GRIPPE PORCINE H1N1 2008-2009

La malédiction des faux en science, erreur d'appréciation de la sévérité de la grippe H1N1 2008-2009

La page de référence de celle-ci est écrite en anglais. Les liens perdus sont le plus possible mis à jour, ou supprimés.

20 décembre 2009. Chez certains la grippe est une maladie très dangereuse, qu'on doit donc prendre au sérieux. Elle est la cause de nombreux décès chaque année. Pourtant, comme ce nombre est faible au regard du nombre des personnes qui ont contracté la maladie, les épidémies sont classées en bénignes, modérées ou sévères. Le présent épisode dû à une souche H1N1 relativement nouvelle du virus est une épidémie à caractère modéré (à nouveau, cela ne signifie pas que la maladie ne soit pas très grave chez certains, mais simplement que le nombre des cas sérieux est faible). L'OMS, qui suit le développement de la pandémie note que le cours de la maladie dans l'Hémisphère Nord ne diffère pas de ce qu'on a constaté dans l'Hémisphère Sud durant notre été. La pandémie actuelle est donc du type modéré. Cela devrait nous rappeler que lorsque la grippe dite "saisonnière" va se répandre il nous faudra être vigilants, car le virus H3N2 qui va sans doute dominer pourrait causer une épidémie sensiblement plus sévère que la grippe actuelle dont on parle tant.
19 décembre 2009. Tous les domaines de la biologie peuvent être le théâtre de comportements répréhensibles. C'est particulièrement vrai, malheureusement, de travaux publiés dans des magazines à la mode (voir les raisons sous-jacentes à ce comportement par ailleurs bien surprenant). Cela n'aurait sans doute pas grande importance s'il n'y avait des conséquences dans le domaine de la santé, par exemple. Le cas de H. M. Krishna Murthy, qui est en cours d'instruction, est particulièrement préoccupant car il concernait un domaine très inattendu pour un faussaire, la cristallographie des protéines, et décrivait la structure de protéines très importantes, comme une protéine du dangereux virus de la dengue. Tout le travail dans ce domaine de ce chercheur a été retracté par le Journal of Biological Chemistry. Il va être important de suivre le devenir des autres articles de cet auteur, en particulier dans les Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) et dans Nature, car ils traitent de domaines médicalement importants comme l'athérosclérose et l'immunité innée. En effet les faussaires sont le plus souvent récidivistes.
10 décembre 2009. Alors que des experts du monde entier débattent du changement climatique, très peu mettent en avant la cause première du phénomène, l'augmentation de la population mondiale. Seule la Chine, qui depuis des décennies a pris la mesure de la gravité du phénomène, redit qu'aucune solution ne pourra être durable si la population du monde n'est pas contrôlée rapidement. En dehors du climat, ce processus est à l'origine, bien sûr, de la modification générale des écosystèmes et de ce qui est en passe de devenir la sixième extinction massive des espèces vivantes. De nombreuses raisons expliquent l'aveuglement qui occulte cette question, et en particulier l'idée erronée qu'une population de personnes âgées est plus coûteuse pour la société qu'une population de jeunes et d'adolescents. Le culte de la pyramide des âges triangulaire est sans doute l'une des erreurs les plus fâcheuses qui aient pris nos sociétés au piège biblique du "croissez et multipliez". Et l'on ne peut que s'interroger sur les programmes alimentaires qui ne se soucient que d'un présent éphémère et ne donnent pas, comme en Chine (même si les méthodes utilisées dans ce pays ont souvent été cruelles), l'espoir aux enfants qu'on sauve un jour, de vivre une vie digne, en apprenant à leur parents à limiter les naisssances.
5 décembre 2009. La différence entre les épisodes bénins de la grippe saisonnière et la pandémie récente due au virus H1N1 réside principalement dans le fait que la pandémie se déroule particulièrement tôt dans l'année et que les personnes âgées sont moins sensible à la maladie. Dans l'ensemble l'OMS constate que la maladie a déjà atteint son maximum dans la plupart des pays européens. Cette observation est en parfait accord à ce qu'on a pu constater cet été durant l'hiver austral. Si aucune mutation ne vient rendre le virus plus pathogène dans un proche avenir, la maladie aura été du côté des formes bénignes des épidémies annuelles de grippe.
2 décembre 2009. On parle beaucoup de la grippe H1N1 actuelle, et on peut s'interroger sur les intérêts sous-jacents. Ce qui est le plus inquiétant n'est pas l'épidémie actuelle, mais la façon dont elle est gérée, sans grand rapport avec sa sévérité. Le risque, en effet, est qu'on oublie que la grippe peut être réellement très dangereuse, et que la population, trompée par un avertissement inutile, ne se sente plus concernée au moment où une épidémie sérieuse apparaîtra. On ne sait plus très bien, par exemple où en est la grippe A H5N1. De même une infection par une grippe A H9 a été identifiée récemment à Hong Kong, et il serait bon de veiller à suivre son développement: des cas ont déjà été identifiés en 1999, 2003, 2007 et 2008.
1 décembre 2009. Parmi les développements les plus intéressants de la Biologie Synthétique on trouve l'expression de protéines utilisant des acides aminés différents des vingt acides aminés qu'on trouve dans les protéines naturelles. Le laboratoire de Peter Schultz au Scripps Research Institute à La Jolla, en Californie est l'un des plus réputés dans le monde à ce sujet. Malheureusement Schultz et ses collègues viennent de rétracter plusieurs articles qui décrivaient des travaux particulièrement intéressants (incorporation d'acides aminés glycosylés dans les protéines) et en particulier l'article de réference publié en 2004 dans la revue Science. La tentation de publier trop vite est de plus en plus grande, en particulier en raison du poids donné à des revues considérées comme prestigieuses (comme Nature et Science) où la dimension de communication de type médiatique est fortement privilégié. On observe désormais un nombre très significatif d'articles dont les résultats ne sont pas reproductibles dans ces revues.
27 novembre 2009. Bien des imprécisions ou même des erreurs contaminent les nouvelles que nous obtenons à propos de la pandémie due à une grippe H1N1. Dans ce contexte il peut être utile de consulter le site de Peter Osborn, où une compilation soigneuse donne des informations rigoureuses avec seulement quelques jours de retard. Le meilleur vaccin du monde, le vaccin contre le virus qui cause la Fièvre Jaune est l'objet d' une campagne de vaccination multi-pays au moment où la maladie est de retour en Afrique de l'Ouest. 12 millions de personnes vont être vaccinées.
