NOUVELLES SCIENTIFIQUES ET MÉDICALES PEU DIFFUSÉES 2022

COVID-19 : Le tournant de 2022, nouvelle épidémie, la variole du singe, polyomyélite

Ce bloc-notes apporte des nouvelles scientifiques peu répandues. Son écriture a commencé en 2000 à Hong Kong, bien avant l'existence de ce qu'on appelle aujourd'hui maladroitement « blog » (bloc-notes en est l'équivalent français) avec le séminaire Stanislas Noria. Bien sûr, le savoir présenté ici par Antoine Danchin n'entre pas en compétition avec les nouvelles d'agences de presse comme l'Agence France Presse ou Reuters. Il sélectionne une information (souvent absente des media habituels et, pour la Chine, provenant d'informateurs avertis). Il apporte aussi des connaissances sur l'Histoire des Sciences et la création des concepts utilisés par la biologie moderne, souvent aujourd'hui sous la forme d'une mise à jour de la génomique. Un aspect important de la nature intime de la Science a été discuté au cours d'une conférence donnée à l'Université Zhong Shan (中山大學) de Guangzhou (广州) au début des années 1990. Enfin, le rôle de la Chine est particulièrement mis en avant : le monde occidental est si puissant dans sa façon de contrôler les media que cela semble bien nécessaire. Cependant on notera que, depuis quelques années, un changement politique majeur dans l'ouverture de la Chine au monde ne permet plus d'y avoir un accès fiable à l'information.

Les sources les plus visibles sont supposées accessibles au lecteur. Plusieurs sites donnent des nouvelles à propos de la grippe saisonnière A (H3N2) et de la grippe aviaire (H5N1, H7N7, H9N2). Il existe aussi une carte quotidienne générale des maladies. Parmi les épisodes de grippe possibles qui créeraient des ravages, il y a les épidémies de grippe, notamment liées au sérotype H2, H2N2 en particulier, qui pourraient être beaucoup plus meurtrières. Espérons que, contrairement au SRAS, l'épidémie actuelle aura servi de leçon.

Le bloc-notes de Crawford Kilian s'est désormais étendu à toutes sortes d'autres maladies et surveille la Toile avec soin. Le Center for Infectious Disease Research Policy (CIDRAP) de l'Université du Minnesota, et le site de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) sont des sources d'information prioritaires. L'information circule aujourd'hui très rapidement, et nous ne donnons donc ici que des compléments. Pour les grippes H7N9, H9N2, H5N1 et désormais surtout H3N8 les données sont accessibles directement à notre page en anglais (lorsqu'il y a lieu d'en parler) et au centre de surveillance de Hong Kong.

Mise à jour continue de l'infection par le 2019-nCoV (via le CCSE de l'Université Johns Hopkins)

Dans le cas de l'épidémie COVID-19, notez que les chiffres sont donnés à titre purement indicatif et changent rapidement.

Mise à jour quotidienne générale
Analyse de la mortalité

Prévisions du nombre des cas

Comme une information pertinente est désormais largement représentée, les notes ici proposées traitent uniquement de questions plus rarement posées.

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Publications à usage du public général

