NOUVELLES PEU DIFFUSÉES

Une seule santé, 2024-2025

Ce bloc-notes apporte des nouvelles scientifiques peu répandues. Son écriture a commencé en 2000, avec le séminaire Stanislas Noria à Hong Kong, bien avant l'existence de ce qu'on appelle aujourd'hui maladroitement « blog ». Bien sûr, le savoir présenté ici n'entre pas en compétition avec les nouvelles d'agences de presse comme l'Agence France Presse ou Reuters. Il sélectionne une information souvent absente des media habituels et, pour la Chine, provenant d'informateurs avertis. Cependant on notera que depuis quelque temps un changement politique majeur dans l'ouverture de la Chine au monde ne permet plus d'y avoir un accès fiable à l'information. Ce bloc-notes apporte aussi des connaissances sur l'Histoire des Sciences et la création des concepts utilisés par la biologie moderne, souvent sous la forme d'une mise à jour de la génomique. Un aspect important de ce qu'est la Science a été discuté au cours d'une conférence donnée à l'Université Zhong Shan (中山大學) de Guangzhou (广州) au début des années 1990.

Pour comprendre la biologie, savoir écrire à son propos ou en parler, quelques lectures sont utiles. Nous donnons des liens pour retrouver des informations importantes, y compris à nos propres publications lorsqu'elles sont destinées à un public éclairé non spécialisé. Une page est consacrée à la génomique, mais une information plus étoffée peut être trouvée dans La Barque de Delphes (Odile Jacob, mai 1998). La version anglaise du texte a été mise à jour en 2003 et réorganisée, The Delphic Boat (Harvard University Press, Cambridge, USA). Elle donne une vue plus anglo-américaine du même savoir.

Les sources les plus visibles sont supposées accessibles au lecteur. Le bloc-notes de Crawford Kilian s'est désormais étendu à toutes sortes d'autres maladies et surveille la Toile avec soin. Le Center for Infectious Disease Research Policy (CIDRAP) de l'Université du Minnesota, et le site de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) sont des sources d'information prioritaires. Plusieurs sites donnent des nouvelles à propos de la grippe saisonnière A (H3N2) et de la grippe aviaire (H5N1, H7N7, H9N2). L'information circule aujourd'hui très rapidement, et nous n'apportons donc ici que des compléments. Parmi les épisodes possibles qui créeraient des ravages, il y a les épidémies liées au sérotype H2, H2N2 en particulier, qui pourraient être très meurtrières. Pour les grippes H7N9, H9N2, H5N1 et désormais aussi H3N8 les données sont accessibles directement à notre page en anglais (lorsqu'il y a lieu d'en parler) et au centre de surveillance de Hong Kong. Pour les pandémies, espérons que, contrairement au SRAS, l'épidémie de COVID-19 aura servi de leçon.

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Publications à usage du public général

Toutes les nouvelles | Titres seuls

	12 Avril 2025. Un foyer de fièvre aphteuse vient d'être découvert en Hongrie. Cela n'était pas arrivé dans ce pays depuis plus d'un demi siècle et les autorités européennes craignent que cela ne s'étende..
	27 Février 2025. Un coronavirus apparenté à l'agent causal du MERS est découvert à Hong Kong. Si cette découverte d'un virus transmis par les chauves-souris (HKU5) permet d'établir un lien avec l'origine du MERS, qui se propage par infection des dromadaires, on est encore loin de l'identification de l'origine du SARS-CoV-2. Pour l'heure, le virus de la grippe H5N1 qui se propage en Amérique semble avoir acquis des propriétés dangereuses lui permettant d'infecter les mammifères, y compris les vaches. Il ne se propage pas encore de personne à personne (P2P), mais ce mode de transmission semble s'être rapproché.
	14 Janvier 2025. L'épidémie de chikunguya à la Réunion passe au niveau 3 de crise. Le nombre des foyers de la maladie et sa répartition dans ce département de France d'Outremer fait craindre une résurgence épidémique de cette maladie transmise par le moustique tigre.