20 novembre 2009. Devant la façon dont les media de masse répandent les rumeurs l'OMS vient de publier un communiqué à propos d'une mutation du virus de la grippe pandémique H1N1 qui apparaît de façon sporadique et qui a été détectée chez quelques cas mortels. Rien ne permet, à ce stade, de savoir si les virus mutants se répandent, ni s'ils sont cause de symptômes dangereux.
15 novembre 2009. L'accès à l'eau potable est une luxe. Des pays comme le Bangladesh et l'Inde (et d'autres régions en Chine par exemple ou immédiatement en aval de mines comme à Carnoulès en France) sont gravement contaminés par l'arsenic. Des recherches en cours tentent de comprendre comment on pourrait y remédier en utilisant la flore microbienne. Un autre phénomène associé à la pollution de l'eau est la présence universelle du choléra dans les régions sans accès à l'hygiène. 120,000 personnes vont recevoir un vaccin oral contre le choléra au Bangladesh. Une épidémie est active au Congo-Kinsasha.
11 novembre 2009. Alors qu'une controverse sur le réchauffement global, déclenchée par des personnes avides de notoriété de masse se développe, nous devrions prêter attention à l'aire de répartition d'un dangereux virus, le virus Crimée-Congo, souvent transmis par des tiques, et la cause d'une fièvre hémorrhagique mortelle. Ce virus vient d'être responsable d'un décès au sein des troupes americaines en Afghanistan.
8 novembre 2009. On peut trouver une information à jour sur la nature de l'agent de nouvelles maladies émergentes, le XMRV, au Wittemore Peterson Institute (ce travail de faussaire a été rétracté). Il s'agit du quatrième rétrovirus clairement pathogène après le VIH, et HTLV-1 et HTLV-2. Il est donc toujours important de se souvenir de la façon dont les virus se transmettent de l'animal à l'homme. Il existe malheureusement une tendance systématique à l'exploration de frontières dangereuses, souvent avec le support du public dès que des intérêts personnels sont en jeu. Encore aujourd'hui des chercheurs souhaitent réaliser des chimères homme/animal et ette tentation n'est pas nouvelle. Dans les années 1920, au cours d'une vision en Afrique, financée par le gouvernement soviétique, l'Academie des Sciences et l'Institut Pasteur, le fameux spécialiste Ilya Ivanov développa cet étrange projet en fécondant artificiellement des guenons avec du sperme humain – sans succès, bien sûr. Serge Voronoff, lui aussi au début des années 1920 et pour de nombreuses années, greffa des testicules de singe à des hommes âgés pour restaurer leur vitalité et accroître leur longevité. Chercheur au Collège de France, il fut financièrement soutenu par sa seconde épouse qui fit une donation à cette institution et qui est, selon Jean Réal, encore utilisée aujourd'hui. Bien des expériences de ce genre sont proposées et parfois mise en œuvre de nos jours à partir de cellules ou d'embryons, sans que personne ne s'en inquiète, et souvent avec le soutien de personnes qui pensent y trouver un intérêt. Pourtant, même les tissus humains sont potentiellement dangereux, comme on l'a vu avec des greffes de cornées donnant la rage, ou l'utilisation d'hormone de croissance humaine conduisant à la maladie de Creutzfeld-Jakob.
1 novembre 2009. Le nouveau virus H1N1 de la grippe "porcine" se répand rapidement dans l'hémisphère nord sous la forme d'une maladie généralement bénigne. Dans ce contexte il est important de repérer ce que devient le virus de la grippe "aviaire" H5N1. Il semble très surprenant que ce virus ait plus ou moins disparu de nos écrans, le dernier cas confirmé rapporté par l'OMS, en Egypte, datant du 24 septembre. Nous devons nous souvenir que les patients peuvent être infectés par plusieurs virus simultanément, et que c'est durant des épisodes de ce genre que le génome du virus peut réassortir certains de ses segments. Un virus combinant H1N1 / H5N1 pourrait être particulièrement dangereux. L'absence d'identification récente pourrait être due à des erreurs de diagnostic pour des infections sévères attribuées au virus "à la mode" H1N1.
25 octobre 2009. Partie du Mexique, l'épidémie de grippe H1N1 s'est rapidement étendue à l'Hémisphère Sud au moment de l'hiver austral. Comme l'hiver favorise la grippe, il est intéressant et utille d'analyser la façon dont la maladie s'est développée en Australie, Nouvelle Zélande, Afrique du Sud, et Amérique du Sud pour avoir une idée de ce qui pourrait arriver cet hiver dans l'Hémispère Nord. Le réseau sentinelle Eurosurvellance vient de publier une analyse détaillée de la situation. La conclusion principale de cette étude est que, comme attendu, les personnes les plus vulnérables sont celles dont les défenses immunitaires sont altérées (y compris les patients atteints du sida), celles qui ont des maladies respiratoires pré-existantes, les obèses, et les femmes enceintes. Par ailleurs la répartition des cas identifiés montre une plus grande susceptibilité chez les personnes de moins de 60 ans. Il est aussi clair que les enfants de moins de cinq ans sont plus sensibles que les adultes. La situation est relativement difficile à analyser car il existe deux types de virus A H1N1 en circulation. L'un d'eux (en parallèle avec un virus A H3N2) correspond à une grippe saisonnière présente depuis plusieurs années. L'autre est celui responsable de la pandémie actuelle, mais les symptômes de ces grippes sont très voisins. L'étude a permis cependant d'établir que l'âge moyen des patients était de 27 ans pour la grippe H1N1 saisonnière et de 16 ans pour la grippe H1N1 de la pandémie actuelle. Cette analyse indique que, si le virus pandémique ne mute pas rapidement vers une forme plus virulente les systèmes de santé des pays de l'hémisphère nord devraient pouvoir sans problème la prendre en compte.