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2020

	11 Août 2022. Une accumulation d'observations suggère que les avantages du vaccin à ARN synthétique contre la COVID-19 s'estompent rapidement, même après des injections de rappel. On suppose maintenant que le mélange de types de vaccins aurait un effet à long terme beaucoup plus efficace. Les autorités sanitaires doivent en tenir compte avant la prochaine vague d'infections qui risque de se développer cet automne. La vaccination est très importante à un moment où la poliomyélite réapparaît dans des pays où le respect des règles de vaccination a diminué. La variole du singe ralentit dans plusieurs pays mais explose aux États-Unis. Cette situation est inquiétante car la probabilité que le virus mute vers une forme plus contagieuse augmente avec la charge virale mondiale.
	10 Juillet 2022. Le nombre de cas de variole du singe a atteint 10 000 en dehors de l'Afrique. Compte tenu de la latence de l'enregistrement des cas, il semble que le nombre de cas de variole du singe ait certainement doublé depuis le 24 juin. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a publié la première mise à jour de son évaluation rapide des risques liés à l'épidémie, indiquant que la probabilité que la maladie se propage parmi les personnes ayant des partenaires sexuels multiples en Europe est élevée, mais que le risque pour la population générale est très faible. Comme pour l'origine du sida, les superpropagateurs créent de multiples foyers, ce qui rendra plus difficile le contrôle de la maladie. La variole du singe n'est pas une maladie sexuellement transmissible (elle se transmet par tout type de contact étroit) et est plus contagieuse que le sida, ce qui signifie que si elle atteint la population générale, elle sera plus difficile à contenir. Heureusement, le vaccin antivariolique est efficace pour prévenir la propagation de l'infection. Le ministère américain de la santé et des services sociaux (HHS) a annoncé jeudi qu'il distribuerait 144 000 doses du vaccin Jynneos à deux doses, approuvé pour la variole du singe et la variole, aux villes et aux États à partir de lundi pour faire face à l'épidémie. Ces doses s'ajoutent aux 56 000 doses que le ministère a mises à disposition la semaine dernière, dont 41 000 ont été livrées. Sur le front du Covid-19, le nouveau variant BA.2.75, encore connu sous le nom de Centaure, pourrait bien s'installer et maintenir l'épidémie active jusqu'à cet hiver. Jusqu'au prochain. Ce nouveau variant BA.2.75 est apparu en Inde. Il a été trouvé dans au moins 70 séquences de test positives ces derniers jours, indiquant la propagation d'une nouvelle lignée de Covid. Ce variant est en fait une nouvelle version du variant Omicron BA.2, qui domine actuellement en Europe et fait progresser l'épidémie.
	8 Juillet 2022. Une grave épidémie de fièvre aphteuse touche l'Indonésie. L'épidémie, qui a débuté en mai, se propage rapidement. Elle s'est répandue dans les principales îles du pays, Sumatra, Java, Bornéo, l'île-province de Bangka-Belitung et l'île Lombok de la province de Nusa Tenggara Ouest. L'épidémie ayant atteint Bali, les autorités sanitaires australiennes sont préoccupées par le retour d'un nombre important de leurs ressortissants qui passent leurs vacances en Indonésie.
	24 Juin 2022. Comme les notifications sont rapportées avec retard le nombre de cas de la mal nommée variole du singe dépasse désormais les 5 000 en dehors de l'Afrique. La maladie, qui n'est contagieuse que par contact direct ou par un environnement contaminé, touche principalement les rongeurs en Afrique. Si le nombre de cas continue à augmenter ailleurs, il est à craindre qu'elle ne crée un réservoir animal et devienne endémique dans les zones où elle s'est propagée. Elle existe actuellement sous deux formes, de gravité différente, et c'est la forme la moins grave qui se répand. Lorsque le nombre de cas aura augmenté de manière significative, elle explorera d'autres variants, peut-être beaucoup plus contagieux et graves. Et aussi, si, jusqu'à présent, la grande majorité des personnes infectées sont des hommes, quelques cas féminins montrent que, comme on devait s'y attendre, le grand public est sensible à la maladie. Le nombre de cas double actuellement tous les 10 jours. La vaccination contre la variole assure une certaine protection, mais elle a été interrompue après 1972 presque partout dans le monde, de sorte que les personnes nées avant cette date sont moins susceptibles de développer la maladie.