	19 Décembre 2024. La transmission à l'homme du virus H5N1 de la grippe bovine se répète. Depuis que des troupeaux de vaches ont été infectés par le virus H5N1 de la grippe aviaire aux États-Unis, le nombre de personnes malades a augmenté et un premier cas d'infection grave vient d'être identifié. La consommation de lait cru est devenue une tendance à la mode dans ce pays, surtout depuis que cette pratique a été encouragée par Robert Kennedy Jr, l'éventuel candidat de Donald Trump au poste de secrétaire à la santé et aux services sociaux.
	11 Décembre 2024. Les accidents de laboratoire impliquant des virus mortels existent et sont beaucoup trop longs à détecter. Des échantillons du virus Hendra, de lyssavirus (rage) et d'hantavirus, potentiellement mortels, ont disparu à la suite d'une panne du système de stockage par congélation du laboratoire public Forensic Science Queensland, en Australie. Une enquête a été ouverte après qu'il a été révélé que 323 échantillons de virus avaient disparu du laboratoire de virologie en 2021, ce qui constitue un "manquement grave" au protocole de biosécurité, a annoncé le ministre de la santé, Tim Nicholls.
	22 Novembre 2024. Le congrès international ICG-19 “Omics for All” tient place au BGI à Shenzhen. Le thème d'une session de ce jour explore de nouvelles techniques métagénomiques pour la santé. De nouveaux dispositifs pour les méthodes métagénomiques appliquées à la cellule unique sont présentés, comme les lectures longues des transcrits pour identifier l'expression de l'épissage alternatif des ARN pré-messagers. De même le BGI développe une approche intégrée pour établir le catalogue de l'expression génétique dans tous les types cellulaires d'un organisme.
	2 Octobre 2024. Une nouveau variant hautement transmissible du SRAS-CoV-2 se propage rapidement en Europe. Apparue en Allemagne en juin 2024 avant de se propager rapidement dans toute l'Europe, cee nouveau variant, baptisé XEC, est un sous-variant de la souche SARS-CoV-2 Omicron, qui a engendré de nombreux descendants depuis son apparition en 2021. Si nous signalons ici son émergence, ce n'est pas parce qu'il provoque des symptômes différents (à l'exception d'une proportion plus élevée de diarrhées) ou qu'il est plus grave que d'autres souches récentes, mais parce qu'il s'agit d'une souche recombinante—un hybride résultant de la fusion et du réarrangement de deux sous-variants omicfon préexistants, les sous-lignées KP.3.3 et KS.1.1. La recombinaison est peu fréquente car elle nécessite qu'une personne soit infectée par deux souches différentes du même virus, ou parfois d'autres virus, ce qui implique une contamination par des sources multiples. Ce processus moléculaire a déjà contribué à l'évolution de nombreux virus et a été étudié à l'origine du SRAS en 2003.
	11 Août 2024. Le Passage Ouest au nord du Canada est ouvert entre l'Europe et le Japon. Cette année, il n'est pas encore possible de se rendre au Japon par mer en passant par le nord de la Russie, mais le Passage Ouest est ouvert. L'automne et l'hiver sont le moment de l'année où les virus respiratoires sont les plus nombreux. Lors de l'apparition de la COVID-19 en 2020, le SARS-CoV-2 a rejoint la grippe et le virus syncytial qui atteignent leur pic pendant les mois les plus froids. Depuis lors, la COVID-19 est devenue endémique, mais avec un pic deux fois par an, dont une vague en été. Plusieurs facteurs sont à l'origine des vagues estivales. Au milieu ou à la fin de l'été, l'immunité de nombreuses personnes - soit à la suite de leur dernière vaccination à l'automne, soit à la suite d'une infection antérieure - s'est affaiblie. Le comportement humain joue également un rôle important. À mesure que le temps se réchauffe, nous passons plus de temps dans des lieux climatisés, où se produit la majeure partie de la transmission du virus. Enfin, la proportion de personnes asymptomatiques augmente, ce qui favorise la propagation du virus.
	20 Mai 2024. L'International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) publie un guide à l'intention des nouveaux centres qui souhaiteraient devenir membres de la collaboration. L'INSDC, qui associe depuis 1995 la DNA database of Japan (DDBJ), l'Archive européenne des nucléotides (ENA-EBI) et la banque de données de séquences Genbank des États-Unis, a finalement décidé d'étendre son champ d'action international en associant de nouveaux partenaires. Le présent guide met à jour la mission, la vision et la gouvernance de l'INSDC et fournit une documentation technique à l'intention des nouveaux membres. Cela est particulièrement important pour la science ouverte à une époque où le séquençage des gènes et des génomes est devenu monnaie courante.