21 octobre 2009. Avec toute l'agitation qui entoure le virus A H1N1 il est important de comprendre comment il fonctionne. Le blog de bunnie (pour ceux qui sont familiers des ordinateurs) donne (en anglais) une excellente illustration de ce qu'est un virus. Dans ce contexte il faut comprendre que ce virus H1N1 n'est qu'un variant (mais sensiblement différent) du virus de la grippe qui nous infecte tous les hivers depuis longtemps. C'est pourquoi les vaccins qui sont faits à partir du nouveau virus mais avec les recettes anciennes n'ont ni plus ni moins d'effets secondaires que le vaccin habituel. Il est donc, dans ce cas, raisonnable de se vacciner. C'est vrai en particulier pour les enfants et les personnes de moins d'une soixantaine d'années. Si votre médecin sait vous donner cette réponse, pas de problème. Si, au contraire, le vaccin qui vous est proposé (cela arrivera sans doute dans quelque temps) ne suit pas ces recettes (en particulier en termes de mode de multiplication du virus, traditionnellement sur des œufs embryonnés) alors vous avez raison de vous poser des questions, et il faut alors bien peser le rapport bénéfice / risque.
16 octobre 2009. De nouvelles études semblent ne pas confirmer l'association entre le virus XMRV et le cancer de la prostate (ce travail a été rétracté). Cependant les chercheurs spécialistes du domaine restent prudents, en raison de la difficulté à caractériser ce virus. Il convient de se souvenir qu'au moment de la découverte du virus du SRAS les premières études avaient suggéré qu'il s'agissait d'un metapneumovirus alors qu'on avait affaire à un coronavirus, d'une famille par conséquent bien différente. D'une façon générale la corrélation entre virus et cancer reste souvent difficile à établir, au point qu'on ne connaît pas bien la fréquence des cancers d'origine virale.
10 octobre 2009. En janvier 1983 nous avons donné, à la demande du Professeur Hilaire Tiendrébéogo une conférence à Ouagodougou (Burkina Faso, alors Haute Volta) sur les dangers potentiels des fluides corporels, et du sang en particulier, à l'occasion de l'émergence d'une maladie nouvelle qui semblait affecter en priorité les homosexuels. Peu étaient à l'époque ceux qui prenaient au sérieux la menace associée. Nous sommes peut-être en train de vivre un événement semblable avec l'identification d'un nouveau virus sanguin, le virus xénotrope de la leucémie murine, XMRV (ce travail a été rétracté). Ce rétrovirus est déjà associé à deux maladies, la forme la plus agressive du cancer de la prostate, et une maladie énigmatique qui a affecté de nombreux soldats de la première guerre en Irak, le syndrome de fatigue chronique (Myalgic Encephalomyelitis/Chronic Fatigue Syndrome). Cette observation suggère que ces maladies, et en particulier la forme agressive du cancer de la prostate, peuvent être transmises par transfusions, et pourraient aussi être transmises sexuellement. Nous avons là un nouveau signal qui nous indique que nous devons être particulièrement prudents lors de l'utilisation de dérivés du sang, d'organes, et de cultures cellulaires. Dans ce contexte, l'idée de préparer des vaccins à partir de cultures cellulaires (qui demandent généralement des milieux de croisssance très complexes, et pourraient répandre de nombreux virus) devrait être considérée avec le plus grand soin (et en particulier utiliser les techniques reconnues d'inactivation des virus).
2 octobre 2009. Alors que la grippe H1N1 se répand il convient de faire une mise au point. Les media de masse, curieusement (mais n'est-ce pas la paresse généralisée ?) font comme si la "grippe A" était une nouveauté, et n'avait pas de rapport avec la grippe saisonnière ! Or la composante usuelle majeure de la grippe saisonnière est un virus influenza de type A et cette année plus spécialement de type H3N2. Le virus a un génome ARN codant dix gènes. Il est divisé en huit segments, contenant chacun un ou deux gènes. Deux produits de ces gènes, une hémagglutinine (HA) et une neuraminidase (NA), déclenchent généralement une réponse immunitaire chez l'hôte, car ils sont visibles pour le système immunitaire. Le virus varie sous la forme de "sous-types" asscociés à des variant des allèles HA et NA, par exemple : 'grippe espagnole’, variétés du virus H1N1; H3N2 ‘1968, la grippe de Hong Kong’, H5N1 ‘grippe aviaire'. Jusqu'à présent on a répertorié 16 antigènes HA et 9 antigènes NA. Plusieurs sous-types sont particulièrement préoccupants, spécialement H5N1 et H9N2. Le réservoir principal du virus est les oiseaux de la famille des Anatidés (canards, oies et oiseaux apparentés), où le virus est le plus souvent bénin. Il suit alors une voie de contamination oro-fécale, à la différence de ce qui se passe chez l'homme où la voie principale est respiratoire. Comme les autres organismes le virus de la grippe peut muter (càd changer l'orthographe du texte de son génome). Il a aussi un autre mode de variation, le réassort. Il peut ainsi échanger de virus à virus l'un des huit segments de son génome. Une cellule infectée par deux virus peut ainsi réassortir son génome : infectée par deux virus de type A, H1N1 et H7N7, elle pourra donner naissance à un virus de type H7N1. Ce mode de changement a souvent été à l'origine des pandémies. Le statut actuel de ces réassorts a été résumé ici. Il est aussi important de remarquer qu'un nouveau variant du virus "saisonnier" H3N2 se répand rapidement et qu'il n'est pas reconnu par le vaccin distribué en ce moment pour la grippe saisonnière.
24 septembre 2009. Le blog prefontal.org se réjouit du succès d'une étude faite sur un saumon mort utilisant une technique sophistiquée d'imagerie médicale. Les auteurs démontrent que si l'on ne prend des précautions suffisantes dans l'analyse des images il est tout à fait possible de montrer de façon convaincante que le saumon réagit à des stimuli extérieurs, démontrant une bonne activité cognitive !
23 septembre 2009. Près de 40 000 personnes ont été vaccinées contre le virus grippal H1N1 à Pékin. Cet essai devrait permettre de voir s'il convient de vacciner le personnel médical et les personnes à risque. Les premières observations n'ont pas mis en évidence d'effets secondaires préoccupants.
12 août 2009. L'Université de Hong Kong vient de publier deux intéressantes études en collaboration avec d'autres laboratoires dans le monde. Au Département de Biochimie une mutation dans un gène de régulation, Ihh, explique l'absence de certains os dans les doigts. Cela semble dû à une altération de l'association du produit du gène à son récepteur, ainsi qu'à une différence dans son aptitude à diffuser. En parallèle, une étude du Département de Microbiologie a montré que le virus actuel de la grippe porcine a une longue histoire, en particulier chez le cochon. Les chercheurs impliqués insistent sur l'importance de la surveillance des animaux domestiques. Une fois encore cela confirme l'importance de l'élevage des porcs dans le passage du virus des oiseaux à l'homme.
