
arrow 11 janvier 2020. Les séquences de coronavirus identifiés à Wuhan viennent d'être endue publiques au GISAID.
Premier décès dû à cette pneumonie atypique. Sept personnes vivant à Hong Kong (duex garçons de 8 et 13 ans, une fillette de 10 ans, un homme et trois femmes, âgés de 38 à 67 ans), sont revenus de Wuhan où ils étaient présents les deux semaines précédentes et ont eu les symptômes d'une pneunomie, ce qui a décidé de mesures plus proactives pour comprendre le développement de la maladie et le mécanisme de sa contagion.
arrow 9 janvier 2020. Un coronavirus a été retrouvé chez 15 des 59 patients affectés par une pneumonie atypique à Wuhan.
La pneumonie mystérieuse qui est apparue à Wuhan il y a une dizaine de jours est toujours active. Heureusement elle n'a pour l'instant causé aucun décès. L'origine, probablement animale, du nouveau coronavirus découvert à cette occasion n'a pas encore été identifée.
arrow 5 janvier 2020. L'épidémie de pneumonie à Wuhan se déroule à la manière de l'épisode du SRAS en 2002-2003.
Les grands aéroports de Chine surveillent la température des passagers provenant de Wuhan. Hong Kong a élévé son niveau d'alerte au stade « sérieux », au moment où une enfant provenant de Wuhan à Singapour manifeste les symptômes d'une pneumonie sévère. Comme ce fut le cas pour le SRAS de nombreux virus respiratoires sont évoqués mais rapidement écartés.
arrow 1 janvier 2020. Mystérieuse épidémie de pneumonie à Wuhan, en Chine.
Une épidémie de pneumonie atypique affecte la ville de Wuhan. Les autorités et l'OMS sont préoccupées parce que l'agent pathogène pourrait être un virus provenant de la consommation d'animaux sauvages.
arrow 27 décembre 2019. Plus de 200 chercheurs infectés par Brucella en Chine.
L'usine de Lanzhou Biopharmaceutical, dans la province du Gansu, n'a pas correctement décontaminé ses laboratoires lors de la fabrications de vaccins anti-Brucella. De très nombreuses personnes travaillant au Lanzhou Veterinary Research Institute, sous le vent de l'usine, ont développé des anticorps contre la bactérie après avoir respiré l'air contaminé.
arrow 20 octobre 2019. Une nouvelle classe de virus est découverte dans le système respiratoire humain.
Un famille de petits virus à ADN circulaire—Redondoviridae—semble associée à des maladies humaines. Ces petits virus à ADN circulaire ont été retrouvés dans des échantillons humains, principalement de la voie respiratoire et de la région oro-pharyngée, où ils sont la deuxième famille de virus
eucaryotes à ADN la plus représentée. Ils sont associés aux parodontites, et souvent aussi présents dans le cas de maladie grave.
arrow 8 octobre 2019. Un nouveau champignon pathogène dimorphe se répand.
D'abord identifié en Afrique du Sud un nouveau champignon dimorphe du genre "Emergomyces" a été identifié dans plusieurs pays y compris en Europe. On notera que la nomenclature ne suit pas les bonnes pratiques scientifiques (et mélange Latin et Greek), ce qui est le reflet de la progression d'une ignorance généralisée. Le nom de genre devrait être Anadyomyces.
arrow 6 août 2019. Utilisation des chiens comme sentinelles pour détecter les infections à Filovirus.
Une étude du sérum des chiens présents dans les régions affectées par le virus Ebola a mis en évidence une prévalence élevée d'anticorps contre les Filovirus ches ces animaux. On ignore encore si ces animaux peuvent transmettre la maladie.
arrow 3 août 2019. La route maritime arctique de l'Est est ouverte.
C'est désormais habituel il est possible de naviguer l'été au Nord de la Russie. open-route
Cela coincide cette année avec des feux géants en Sibérie, la fonte du permafrost et une sérieuse canicule en Europe de l'Ouest.
arrow 25 janvier 2019. La grippe H1N1 est source de narcolepsie chez une partie de la population.
L'origine de la narcolepsie, qui conduit à l'apparition incontrôlée du sommeil est désormais comprise. Il s'agit d'une maladie autoimmune qui apparaît chez une partie de la population (porteuse d'un marqueur HLA spécifique) et qui se déclenche à la suite de l'infection du virus de la grippe, mais pas n'importe lequel, le virus H1N1, désormais assez répandu. Comme la vaccination n'est pas très efficace le vaccin ne semble pas à l'origine de cette maladie (mais il protège alors mal).Si l'on devait l'améliorer il conviendrait de prendre en compte la possibilité de narcolepsie en sélectionnant des variants du virus vaccinal, et il serait utile de faire un typage HLA de la population à risque.
arrow 23 janvier 2019. La désinformation sur les chauves-souris comme propagatrices de maladies fait chuter des populations importantes de ces animaux.
Notre anthropocentrisme est souvent trompeur. Bien que les chauves-souris soient le réservoir de nombreux virus (comme l'homme lui-même), certains d’entre eux capables de franchir la barrière des espèces, cela ne signifie pas que ces animaux extrêmement utiles doivent être chassés jusqu’à se réduire à de très petites populations. Pour le moment, la famille de virus la plus inquiétante est peut-être celle de la grippe. Là, deux (peut-être trois) groupes immunitaires sont vraiment significatifs: H1, H3 (et H2). Alors que les autres groupes peuvent entraîner des maladies dangereuses en cas d’infection importante (H5N1, H7N7, H7N9, H9N2, etc.), ils sont en fait des sources peu probables de pandémies. En revanche, nous devons toujours surveiller de près les virus H3, celles qui infectent nos animaux domestiques (H3N8) en particulier.