	17 Juin 2022. La Corée du Nord fait état d'une épidémie d'une maladie gastro-intestinale dans une ville du sud du pays. L'origine de la maladie n'est pas connue mais elle semble suffisamment grave pour avoir été remarquée par les autorités. Comme le tropisme des sarbecovirus (la famille qui comprend le SARS-CoV-2) est susceptible de changer de tropisme, passant du poumon à l'intestin et vice versa, cette situation est préoccupante et doit être étudiée avec soin. Il faut en effet se rappeler que la maladie pulmonaire bénigne du porc qui a prévalu pendant des décennies s'est transformée en SADS (syndrome de diarrhée aiguë du porc), maladie mortelle à tropisme intestinal, il y a quelques années seulement.
	8 Juin 2022. Alerte à la dengue à Singapour. Et il se confirme que la COVID-19 est bien plus dangereuse pour les enfants que la grippe. Les autorités sanitaires de Singapour font face à une épidémie de dengue qui dépasse largement l'épidémie qui a affecté la totalité de l'année 2021. Cette maladie s'étend progressivement à toute la zone intertropicale et commence à menacer les zones tempérées. La pandémie de COVID poursuit son cours avec un léger rebond, et les premières analyses épidémiologiques montrent que, contrairement à une impression générale due au fait que les personnes âgées sont sévèrement touchées, la maladie peut être très grave chez les enfants. Le nombre des cas de variole du singe répertoriés dans le monde dépasse 1000, dont plus de 300 cas en Grande Bretagne.
	3 Juin 2022. Les ARN synthétiques utilisés pour la construction de vaccins contre la COVID-19 sont des exemples remarquables de biologie synthétique Parmi les nombreuses cibles de la Biologie de synthèse, qui vise à reconstruire la vie à partir de zéro, figure la modification des substrats chimiques du programme génétique, les molécules d'ADN ou d'ARN. Cela constitue le domaine de la " xénobiologie ". Nous avons remarqué il y a quelque temps que l'ARN utilisé comme mimétique traduisible dans le vaccin ARN était synthétique, en supposant à l'époque qu'il utilisait de la pseudouridine au lieu de l'uridine dans sa composition. La nature exacte de la substitution est maintenant connue, il ne s'agit pas de pseudouridine, mais d'un nucléoside plus éloigné de l'uridine, la N1-methyl-pseudouridine! Les nouveaux vaccins qui nous ont permis de limiter les conséquences mortelles de la COVID-19 sont donc une illustration remarquable du pouvoir de la biologie synthétique. Ce nucléoside n'est pas totalement absent de la vie. Il est présent chez de rares espèces appartenant au domaine des Archaea. Dans le genre Ignicoccus, cette modification remplace la modification habituelle d'un résidu de thymidine (ce qui est en soi inhabituel car les ARN comprennent normalement de l'uridine, et non de la thymidine, mais omniprésente dans les ARN de transfert) d'une structure tige-boucle qui contient aussi souvent une pseudoruridine, la " boucle T " des ARNt - souvent avec la séquence T PseU C G.  Il est aussi présent dans l'ARN ribosomique de la petite sous-unité des ribosomes, sous l'action d'une enzyme codée par le gène EMG1 chez l'homme.