2 août 2009. Une nouvelle source de VIH, le virus du sida, provenant du gorille (SIVgor) est à l'origine d'un cas humain. Les chauves-souris sont peut-être cousines éloignées des primates. Ces mammifères, dont le rôle est considérable dans la pollinisation et la dispersion des graines de nombreuses plantes tropicales, sont en effet le réservoir de nombreux virus qui infectent l'homme. Le virus de la rage est le plus connu d'entre eux, mais le coronavirus du SRAS qui a aussi été célèbre infecte des chauves-souris. Et le virus de la fièvre de Marburg infecte la roussette (Rousettus aegyptiacus, qui se mange parfois), sans lui causer de maladies importantes. D'autres virus potentiellement très dangereux pour l'homme (virus Hendra et Nipah) sont aussi très répandus chez les chauves-souris, comme Eidolon helvum, une chauve-souris frugivore africaine.
24 juillet 2009. Les oiseaux ne transpirent pas, ce qui leur pose un problème physiologique sérieux par temps chaud ou dans les régions tropicales. Il n'est pas rare de voir des moineaux (ou des cigognes si on en a l'occasion) le bec ouvert pour évacuer la chaleur. On s'est longtemps interrogé à propos du bec gigantesque du toucan : était-ce une parure sexuelle, un handicap pour sélectionner les oiseaux les plus forts, un instrument pour peler les fruits ? Glenn Tattersall et ses collègues à la Brock University dans la province de l'Ontario, Canada ont trouvé la solution. Le bec du toucan est un radiateur qui permet à l'oiseau d'adapter sa température à la température extérieure dans l'atmosphère étouffante des forêts trropicales. Cette solution est typique du bricolage à l'œuvre chez les organismes vivants et qui reflète la myopie de l'absence de dessein dans l'évolution de la vie.
23 juillet 2009. De nombreux baigneurs de la côté algérienne ont récemment été victimes de fièvre, de vomissements, de troubles respiratoires. Ces symptômes rappelent ceux qui sont causés par Ostreopsis ovata, un dinoflagellé des eaux tropicales et sub-tropicales mais rencontré désormais un peu partout en Méditerranée, peut-être en raison du réchaffement global.
22 juillet 2009. On a longtemps pensé que le virus SIVcpz, l'ancêtre du HIV qui infecte les chimpanzés restait asymptomatique. Pourtant une longue observation des animaux dans leur cadre naturel a permis à Beatrice Hahn et ses collègues de l'Université d'Alabama à Birmingham (USA) d'établir que ces animaux meurent plus tôt que ceux qui ne sont pas infectés. Cela n'avait pas pu être établi jusqu'alors en raison de la longue durée nécessaire à ce que la maladie s'établisse chez les chimpanzés comme chez l'homme.
9 juillet 2009. L'ancienneté de la civilisation Chinoise aurait dû la préserver des errements des illuminés occidentaux. Mais un groupe de pression à tenté d'introduire l'enseignement du créationnisme et du dessein intelligent dans les écoles de Hong Kong. Fort heureusement cela n'a pas eu le succès escompté et le gouvernement de Hong Kong a jugé que l'évolution devait être enseignée, en particulier en faisant référence aux travaux de Charles Darwin et de Jean-Baptiste de Lamarck.
30 juin 2009. Le nombre des décès dus à la grippe porcine (A H1N1) dépasse largement celui causé par la grippe aviaire (A H5N1). Pourtant la première est beaucoup moins sévère que la seconde. Mais elle semble particulièrement contagieuse, surtout chez les personnes de moins de 50 ans. Certains ont donc pensé à organiser des "réunions de grippés" pour attraper le virus et ainsi se vacciner. C'est une très mauvaise idée, non pour un individu isolé bien portant, mais pour le système de soins : si la grippe se répandait alors très rapidement, elle causerait, en dépit de ses symptômes généralement assez inoffensifs, un très grand nombre de cas sévères qui inonderaient alors les hôpitaux... Il faut penser à la collectivité !
26 juin 2009. Du point de vue médical, l'Iran est situé à une position cruciale pour la transmission des maladies entre l'Orient et l'Occident. Il est donc particuliièrement important que le pays reste ouvert le plus possible en termes d'information. La situation actuelle où les media semblent lourdement contrôlés par le gouvernement, malgré l'usage de plus en plus fréquent de Twitter avec la marque #iranelection est préoccupante. Il est difficile de comprendre ce qui s'est passé, mais pour avoir une idée de ce que la statistique peut apporter l'analyse faite par le Dr Walter Mebane avec la loi de Benford est intéressante. Il est en particulier très difficile de connaître la situation dans les hôpitaux. Fort heureusement la grippe A H1N1 semble actuellement donner une forme peu dangereuse de la maladie.
20 juin 2009. La peste bubonique est endémique dans de nombreuses régions du monde, associée aux rongeurs et parfois responsable d'infections humaines. Une épidémie vient d'affecter la région de Tobrouk (Tubruq), en Lybie avec plus de 30 cas (fort heureusement la maladie est sensible aux antibiotiques si diagnostiquée à temps).
14 juin 2009. Une étude publiée dans Nature avec la Li Ka Shing Faculty of Medicine of Hong Kong, l'Université d'Arizona et l'Université d'Oxford confirme l'idée, développée à de nombreuses reprises , que le virus de la grippe tend à réassortir son génome entre des formes aviaires, porcines et humaines. La présente pandémie illustre très bien cette situation
12 juin 2009. La nouvelle pandémie de grippe H1N1 va demander la production de milliards de doses de vaccin. La pratique courante est de produire le vaccin sur des œufs de poule embryonnés. Cela va poser un problème logistique énorme (ne serait-ce qu'en raison du manque de coqs adultes). Certaines compagnies développent donc un vaccin sur culture de cellules animales. Mais cette pratique devrait être considérablement encadrée en raison du risque de communiquer l'agent des encéphalites spongiformes, causées par les protéines prion, très difficiles à éliminer. S'il y avait un accident on ne s'en rendrait compte qu'après une ou plusieurs décennies, comme dans le cas de la maladie de la vache folle.