	18 Avril 2024. Un gel biodégradable contenant des nématodes protège le maïs contre une chenille ravageuse. L'abus généralisé de pesticides non seulement contamine l'environnement, mais aussi conduit à la sélection rapide d'insectes ravageurs résistants. Des chercheurs suisses ont pensé à utiliser un prédateur naturel, enfermé dans un gel collant à la plante, comme agent insecticide. La chenille légionnaire Spodoptera frugiperda est friande du gel collé à la plante et s'infecte par les nématodes qui y sont enfermés, et qui se multiplient en la tuant. Cette approche est généralisable et devrait rapidement être imitée.
	28 Mars 2024. L'homme contamine massivement les animaux par des virus. L'analyse génomique de plus de 12 millions de génomes viraux réalisée par des scientifiques de l'University College de Londres a montré que, parmi ceux-ci, plus de 3 000 passaient d'une espèce de vertébrés à une autre espèce. 79 % d'entre eux sont transmis d'un animal à un autre, tandis que les autres concernent notre espèce. Cependant, deux tiers des infections sont transmises de l'homme à l'animal et un tiers de l'animal à l'homme. Une proportion considérable concerne les animaux domestiques et les animaux de compagnie en particulier. Le changement d'hôte est toujours associé à une explosion du nombre de mutations affectant le virus, à la suite de son adaptation à son nouvel hôte.
	23 Janvier 2024. Mort catastrophique de bébés éléphants de mer dans le sud de l'Argentine. La nouvelle souche du virus de la grippe H5N1 fait des ravages dans la péninsule de Valdés, en Argentine : plus de 17 000 bébés éléphants de mer sont morts subitement de la maladie et les cadavres sont omniprésents sur les côtes. L'observation la plus inquiétante est que la contagion semble s'être produite d'un petit à l'autre, et non par contact avec d'autres animaux morts. Jusqu'à récemment, le virus ne se transmettait pas au sein des espèces de mammifères, mais depuis des oiseaux infectés vers les mammifères. Cette nouvelle évolution doit être surveillée de près, car l'infection pourrait atteindre l'homme.
	21 Janvier 2024. Un chercheur chinois a téléchargé une séquence génétique du virus SARS-CoV-2 dans une base de données liée à l'INSDC le 28 décembre 2019, deux semaines avant que le gouvernement chinois ne publie officiellement la séquence. La séquence a été rapidement supprimée de la base de données (16 janvier 2020), environ une semaine après que le CDC chinois a entré une séquence presque identique le 10 janvier 2020 dans une base de données associée à GenBank, partenaire de l'INSDC, le 12 janvier. Cette information, précédemment évoquée, renforce le mystère sur l'origine de la pandémie.
	16 Janvier 2024. Nous ne sommes pas sortis de l'auberge : des expériences de laboratoire en Chine testent un coronavirus hautement létal. En virologie, les accidents sont la règle et non l'exception. Comment percevoir le fait que dans un laboratoire de haute sécurité de l'Armée populaire de libération chinoise, un groupe de souris "humanisées" s'est vu administrer le coronavirus du pangolin GX_P2V, apparenté au SARS-CoV-2, pour en tester l'effet ? Toutes les souris sont mortes après que la maladie s'est propagée des poumons au cerveau. Il faut noter que le virus avait été adapté aux souris par des passages en série sur cultures cellulaires. Cette étude est publiée dans bioRxiv.
	1 Janvier 2024. Vaccins anti-COVID-19 et maladies émergentes. Le projet NextGen, basé aux États-Unis, qui vise à mettre au point un vaccin actif à vie contre la COVID-19, va mener des expériences à grande échelle sur l'homme. Trois vaccins ont été choisis pour les essais cliniques de phase 2b (10 000 participants): Un vaccin auto-amplificateur à base d'ARN synthétique visant à être "exempt de variants" par Gritstone Bio ; Covi-Vac/CoviLiv: Un vaccin intranasal à virus vivant de Codagenix ; Un vaccin intranasal à vecteur viral, par Castlevax, une entreprise dérivée de l'hôpital Mount Sinai. Dans ce contexte, il est important de se rappeler que l'ARN synthétique glisse dans les ribosomes lors de la traduction, générant des polypeptides immunogènes accidentels. Les conséquences de cette situation n'ont pas encore été étudiées. Dans le cas d'éventuelles épidémies de grippe, le réassortiment des fragments génomiques au sein des virus de la grippe doit être étroitement surveillé. Enfin, il se développe une forte et très dangereuse propagande visant à permettre les expériences de "gain de fonction" (GdF), en utilisant le fait que l'expression est extrêmement ambiguë. Les partisans du concept, par exemple, feignent de croire que l'expression hétérologue de protéines dans les cellules pourrait être considérée comme un gain de fonction. C'est occulter le fait que la propagation efficace de virus inoffensifs pour l'homme dans des cellules humaines, par exemple, est une expérience très dangereuse de GdF, qui n'a en réalité aucune justification sérieuse. Elle sert uniquement à assurer la renommée de ses auteurs.

Vagues de COVID-19 en 2022

Vaccination 2021