	21 Mai 2022. Sur fond de résurgence d'une COVID-19 plus contagieuse mais légèrement plus bénigne, deux maladies contagieuses se répandent. La Corée du Nord a signalé plus de 200 000 nouveaux patients souffrant de « fièvre » pour un cinquième jour consécutif, alors qu'elle continue de lutter contre sa première épidémie confirmée de SARS-CoV-2. Le pays ayant refusé la vaccination, il est probable que le nombre de décès soit important, mais on ne sait pas grand-chose à ce sujet. En Indonésie, une épidémie d'hépatite aiguë ou sévère d'origine inconnue chez les enfants a commencé à susciter l'inquiétude dans le monde entier en avril. Aujourd'hui, au moins 169 cas ont été signalés dans 12 pays : Royaume-Uni, Espagne, Israël, États-Unis, Danemark, Irlande, Pays-Bas, Italie, Norvège, France, Roumanie et Belgique. Plus de 70 cas provenant de 13 pays sont en cours de test et de vérification, et l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a identifié environ 450 cas probables de cette maladie mystérieuse dans 20 pays. L'Indonésie, la Malaisie et Singapour attendent la confirmation officielle de cette hépatite aiguë après qu'un certain nombre de jeunes enfants sont tombés malades ou sont morts. En parallèle, la variole du singe, une maladie connue mais rare, semblable à la variole et endémique en Afrique centrale, se propage, avec un schéma très similaire à celui observé au début du SIDA, contaminant essentiellement les homosexuels masculins.
	27 Avril 2022. Un premier cas de grippe humaine H3N8 chez un garçon de quatre ans est signalé dans la province de Hunan, en Chine. Depuis des années, nous disons que le variant H3N8 du virus de la grippe doit être surveillé de près. Ce virus est un agent pathogène fréquent pour les chiens et les chevaux, et a tué des dizaines de phoques à plusieurs reprises. Le fait même qu'il touche des mammifères en contact étroit avec l'homme est inquiétant. La Chine continue de lutter contre l'épidémie de COVID-19 à Shanghai et dans d'autres villes et signale les premiers décès après une longue période.
	19 Avril 2022. Un expert de premier plan en épidémiologie en Chine publie qu'une politique de zéro COVID n'est pas viable. Dans un éditorial de la revue National Science Review, deux experts bien connus proposent des stratégies pour le retour de l'activité et finir l'ère COVID-19 en Chine. Ils suggèrent qu'une politique de zéro COVID pourrait être désastreuse. Initialement traduit en chinois et disponible sur les réseaux sociaux, l'article a depuis été supprimé.
	16 Avril 2022. Bien que les autorités de Shanghai n'enregistrent pas de décès liés au COVID, cela est peu probable. Le nombre de cas de COVID-19 à Shanghai ne cesse d'augmenter, avec des cas de plus en plus souvent symptomatiques. Les autorités sanitaires n'ont pas enregistré de décès liés à l'épidémie, mais cela contredit une augmentation apparente du taux de mortalité des personnes âgées dans la ville. On peut s'attendre à une correction des chiffres de décès dans les prochaines semaines.
	5 Avril 2022. Ce matin, Shanghai montre le taux d'infection au SARS-CoV-2 le plus élevé depuis le début de la pandémie. Mardi, 13 354 nouvelles infections au COVID-19 ont été enregistrées à Shanghai, portant le nombre de cas à l'échelle nationale à un niveau record depuis l'apparition de la maladie, ce qui explique pourquoi les autorités du centre commercial de la Chine ne sont pas pressées de lever le confinement de la ville. Les autorités ont maintenu le confinement dans cette ville de 25 millions d'habitants après que des tests de masse ont révélé 73 000 infections depuis le 1er mars. Le gouvernement local est revenu sur son intention de lever le confinement de Puxi mardi. La grande majorité des cas sont asymptomatiques. La France a de loin la pire gestion de la maladie parmi les pays européens, avec un taux d'infection bien supérieur à l'état d'équilibre (R0 ~1,12). Il s'ensuit que les hospitalisations et les décès sont en hausse.
	31 Mars 2022. Les soldats russes fuient Tchernobyl dans la panique. Selon le South China Morning Post, les troupes russes ont commencé à quitter la centrale nucléaire de Tchernobyl après que des soldats ont reçu des "doses significatives" de radiations en creusant des tranchées sur le site hautement contaminé, a déclaré jeudi la compagnie nationale d'électricité ukrainienne, alors que de violents combats faisaient rage dans la banlieue de Kiev et sur d'autres fronts. Energoatom, l'opérateur, n'a pas donné de détails immédiats sur l'état des troupes ou sur le nombre de personnes touchées. Mais il a indiqué que les Russes s'étaient retranchés dans la forêt, à l'intérieur de la zone d'exclusion entourant la centrale, aujourd'hui fermée, où s'est produite en 1986 la pire catastrophe nucléaire au monde. Les troupes ont "paniqué au premier signe de maladie", qui est "apparu très rapidement", et ont commencé à se préparer à partir, a déclaré Energoatom.