10 juin 2009. L'automne s'annonce dans l'hémisphère sud, et c'est là qu'on attend donc que la grippe porcine se développe. Le nombre de 1 200 cas vient d'ailleurs d'être dépassé en Australie. Cela indique une contagion de personne à personne, indépendamment de la source initiale, très exactement la définition du début d'une pandémie. Pour une mise à jour quotidienne à propos des virus H5N1 et H1N1 voir AIDaily.
2 juin 2009. Parmi les nombreuses explications avancées pour la disparition du vol AF447, il en est une qui met en jeu le caractère innovateur des ordinateurs. Comme nous l'avons dit à la fin de notre présentation familiarisée de la biologie synthétique, "qui voudrait voler dans un avion qui innove dans son comportement ?" c'est peut-être ce qui s'est produit. Au cours de turbulences particulièrement violentes, les ordinateurs de bord peuvent avoir pris la main, sans laisser aux pilotes la possibilité de réagir intelligemment... Le saurons-nous un jour?
30 mai 2009. Un nouveau membre des Arenaviridae, virus dont font partie les virus Ebola et Lassa viruses vient d'être découvert en Afrique du Sud. Il a été nommé provisoirement le virus Lujo (LUJV) en raison de son origine géographique (Lusaka, Zambie, et Johannesburg, Afrique du Sud). C'est la première découverte d'un nouveau virus de cette famille en trois décennies. Le virus est très létal et se transmet par contact direct ou par le sang et les sécrétions corporelles. Alors que son origine reste inconnue pour l'instant, son génome a été entièrement séquencé
29 mai 2009. Comme on s'y attend malheureusement pour tous les traitements chimiques l'OMS a lancé en février dernier un avertissemet sur l'apparition de la résistance du parasite du paludisme au médicament le plus efficace, l'artémisinine. Cette résistance est apparue à la frontière entre le Cambodge et la Thaïlande et semble se répandre.
19 mai 2009. La grippe H1N1 s'étend au Japon, sans relation directe avec la source initiale du virus. Il est désormais probable qu'elle va se répandre de façon pandémique, et atteindre le niveau maximal de l'échelle de contagion établie par l'OMS. Heureusement, au moins pour l'instant, alors que la maladie semble particulièrement contagieuse, ses symptômes sont généralement bénins. Il est cependant totalement impossible de prédire comment le virus va évoluer. L'une des difficultés est que plusieurs maladies virales ont des premiers symptômes assez semblables à ceux de la grippe. Le chikungunya, par exemple est actif en ce moment en Inde et en Malaisie.
16 mai 2009. La grippe porcine s'étend. Au cours d'une valse hésitation où le nom du virus de la grippe, une souche particulière du virus de la famille influenza A, a changé de virus de la "grippe mexicaine", de la "grippe porcine", pour devenir un simple virus H1N1 ou même tout simplement A, on aperçoit le rôle très important de groupes de pression. Cela confirme l'importance des données socio-culturelles dans la diffusion des maladies. Cela aura pour conséquence de rendre plus difficile l'identification de l'histoire du virus. Par chance, au moins pour l'instant, les symptômes de la maladie sont bénins et en tout état de cause semblables à ceux de la grippe qui affecte le monde chaque année. Il faut rappeler cependant que la grippe cause de nombreux décès, même lorsqu'elle n'est pas particulièrement virulente. Le Journal of Neurovirology publie une étude qui montre que les déficits cognitifs qui affectent la moitié des personnes infectées par le VIH sont dues à des lésions de la matière blanche cérébrale. Cela devrait inciter à développer des traitements qui puissent lutter contre le virus en traversant la barrière hémato-méningée.
2 mai 2009. D'une grande famille polonaise, célèbre par ses poètes, savants et musiciens, Piotr Slonimski, l'un des pères de la génétique moléculaire est mort le 25 avril. Il aura été l'un des pionniers de la génomique en France. Elève de Boris Ephrussi, il a joué un rôle majeur dans le développement - difficile - de la génétique dans un pays où cette science a toujours eu une histoire ambiguë. Sa contribution à la génétique mitochondriale (les mitochondries sont le reste de bactéries symbiotes, qui gèrent l'énergie de la cellule) est considérable.
1 mai 2009. On peut trouver toutes les séquences du nouveau virus H1N1 de la grippe porcine au site GISAID. Comme c'est habituel, ce virus évolue en combinant mutations et réassortiments des sections indépendantes de son génome. Dans le cas présent on a affaire à un triple réassortiment qui a eu probablement lieu il y a plus de dix ans (en 1998) combinant des fragments aviaires, humains et porcins, au sein d'un hôte qui a dû être le porc. En termes de protection, le port de masques est très ambigu car il nécessite l'usage des mains pour sa mise en place. L'hygiène des mains est donc particulièrement importante, et l'on doit rigoureusement éviter de se toucher le visage, et en particulier la bouche, le nez et les yeux. De nouvelles expériences viennent contredire deux décennies de travaux sur la façon dont le VIH pénètre les cellules : le virus ne fusionne pas avec la membrane d'emblée, mais est internalisé d'abord dans des vésicules.
26 avril 2009. A la différence de l'épisode du SRAS, où nous ne savions rien de la cause de la maladie, nous savons presque tout des épidémies de grippe. Le profil des patients au Mexique est un peu atypique (20-40 ans), ce qui motive en partie l'inquiétude. Et pourtant le problème principal sera le contrôle social de la diffusion de la maladie. Savoir, hélas, ne suffit pas à prevenir les comportements irrationnels, mais cela aide, et nous savons en particulier que le contrôle des déplacements, en plus d'une hygiène stricte, est nécessaire. Nous verrons dans les prochains jours si nous sommes préparés par notre connaissance du passé. Le temps nécessaire pour la création d'un vaccin est de plusieurs mois (on doit pouvoir réduire le temps à deux mois), et le virus est pour l'instant sensible à un médicament antigrippe.
