Cette page compile des documents que j'ai créés dans le cadre de différents cours et séminaires. Vous pouvez partager et réutiliser ces contenus sans limite en me créditant comme auteur (i.e. licence CC-BY).

Statistiques pour les essais cliniques

2022 - .

Mon travail de biostatisticien au sein du CHUGA (Centre Hospitalo-Universitaire Grenoble-Alpes) consiste à la fois à analyser des données issues d'essais cliniques, ainsi qu'à conseiller et enseigner les statistiques auprès de (futurs) professionnels de la santé : principalement internes et externes en médecine et pharmacie. C'est dans cette idée qu'ont été conçus les documents partagés ci-après, qui explorent des questions statistiques classiques pour les essais cliniques. L'angle se veut relativement peu formel, et les explications reposent plus sur l'intuition qu'on peut se faire autour de simulations. Le langage de programmation R est utilisé dans la majorité de ces documents.

• Analyses de survie avec événements compétitifs. CHUGA, Mars 2025.
• Analyses de survie et le jeu de donné associé pour des étudiants de Master. CHUGA, Mars 2025.
• Bases de statistiques Bayesiennes pour les essais cliniques et la présentation associée. CHUGA, Avril 2024.
• Analyse d'un test diagnostic : sensibilité, spécificité, ROC ? CHUGA, Juillet 2023.
• Risk-Ratio (RR) et Odds-Ratio (OR) : quelle utilisation ? CHUGA, Juin 2023.
• Analyse de données binaires : proportions, test de Fisher, test du chi2 et régression logistique avec son jeu de données. CHUGA, Avril 2023.
• Analyse de données continues : T test, ANOVA, régression linéaire avec son jeu de données. CHUGA, Février 2023.
• Le test du chi2, couteau suisse du statisticien. CHUGA, Février 2023.
• Rôle des statistiques pour les essais cliniques : description, estimation, tests. CHUGA, Décembre 2022.

LM, LMM, GLM, GLMM : formation auprès de chercheurs à Avignon

2024

J'ai utilisé le contenu suivant pour une formation de 2 jours à l'Université d'Avignon, auprès d'enseignants chercheurs expérimentalistes du LAPEC. Le but était d'exposer les concepts centraux des modèles linéaires, modèles mixtes et modèles linéaires généralisés, puis d'apprendre à les mettre en application, chacun sur son ordinateur, grâce à des jeux de données simulés. Le langage de programmation R est utilisé dans mes documents, mais les participants à la formation utilisaient au choix Jamovi, Jasp ou parfois SPSS selon ce à quoi ils étaient le plus habitués.

• Le programme de la formation.
• Fondamentaux de statistiques appliquées.
• Un premier jeu de données et un second jeu de données utilisés pour s'entraîner. Simulés à partir de ce notebook.
• Analyse de données continues et le notebook associé.
• Analyse de données binaires et le notebook associé.
• Analyse de données de comptage et le notebook associé.
• Analyse de données répétées et le notebook associé.

Programmation et analyse de données à l'ESTIAM Lyon

2022 - 2024

Les contenus qui suivent ont été préparés pour des cours assurés dans une école d'ingénieur Lyonnaise, l'ESTIAM Lyon. Les étudiants qui les suivent ont un background assez minimaliste en maths, et sont plus intéressés par les applications des outils apportés sur des jeux de données.

Cours et séminaires de recherche

2014 - 2021

Mon activité de chercheur m'a permis d'intervenir pour différents cours ponctuels sur des sujets liés à la modélisation en biologie évolutive. Je compile ici un certain nombre de documents et présentations qui peuvent servir de reservoir de schémas et slides pour des cours futurs.

• Journal club sur l'algorithme de Gusfield (1991) à l'ETH Zürich en 2021.
• Présentation sur l'utilisation d'un modèle à infinité d'allèles en phylodynamique présenté à l'ETH Zürich en 2021.
• Une série de trois documents traitant de la notion de famille exponentielle et de son utilisation en phylogénétique: un poly résumé et la présentation associée, ainsi que la présentation d'un papier de recherche de Nicolas Lartillot utilisant ces notions. Ces trois document ont été présentés à l'ETH Zürich en 2020.
• Présentation sur l'inférence de la démographie en phylodynamique sous un modèle de naissance-mort, présenté à l'ETH Zürich en 2020.
• Ma thèse ainsi que la présentation en français préparée pour la soutenance au Collège de France en 2018. Une version anglaise (légèrement différente) a été créée pour l'ETH Zürich, en 2018.
• Présentation sur les modèles d'horloges relâchées en phylogénétique présentée au Collège de France en 2017.
• Poster sur un modèle d'horloge moléculaire relâché présenté à la conférence MCEB (Mathematical and COmputational Evolutionary Biology) en 2017.
• Cours sur les modèles d'évolution de traits à destination des étudiants de Master de l'ENS, en 2017.
• Présentation sur l'évolution de traits continus pour des espèces en intéractions présenté en 2016 à la conférence des jeunes doctorants Muséum d'Histoire Naturelle de Paris.
• Poster sur le concept d'espèce en modélisation présenté à la conférence MMEE (Mathematical Models in Ecology and Evolution) en 2015.
• Journal club sur la délimitation d'espèces à partir de données génétiques au Collège de France en 2015.
• Présentation sur la modélisation individus-centrée en écologie/évolution présentée aux étudiants de Master à l'Ecole Polytechnique en 2015.
• Introduction à la combinatoire sur des arbres discrets en phylogénétique pour le GT (Groupe de Travail) Maths-Bio à l'ENS en 2015.

Mathématiques et statistiques pour biologistes (L3)

Université Pierre et Marie Curie, 2015 - 2018

J'ai participé pendant ma thèse, avec un statut de "moniteur", aux enseignements en mathématiques et statistiques à destination de la L3 de Biologie de l'UPMC. Le programme est extrêmement ambitieux pour des étudiants qui n'ont fait que très peu de mathématiques en post-bac et n'en ont pas forcément développé le goût. Les deux documents suivants ont été développés pour faciliter l'apprentissage.

• une fiche résumé des notions à connaître, comprendre, et savoir utiliser dans le cadre de cette UE.
• un formulaire pour la partie "statistiques" de l'UE.

Informatique BCPST

Lycée Henri 4, 2014 - 2015

Les classes préparatoires BCPST ont de l'informatique au programme de première et deuxième année. Le programme comprend une introduction de base à la programmation (variables, expressions, conditions, boucles) et à la réflexion algorithmique (algorithmes de tri de liste, exploration de graphe, ...). En première année, les TDs permettent de pratiquer sur machine à résoudre des problèmes de programmation, à l'aide du langage Python.
Ce formulaire à destination des élèves permet un accès rapide (A4 recto-verso) aux commandes de base.

En deuxième année, les élèves doivent préparer sur les heures de TD deux projets qu'ils présenteront au jury du concours. C'est l'occasion rêvée de combiner biologie et informatique/modélisation !
Ce document recense des idées de projets à proposer aux élèves d'Henri 4 en 2014-2015:

• Evolution de fréquences alléliques dans une population
• Alignement de 2 séquences génétiques
• Modèles à compartiments en épigémiologie: approche par système dynamique ou modèle stochastique
• Délimitation d'objets sur une image
• Propagation d'une épidémie par percolation dans une matrice
• Relations de parenté dans un modèle de Wright-Fisher