guepe
Maintenant, ce que je veux, ce sont des Faits. N'enseignez à ces garçons et à ces filles rien que des Faits. Dans la vie on n'a besoin que de Faits. Ne plantez rien d'autre et arrachez tout le reste. Vous ne pouvez façonner l'esprit d'animaux doués de raison qu'avec des Faits : rien d'autre ne leur sera jamais d'aucune utilité. C'est avec ce principe que j'élève mes propres enfants et avec ce principe que j'élève ces enfants-ci. Collez aux Faits, Monsieur.

Temps difficiles
Charles Dickens


Thèmes développés

Petit glossaire de génomique

(Extrait en partie de La barque de Delphes)

Note : les mots en italiques sont retrouvés comme entrées du glossaire. Certains sont aussi discutés dans notre Foire Aux Questions.

Acide aminé
Maillon de base des protéines. Vingt acides aminés suffisent à produire toutes les protéines des organismes vivants. Ils sont représentés par les lettres de l'alphabet, sauf B, J, O, U, X et Z. Les aminoacides portent à la fois un groupe chimique amino et un groupe carboxyle. Ces groupes peuvent réagir ensemble, formant une liaison covalente après avoir éliminé une molécule d'eau. Ceci permet la formation d'une chaîne d'acides aminés, appelée polypeptide (oligopeptide lorsqu'il est court, c'est-à-dire plus court qu'environ vingt résidus). Il y a quelques exceptions à cette universalité, et la proline est un iminoacide plutôt qu'un acide aminé.

ADN
Suite de désoxyribonucléotides (cf nucléotide) formant les chromosomes. La chaîne est constituée par un groupe phosphate (un atome de phosphore au centre d'un tétraèdre de quatre atomes d'oxygène) formant une liaison appelée phosphodiester (— C—O—(O)P(O)—O—C—) entre les désoxyriboses de deux nucléotides successifs. L'arsenic ne peut pas remplacer le phosphate dans cette chaîne. Cette suite, ou séquence, peut-être identifiée au moyen de méthodes physico-chimiques en constant développement

ARN
L'ARN ou acide ribonucléique est une macromolécule faite d'un enchaînement de nucléotides. Comme dans l'ADN, les nucléotides sont constitués d'un groupe phosphate, d'un sucre et d'une base, reliés entre eux par des liaisons phosphodiester, mais dans l'ARN, le sucre est un ribose et les bases sont A, C, G et U.

Il y a différents types d'ARN :

Les molécules d'ARN ont parfois une activité catalytique comme celle des enzymes protéiques. Dans ce cas, ils sont appelés ribozymes.

Les virus peuvent avoir un génome entièrement constitué d'ARN

Algorithme
Description d'une méthode permettant derésoudre un problème en termes d'opérations élémentaires et précises. Lorsqu'il est exprimé dans une langue particulière, l'algorithme s'appelle un programme. Les processus cellulaires pour faire des macromolécules sont algorithmiques sous la forme “Begin, Do: [if Condition puis Action, examen de Points de Contrôle, Repeat], End”

Allèle
Exemplaire particulier d'un gène, présent dans une partie d'une population d'individus d'une même espèce. Beaucoup des allèles d'un gène donné sont fonctionnellement équivalents à un moment de l'histoire de l'organisme (et donc invisibles, sauf au moment du séquençage du gène). Cependant le devenir des différents allèles, même isofonctionnels, n'est pas le même, car les contraintes sur la molécule d'ADN elle-même dépendent de sa séquence.

Archébactérie (ou archéobactérie, domaine Archaea)
Classe d'organismes procaryotes, vivant en général dans des milieux extrêmes, et dont la parenté physico-chimique et génétique avec les eubactéries (Bactéries, domaine Bacteria) est très faible. C'est cet éloignement, ainsi que certains éléments de la structure de leur membrane, qui les définit comme une classe à part, l'un des trois grands règnes du vivant. Les archébactéries font partie du domaine des Archées (Archaea).

ARN
Suite de ribonucléotides enchaînés par une liaison phosphodiester (— C—O—(O)P(O)—O—C—) formant les molécules transcrites à partir de l'ADN, en particulier l'ARN messager qui permet de passer du texte d'un gène à la protéine qu'il spécifie. Plusieurs ARN de séquence spécifique (et apparentées d'un organisme à l'autre) forment le cœur des ribosomes. Les ARN de transfert, construits chacun autour d'un "anticodon" destiné à déchiffer les codons correspondants de l'ARN messager, sont chargés par un acide aminé spécifique de chacun de codons. Ce sont les adaptateurs qui établissent la correspondance entre la séquence de chaque ARN messager, et celle des acides aminés de la protéine qu'il spécifie selon la loi du Code Génétique.