25 avril 2009. De nombreux types du virus de la grippe aviaire sont présents dans le monde entier, et alors que le virus H5N1 a été (et est encore) considéré comme très préoccupant, le type désormais plus fréquent, H1N1 (dont un variant a causé la terrible pandémie de 1918-1919) reste très présent dans le monde animal. L'Organisation Mondiale de la Santé a lancé hier une alerte à propos d'une épidémie qui se développe au Mexique et aux Etats-Unis. La maladie semble être partie d'un élevage de porcs, animaux relais communs entre l'Homme et les hôtes habituels du virus, les oiseaux de la famille des Anatidés (canards, oies, etc). Les autorités sanitaires de Hong Kong renforcent le contrôle aux frontières pour tenter d'éviter l'introduction de la maladie. La population des porcs est immense en Chine et les animaux sont souvent victimes d'épidémies incomprises. Les mesures recommandées sont les mêmes que celles qui l'ont été durant l'épisode du SRAS en 2003
9 avril 2009. L'élevage des crevettes est très répandu dans le monde entier. Cela implique d'énormes concentrations locales de ces animaux, avec l'inconvénient que cela multiplie l'émergence de nouvelles maladies. C'est ainsi que les microsporidies, qui décolorent les crevettes, sont souvent rencontrées. Un virus, reponsable du syndrome des taches blanches, est aussi une peste de l'aquaculture. Un groupe de chercheurs taiwanais vient d'identifier la cause principale de l'action du virus, la protéine ICP11, et a montré qu'elle mime l'ADN et se lie en son lieu et place aux histones, ce qui désorganise totalement les cellules de l'hôte. Il s'agit là d'une observation très intéressante qui devrait nous inciter à étudier plus en détail les protéiunes mimes des acides nucléiques.
4 avril 2009. Le professeur Chen Zhu (陈竺), ministre de la santé de Chine vient d'indiquer publiquement que ses service ont récemment identifié plus de 200 cas de tuberculose extrêmement résistante aux antibiotiques (XDR) à travers le pays.
23 mars 2009. On sait que les criquets forment des essaims redoutables, qui dévorent tout sur leur passage. L'une des plaies de l'Egypte biblique, ils existent toujours et sont surveillés soigneusement par la FAO. Longtemps on s'est interrogé sur les raisons qui font que ces animaux, normalement recherchant la solitude, et fuyant les autres, peuvent soudain former des essaims de plusieurs dizaines de milliers d'individus. C'est chose faite. Des zoologistes d'Oxford, de Cambridge et de Syndney (en Australie) viennent de montrer que si l'on force des criquets à rester ensemble plus de deux heures, leur comportement change soudain. Ce changement est dû à un neuromédiateur universel la sérotonine (qu'on soupçonne être impliqué dans la dépression et bien d'autres processus normaux ou morbides chez l'Homme), dont la répartition dans les ganglions nerveux de l'animal change complètement. Il reste bien sûr encore beaucoup à comprendre, mais les comportements grégaires existent aussi chez bien d'autres animaux, et c'est peut-être un  peu inquiétant de voir qu'un certain type de contrainte peut engendrer des comportements collectifs apparemment irrépressibles...
19 mars 2009. L'historien des sciences et médecin Mirko Grmek aurait certainement fait de nombreux commentaires sur les propos tenus par le pape sur l'usage du préservatif et l'épidémie de sida. Il avait proposé le concept de pathocénose (formé comme biocénose concept central de l'écologie de Karl Möbius) pour montrer combien les maladies sont aussi sociales que microbiennes. D'ailleurs qui s'interroge aujourd'hui sur les raisons qui ont conduit l'Afrique (d'où le VIH provient, et où il était présent depuis de nombreuses décennies, sans épidémie décelable) à être le lieu "privilégié" du développement de cette terrible maladie ? Son Histoire du Sida, parue en 1989 était bien instructive, mais qui s'en souvient ?
17 mars 2009. On l'oublie bien souvent, mais la guerre biologique n'est pas que dans notre imaginaire. Dans un livre récemment paru Patrick Berche nous rappelle, hélas, comment Ian Smith et son gouvernement ont utilisé le choléra en Rhodésie (aujourd'hui Zimbabwe) contre la population, et l'on ne peut que s'interroger sur les conséquences possibles jusqu'à aujourd'hui. Il n'est pas impossible que la mémoire du passé revienne avec une vengeance: au Mozambique, du personnel de la Croix Rouge vient d'être attaqué (et l'on déplore plusieurs morts) en raison d'une rumeur qui s'est répandue rendant responsable cette organisation de l'épidémie actuelle...
11 mars 2009. Devant l'augmentation gigantesque de la population mondiale beaucoup de pays en développement se tournent vers la culture des plantes génétiquement modifiées, avec, au moins pour l'instant, beaucoup de succès. Le service international pour l'acquisition des applications d'agri-biotech (ISAAA) donne le détail du développement des cultures transgéniques au cours de l'année 2008. On y remarque que la croissance des plantes cultivées de ce type a crû de 10%, correspondant à une valeur de 750 millions de dollars (cf ).
10 mars 2009. Au moment où l'enthousiasme pour les thérapies utilisant les cellules souches ne se dément pas, il faut absolument rappeler qu'il convient de développer une recherche significative en amont, et qu'il n'est pas du tout convenable d'aller trop vite aux applications. Il est très préoccupant en particulier que l'on en soit déjà aux expériences humaines alors que trop peu a été fait sur l'animal.. Joerg Huelsken commence ainsi une analyse du problème: "Une remarque d'importance, les cellules souches peuvent se transformer en formes bénignes ou en lésions cancéreuses par l'action d'un seul oncogène, ou la perte d'un seul gène suppresseur de tumeur. Cela démontre que le prix de leur capacité régénérative a un coût : le risque accru de carcinogenèse." Nous avons d'ailleurs rappelé qu'un cancer vient d'être diagnostiqué chez un patient après transplantation de cellules souches.
9 mars 2009. Plusieurs vaccins contre les rotavirus, causes majeures de diarrhées sont en cours d'analyse approfondie par l'ICCCR,B. Les premiers résultats sont prometteurs à un moment où des expériences de phase III sont en cours.
5 mars 2009. Des membres de l'ICDDR,B de Dacca, Bengladesh, sont allés étudier la progression du choléra au Zimbabwe. La maladie continue à s'étendre, et le nombre des puits contaminés est considérable. Le sida confirme son caractère de maladie sociale: le VIH progresse désormais rapidement chez les plus de 50 ans dans le monde entier, en parallèle en particulier avec la publicité très rémunératrice des aides à l'activité sexuelle. Ce qui est le plus préoccupant est que beaucoup de ces contaminations semblent être des premières contaminations. Le réservoir s'étend donc en parallèle, chez des personnes dont le système immunitaire commence à vieillir.