	11 Mars 2022. L'épidémie de COVID-19 repart en Europe tandis que la Chine enregistre plus de 1 000 cas. La Chine enregistre son plus grand nombre de cas quotidiens de Covid-19 depuis sa première épidémie nationale en 2020, avec plus de 1 000 cas de coronavirus acquis localement détectés jeudi. Sachant comment l'épidémie se développe à Hong Kong, il sera important d'observer la manière dont la Chine réagit et tente de maintenir sa politique de "zéro COVID".
	6 Mars 2022. Hong Kong n'a pas réussi à vacciner correctement sa population âgée et le nombre de décès liés à la COVID-19 explose. Moins de 50 % des personnes âgées de 70 ans ou plus ont été doublement vaccinées à Hong Kong. Cette situation est totalement incompatible avec une politique de zéro COVID. Cela fait de la ville un dangereux point chaud pour la Chine continentale, car toute fuite sérieuse à partir de la ville entraînerait une situation incontrôlée pour le pays entier. Une fois encore, il est surprenant qu'aucune information sur l'épidémie ne ressorte de la guerre en Ukraine. Les soldats sont jeunes, mais la densité même des troupes, en particulier par temps froid, suggère qu'on devrait avoir une situation épidémique.
	3 Mars 2022. L'explosion du nombre de cas de COVID-19 à Hong Kong sature ses hôpitaux publics. Alors que les autorités de Hong Kong ont mis en place un dépistage obligatoire du SARS-CoV-2 pour toute sa population, la maladie, qui infecte plus de 30 000 personnes chaque jour, sature les hôpitaux publics. De nombreuses zones résidentielles sont confinées. Dans ce contexte, la guerre en Ukraine pose une question : les groupes de soldats nécessairement entassés lors de leur transport sont des lieux propices à la propagation de l'infection. Avons-nous une idée de ce qui se passe pour la population ukrainienne et les armées d'invasion ?
	18 Février 2022. Le climat est un facteur important de la propagation de la COVID-19 comme de la grippe. Une étude italienne vient d'explorer le schéma de développement de la COVID-19 et conclut que les facteurs climatiques ont un impact majeur. La température, l'humidité et les indices d'irradiation UV jouent un rôle clé. Les autorités sanitaires devraient en tenir compte pour mettre en œuvre les politiques appropriées. Cela suggère que les prochains mois devraient voir une atténuation considérable de l'épidémie, avec une résurgence probable, éventuellement sous une forme plus douce, à l'automne dans l'hémisphère Nord.
	12 Février 2022. La COVID-19 revient en force à Hong Kong. Les autorités sanitaires de Hong Kong font état d'un nombre record de 1 514 infections, de 3 décès supplémentaires et de plus de 1 500 cas suspects. Cela montre que le maintien d'une politique de zéro COVID sera extrêmement difficile à mettre en place, et probablement impossible à moyen terme en Chine.
	5 Février 2022. Deux villages de l'île de Java ont été déclarés zones rouges, et le bétail interdit dans la région après la mort de plusieurs animaux d'élevage due à la maladie du charbon. Le charbon est causé par la bactérie Bacillus anthracis qui se trouve naturellement dans le sol et affecte généralement les animaux qui respirent ou ingèrent des spores dans le sol, les plantes ou l'eau contaminés. Cette bactérie a été proposée comme agent de guerre biologique à partir d'aérosols chargés de spores, mais elle n'est pas directement contagieuse d'un animal à l'autre ou d'une personne à l'autre. Elle peut être prévenue chez les animaux par une vaccination régulière comme cela a été démontré par Pasteur en son temps. Elle peut provoquer une maladie grave chez l'homme et l'animal, notamment des cloques et des lésions noires (d'où son nom) qui peuvent s'ulcérer et s'infecter et entraîner un gonflement des ganglions lymphatiques. Si elle n'est pas traitée, elle peut être fatale. L'infection directe des poumons est mortelle.
