Thématiques de recherche

Je suis globalement intéressé par la modélisation probabiliste et les méthodes statistiques permettant d'analyser des données biologiques.

Modélisation pour la biologie évolutive

Les dynamiques de populations de pathogènes, d'individus, ou d'espèces s'accompagnent de l'évolution de divers caractères héritables: des mutations s'accumulent dans les séquences génétiques, et des traits liés à la morphologie ou au comportement peuvent changer au cours du temps. Tous ces traits peuvent être mesurés et analysés par des chercheurs, et constituent autant d'indices permettant de reconstruire le film de l'évolution biologique.

Ces processus évolutifs peuvent avoir lieu sur des échelles de temps très différentes. On parle de macroévolution pour désigner l'étude de l'évolution sur des échelles temporelles assez larges pour voir l'émergence et l'extinction d'espèces. Dans ce contexte, la morphologie des espèces fossiles et actuelles, ainsi que les séquences génétiques des espèces contemporaines, constituent les données qui nous permettent de reconstruire des phylogénies -- ou arbres de relations de parenté entre espèces. A l'autre extrême, sur l'échelle de temps beaucoup plus rapide d'une épidémie, des individus infectés par un pathogène peuvent être échantillonnés, leurs symptômes sont mesurés, et leurs pathogènes peuvent être séquencés. Ces séquences génétiques peuvent alors être utilisées pour reconstruire l'arbre des infections, et étudier la façon dont l'épidémie s'est propagée dans la population.

J'ai travaillé en particulier à l'interface entre trois grandes catégories de modèles : (i) des modèles de diversification: décrivant les événements successifs de naissance et mort d'individus au cours du temps, et dont découlent la dynamique d'une population ainsi que les arbres phylogénétiques. (ii) des modèles d'évolution de traits continus: décrivant l'évolution d'un trait quantitatif continu -- tel que la masse, le volume crânial, la charge virale -- au cours du temps et le long d'une phylogénie. (iii) des modèles d'évolution moléculaire: décrivant l'évolution de séquences moléculaires (le plus souvent, de l'ADN) au cours du temps et le long d'une phylogénie.

Modélisation pour la Santé

J'ai entamé ma transition vers le secteur de la santé à l'occasion de mon post-doc dans l'équipe de Tanja Stadler, au cours duquel j'ai travaillé sur des modèles de diversification pour être appliqués à l'épidémiologie des maladies infectieuses. Je suis à présent statisticien au CHU Grenoble-Alpes, où j'ai appris à utiliser et appliquer des modèles et méthodes statistiques beaucoup plus classiques sur des jeux de données issus de cohortes observationnelles ou d'essais cliniques.

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