4 mars 2009. La façon dont s'est répartie la grippe aviaire cette année paraissait un peu étrange parce qu'aucune mauvaise nouvelle ne venait d'Indonésie. Il n'en est rien : les autorités sanitaires de ce pays viennent de reconnaître quatre décès dus à la maladie au cours des deux premiers mois de cette année.
28 février 2009. La compagnie Baxter vient de confirmer qu'elle a fait parvenir des échantillons de virus humain H3N2 contaminés avec du virus vivant de la grippe aviaire H5N1 envoyés d'une usine en Austriche à trois compagnies situées en Tchéquie, Slovénie et en Allemagne. C'est quand des chercheurs d'un laboratoire tchèque ont observé que des furets à qui l'on avait injecté le virus sont morts alors qu'ils auraient seulement dû être malades et avoir monté une réponse immune efficace que les chercheurs qui pensaient avoir injecté le virus H3N2, que le pot aux roses a été découvert. Il s'agit d'un incident très sérieux car on sait que le virus de la grippe peut non seulemnet muter, mais réassortir des éléments indépendants de son génome, constitué de plusieurs segments d'ARN indépendants. Il s'en suit que la contamination simultanée d'une cellule par des virus differents est considérée comme une source plausible des souches à l'origine des pandémies.
19 février 2009. La croyance populaire que ce qui est naturel est moins dangereux que l'artificiel (illustrée par la réticence devant les plantes génétiquement modifiées, mais pas les animaux) est à la base de l'idée de la thérapie cellulaire avec des cellules souches. Pourtant, presque par définition, les cellules souches sont à l'origine du cancer. Cela vient malheureusement d'être rapportéi dans un travail qui montre l'apparition d'une tumeur provoquée par les cellules souches neuronales implantées dans le cerveau d'un patient en guise de thérapie.
11 février 2009. La Chine surveille avec soin la mortalité des porcs (qui pourraient être un intermédiaire dans la propagation à l'Homme de la grippe aviaire). Plus de 1000 porcelets sont morts dans la province du Shanxi, selon l'agence Xinhua, mais la cause de cette mortalité n'est pas encore connue.
7 février 2009. Le Libéria a récemment été envahi par d'énormes masses de chenilles dévastant toutes les cultures sur leur passage. Une interprétation populaire a été de penser que ces larves d'insectes sont de classiques chenilles processionnaires, connues pour leurs ravages, dans le monde entier. Mais Georg Goergen — entomologiste à l'Insitut International d'Agriculture Tropical au Bénin — les a identifiées comme des chenilles arboricoles d'une autre phalène, Achae catocaloides rena. Si cela se confirme il faudra comprendre comment ces insectes ont changé de niche écologique.
3 février 2009. Plusieurs foyers de grippe aviaire se développent en Chine, et une proportion élevée d'oiseaux morts découverts sur les rivages de Hong Kong sont infectés par le virus H5N1. Cette situation demande à être surveillée avec la plus grande attention, car elle pourrait indiquer un développement inhabituel de la maladie en Chine.
29 janvier 2009. Deux rapport européens sur l'effort de recherche en Europe, montrent que cet ensemble reste largement derrière le Japon et les Etats-Unis. L'effort de la Chine en termes de R & D par rapport à son PIB va bientôt rejoindre le niveau Européen. La France, l'Italie, la Grande Bretagne et l'Allemagne, qui dominent le paysage en Europe restent néanmoins très en deçà de ce qui permettrait de maintenir une économie innovante, ce qui aura des conséquences graves à moyen et long terme. Le virus Ebola Reston du porc vient de contaminer un homme aux Phlippines. C'est très préoccupant, car comme dans le cas de la grippe aviaire on peut penser que le porc est un intermédiaire idéal pour l'adaptation d'un virus à son nouvel hôte humain.
27 janvier 2009. Un dangereux épisode de dengue affecte le nord du Queensland en Australie. La Chine est victime de plusieurs foyers de grippe aviaire et l'on déplore déjà cinq décès, plus que dans l'année 2008 toute entière. La maladie est aussi présente en Egypte, au Bengaldesh et au Vietnam.
22 janvier 2009. La grippe aviaire se répand dans le monde d'une façon très différente de celle de l'an dernier, et la Chine est affectée de façon significative. L'épidémie de choléra, loin d'être sous contrôle au Zimbabwe se répand désormais dans les campagnes, ce qui rendra très difficile le retour à une situation normale. Près de 3 000 personnes en sont déjà mortes.
20 janvier 2009. L'Algérie avait subi une petite résurgence de la peste en 2003, montrant que ce que décrivait Albert Camus reste d'actualité. Il semble qu'une véritable épidémie se développe dans la région de Tizi Ouzou, peut-être au sein d'un groupe terroriste opérant dans la région.
15 janvier 2009. La Biologie Synthétique est à la mode et le mot se répand comme le feu. Il décrit de nouvelles approches dans des tentatives intéressantes pour reconstruire la vie. Comme toujours, associés à une base solide on y trouve toutes sortes de prétentions aussi insensées que destinées à résoudre tous les problèmes de l'humanité, mais certains sont en effet en passe de l'être. Victor de Lorenzo et ses collègues à Madrid, par exemple, viennent de publier un article : Tracing explosives in soil with transcriptional regulators of Pseudomonas putida evolved for responding to nitrotoluenes, où ils montrent comment il serait possible de construire des microbes capables de détecter des explosifs, et d'aider à décontaminer les champs de mines... Si cette approche peut être menée jusqu'à son terme, elle montrerait que l'Homme est aussi capable d'aller contre ses tendances les plus destructrices...
14 janvier 2009. D'une façon inhabituellement ouverte le Chinese Center for Disease Control and Prevention nous apprend que 1,200 Chinois sont morts de maladies infectieuses en décembre (souvenons nous qu'il faut rapporter ce chiffre à une population de 1,3 milliards d'individus). La grippe H5N1 vient de tuer un patient en Chine, et un enfant est infecté en Egypte. Un grand nombre des lieux désormais "traditionnels" où la maladie se développe constatent en ce moment une recrudescence des infections d'oiseaux, essentiellement volaille.