	30 Janvier 2022. La létalité et la morbidité du variant omicron peuvent maintenant être évaluées. Le variant omicron est certainement moins dangereux que les variants précédents, mais cette observation doit être replacée dans le contexte de la vaccination, qui protège comme on le voit en comparant les pics de mortalité avec les pics de nouveaux cas. En effet, la courbe de mortalité globale qui suit l'invasion du monde par ce variant montre encore une augmentation malgré le niveau élevé de vaccination dont on sait maintenant qu'il protége contre les formes les plus graves de la maladie. La mortalité n'a pas encore atteint son pic. Trois scénarios principaux sont à attendre : 1/ évolution du virus vers un variant très contagieux progressivement atténué ; 2/ évolution vers une forme plus bénigne mais présente longtemps chez les personnes infectées, ou 3/ changement de tropisme du virus, passant du  poumon vers le tube digestif. L'hypothèse 1/ est la plus souhaitable, car l'infection produirait son propre effet vaccinal. Cependant, comme la population infectée est gigantesque il est probable que la maladie deviendrait endémique, comme l'est la grippe, avec des variants différents chaque année. L'hypothèse 2/ pourrait avoir des conséquences sérieuses pour une partie de la population, affectée par des troubles de longue durée (COVID long). Enfin, l'hypothèse 3/ pourrait conduire à une maladie extrêmement sévère comme le syndrome de diarrhée aiguë du porc, souvent mortelle. C'est donc ce qu'il faut surveiller en priorité, en particulier en analysant en permanence les formes présentes dans les eaux usées.
	13 Janvier 2022. Le variant omicron se répand comme le feu et atteint la Chine. La province centrale du Henan et Tianjin restent au centre de l'épidémie de COVID-19, avec un total de 117 nouveaux cas dans les deux provinces jeudi, tandis qu'une ville du nord-est du pays a signalé sa première infection par le variant omicron. Les autorités de la province du Henan signalent 76 nouveaux cas jeudi, contre 118 la veille, tandis que la ville portuaire de Tianjin, dans le nord du pays, signale 41 nouveaux cas, contre 33 mercredi. Si 40 des nouvelles infections ont été détectées dans un seul district, l'origine de l'épidémie n'est toujours pas connue. Mais la chaîne de transmission est claire, selon les autorités locales, ce qui permet encore d'appliquer la procédure "zéro COVID".
	6 Janvier 2022. Plusieurs foyers de COVID-19 apparaissent en Chine, y compris à Hong Kong. La Chine semble avoir du mal à contenir les nouveaux foyers de COVID-19. La politique du "zéro COVID" atteint ses limites. Après plus de deux semaines de confinement strict à Xi'an, plusieurs autres grandes villes ont également été soumises à cette règle féroce. À Hong Kong, on soupçonne qu'un invité participant à une fête d'anniversaire a été infecté par le variant omicron. Plusieurs officiels, liés à la Chine continentale, étaient présents et sont maintenant en quarantaine. En parallèle, un navire de Hong Kong parti pour une "croisière vers nulle part" a reçu l'ordre de revenir au port pour tester ses passagers.
	1 janvier 2022. Une grave épidémie de grippe aviaire touche l'Europe. Entre le début du mois d'octobre et le 29 décembre, 675 foyers de grippe chez des oiseaux sauvages et 534 chez la volaille (poules et canards, surtout) ont été signalés en Europe, selon l'Institut Friedrich Loeffler (FLI), le principal centre allemand des maladies animales. D'autres cas ont également été détectés chez des mammifères, comme des renards aux Pays-Bas et en Finlande, des phoques gris en Suède, des phoques communs en Allemagne et des loutres en Finlande. La maladie est principalement due au virus H5N1, mais il existe également des infections humaines dues aux souches H5N6 et H9N2 du virus. Les souches classiques affectant l'homme (H3N2 et H1N1) ont aussi fait leur retour.

Vaccination 2021