31 décembre 2008. L'année 2008 se termine avec une situation d'infection par le virus H5N1 de la grippe aviaire semblable à celle de 2004, l'Indonésie jouant le rôle de zone importante de contamination humaine. Un bébé de deux mois de Shenzhen vient d'être contaminé par la forme H9N2, ce qui est rare chez l'Homme. Seuls quelques cas, heureusement modérément pathogènes ont été découverts ces dernières années, dans la même région. Toutes semblaient indiquer un réassort du génome fragmenté du virus, entre des virus aviaires d'origine différente (cailles et canards probablement). Comme cela indique un processus évolutif actif la situation demande à être suivie avec le plus grand soin.
30 décembre 2008. Le Zimbabwe se résout à faire appel à des médecins du Bangladesh pour tenter d'enrayer l'épidémie de choléra qui a dû atteindre au moins 30 000 personnes.
29 décembre 2008. Nous le suspectons depuis longtemps : les matières plastiques qui nous entourent ne sont pas inoffensives. De fait nous vivons dans un océan de produits chimiques associés aux plastiques, et beaucoup fuient de leur support et contaminent lourdement notre environnement, notre nourriture en particulier. Ces molécules interfèrent avec nos enzymes, avec les médicaments, et avec les intermédiaires chimiques habituels de notre vie (en particulier nos hormones et les molécules de notre cerveau ou de notre système immunitaire). les conséquences de cet état de fait sont certainement considérables, et bien mal comprises. Elles jouent un rôle important dans les essais cliniques qui testent les nouveaux médicaments. Une publication récente du magazine Science devrait sonner l'alarme, mais comprendrons-nous à temps ?
16 décembre 2008. L'année 2008 se termine sur une situation semblale à celle du niveau de 2004 pour la grippe du poulet. C'est une bonne nouvelle mais deux cas récents de transmission mortelle à l'Homme démontrent qu'on est loin de pouvoir considérer la situation sous contrôle. Le Cambodge, le Bangladesh, l'Indonesie et Hong Kong ont été récemment réinfectés. L'abattage systématique de la volaille est en cours pour tenter d'enrayer l'épidémie. La situation du choléra au Zimbabwe est très sérieuse mais impossible à connaître avec précision. L'épidémie commence à se répandre dans les zones frontalière. Cependant l'OMS se dit en situation de prévenir l'extension de la maladie. Il y a quelque temps une épidémie de fièvre hémorrhagique due au virus Ebola du sous-type Reston est apparue dans l'île de Luzon aux Philippines. La peur déclenchée par cet événement vient de conduire à l'arrêt de l'exportation de viande de porc vers Singapour.
2 décembre 2008. Dans l'espoir d'arrêter la propagation de l'épidémie de choléra, l'alimentation en eau a été coupée dans le centre d'Harare, au Zimbabwe. La situation de la grippe aviaire s'est améliorée dans le monde, revenant à celle d'il y a cinq ans. Cependant deux épisodes très récents au Bangladesh et en Inde ou plusieurs milliers de poulets ont été abattus, montre qu'il ne faut pas baisser la garde.
23 novembre 2008.Le libre marché mondial crée une nouvelle forme de colonisation: les compagnies, et même les pays peuvent louer ou acheter des terres où ils vont développer leurs activités propres, en particulier en multipliant les cultures de rente, et en exploitant les ressources en eau. Le choléra est en train de se répandre dangereusement au Zimbabwe.
18 novembre 2008. Le choléra menace de prendre des proportions épidémiques dans les zones de combat au Congo, et il se développe gravement à Hararé au Zimbabwé.
17 novembre 2008. Nous pensons souvent que le papier est bien plus "écologique" que les dérivés du pétrole. Malheureusement, dans l'état actuel de nos technologies et de la façon dont nous l'utilisons, ce n'est sans doute pas vrai. Indeed, La fabrication du papier dans le monde entier émet beaucoup plus de gaz carbonique que l'ensemble de l'aviation... D'une façon générale il faut faire le bilan carbone de toutes nos productions : même se chauffer au bois suppose qu'on l'a coupé, et qu'on l'a transporté.
16 novembre 2008. Le nombre des espèces d'insectes diminue rapidement en Europe. Il est désormais de plus en plus difficile de voir voler des papillons qui étaient très comuns naguère, et cela va avori d'énormes conséquences non seulement sur nos paysages, déjà bien dégradés, mais aussi sur l'agriculture. La plupart des citadins sont totalement imperméables à ce fait, car ils n'ont jamais vu de papillons dans la nature, et il est donc peu probable que de grands efforts soient faits pour protéger les insectes.
9 novembre 2008. Le programme Science et Societé de l'EMBO (European Molecular Biology Organisation) vient d'accueillir une conférence sur la Biologie des Systèmes et la Biologie Synthétique, où les questions scientifiques ont été débattues en parallèle avec les questions de société associées. Parmi les conférences les plus remarquables de cette réunion, Lee Hood, le directeur de l'Institute for Systems Biology à Seattle a présenté les premiers succès de la Biologie des Systèmes. Il a aussi révélé la construction d'un institut apparenté à Luxembourg.
29 octobre 2008. Une cinquième victime d'une infection causée par un mystérieux virus en Afrique du Sud vient dêtre idéntifiée. es premières analyses suggèrent qu'il pourrait s'agir d'un arénavirus.
8 octobre 2008. Plus d'une centaine de personnes qui ont été en contact avec trois patients morts d'une fièvre hémorragique virale inconnue sont en observation à Johannesburg. Toutes se portent bien jusqu'à présent. La saison de la grippe approche. Les souches de virus pour le vaccin trivalent recommendé par l'OMS portent les antigènes de type A/Brisbane/59/2007 (H1N1), A/Brisbane/10/2007 (H3N2), and B/Florida/4/2006. Luc Montagnier qui se trouvait à Abidjan pour l'inauguration de la conférence «Cissida 08», «un quart de siècle de recherches sur le Vih/Sida : leçons et défis» a été félicité par le Président  Gbagbo: «Vous voyez que la Côte d'Ivoire est une terre de chance. Il a fallu que vous veniez ici, chercher votre prix Nobel. Dites-le partout. Que ceux qui ont quelque espoir et qui travaillent beaucoup dans le domaine de la recherche, viennent nous rendre visite. Car la route du bonheur passe toujours par l'Afrique et singulièrement par la Côte d'Ivoire. Merci pour le travail que vous faites pour le monde».
1 octobre 2008. La lèpre refait surface au Sénégal. Plus de 50 cas ont été répertoriés dont 30 dans la région de Kaolack.

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