Automate
Modèle abstrait de machines permettant d'effectuer des calculs à partir d'une entrée en parcourant une série d'états intermédiaires. Lorsqu'un automate voit un symbole en entrée, il passe à un autre état en fonction d'une instruction (donnée par une fonction de transition). L'ordinateur à programme stocké et la cellule vivante sont deux réalisations concrètes d'un automate

Bacteria
Un des trois domaines de la vie constitué de cellules habituellement dépourvues de noyau (c’est-à-dire où le ou les chromosomes sont libres dans le cytoplasme), avec une membrane avec des phospholipides standards et fréquemment une ou deux membranes entourant le cytoplasme et rigidifiées par un complexe d'acides aminés / sucres aminés formant un sacculus (muréine). A l'heure actuelle, les trois domaines de la vie sont définis par l'arbre phylogénétique de l'ARN constituant la petite sous-unité du ribosome, la nanomachine fabriquant les protéines, car cet arbre peut être divisé en trois ramifications majeures (Archaea, Bacteria et Eukarya). D'autres nanomachines ont évolué dans des arbres de structures différentes, suggérant qu'il n'y a pas d'ancêtre unique de la vie telle que nous la connaissons (contrairement à la vue "adamiste" commune )

Base
Elément chimique distinctif d'un nucléotide, formé d'un cycle aromatique de carbone et d'azote. On distingue cinq bases principales : A, G, C, T et U. Les trois premières sont communes à l'ADN et à l'ARN. T est spécifique de l'ADN et U de l'ARN. Dans l'ADN les bases sont regroupées par paires complémentaires, se faisant face dans la double hélice (A avec T, G avec C, C avec G, et T avec A). Comme les chromosomes sont formés d'une double hélice d'ADN on parlera souvent, en décrivant leur séquence, de paires de bases. On explique la présence de T dans l'ADN par le fait que le nucléotide C est instable, et se transforme spontanément en U par désamidation. Les mécanismes de correction des erreurs dans l'ADN ne pourraient pas reconnaître si un U en face d'un G provient d'une erreur (A transformé en G) ou d'une désamidation spontanée ou chimiquement induite (C transformé en U).

Cénome
Les gènes formant le génome d'un organisme peuvent être divisées en trois catégories. Le génome de base, ce qui permet la vie comme nous la connaissons, couplant reproduction de la machinerie cellulaire et réplication du programme génétique constitue un ensemble de gènes persistants qui, quand on analyse la façon dont ils sont répartis dans les génomes bactériens, sont compatibles avec un scénario intéressant de l'origine de la vie. Cet ensemble de gènes a été nommé le paléome. Il définit le système d'exploitation des cellules d'une espèce donnée. Un autre ensemble de gènes correspond à la vie en contexte (gestion des applications exécutées par le système d'exploitation, le paléome). Une fois identifiés dans les différentes souches d'une même espèce les gènes permettant la vie en contexte forment une catégorie particulière, appelée pour cette raison, le cénome (d'après biocénose, concept créé par Karl Möbius en 1877 pour exprimer ce que nous appelons aujourd'hui l'écosystème)

Chaperon moléculaire
Protéine auxiliaire d'une famille très variée dont les membres sont impliqués dans le repliement correct de la chaîne des acides aminés de la plupart des protéines.

Chloroplaste
Organite intracellulaire présent dans les feuilles des végétaux, et responsable de la fixation du gaz carbonique de l'air, via la production d'oxygène. Les chloroplastes dérivent de bactéries du type des algues bleues ou cyanobactéries, vivant en symbiose avec des cellules eucaryotes et qui ont dégénéré. Leur chromosome ne comprend plus qu'un nombre restreint de gènes.

Chromosome
Le noyau de la cellule (chez les eucaryotes) ou la cellule elle-même (chez les procaryotes) contient le matériel physique de l'hérédité, sous la forme d'un ou de plusieurs chromosomes. Comme leur nom grec l'indique (χρωμα, chroma, signifie "couleur"), ces structures peuvent être colorées pour les rendre visibles au microscope, et c'est ainsi qu'elles ont été découvertes bien avant que leur fonction ne soit comprise. Un chromosome est constitué d'une molécule d'ADN dont la séquence de bases constitue le génome de l'organisme. La très longue molécule d'ADN est repliée de manière compliquée et est associée à toutes sortes de protéines responsables de sa compaction, de sa réplication et de sa transcription.

Code génétique
Règle de correspondance entre un triplet de ribonucléotides, ou codon, et l'un des vingt acides aminés. De façon quasi-universelle, il y a 61 codons, pour vingt acides aminés (le code génétique est redondant, ou "dégénéré"). Trois triplets (UAA, UAG et UGA) signifient la fin de la traduction, et un triplet (AUG) indique son commencement. Une malheureuse et très mauvaise habitude fait parler de "code génétique" à la place du génome, ou du programme génétique d'une espèce ou d'un individu. Cela introduit une grande confusion et interdit de comprendre les mécanismes de l'hérédité.

Codon / Anticodon
Ensemble de trois nucléotides successifs. Les codons dans l'ARN messager sont lus en phase avec le codon de démarrage et sont reconnus par un triplet complémentaire de nucléotides (anticodon) d'un ARN de transfert, qui porte l'acide aminé spécifique de ce codon. Avec quatre nucléotides, les permutations de trois d'entre eux permet de former 64 codons. 61 codent des acides aminés spécifiques, en utilisant la règle du code génétique; le codon AUG code l'acide aminé méthionine et est aussi un signal indiquant le début de la traduction; et trois autres ((UAA, UAG et UGA) sont des codons "stop" (fin de traduction), sans acide aminé correspondant

Coenzyme
Petite molécule associée à une enzyme permettant de spécifier son rôle catalytique. Lorsque ces cofacteurs restent fixés à l'enzyme de façon irréversible on parle de groupements prosthétiques.

Correction de texte (kinetic proofreading)
Le bon fonctionnement de la synthèse protéique dépend de la capacité du ribosome à décoder l’ARN messager avec une grande fidélité. Lorsqu'un ribosome incorpore des acides aminés à la manière d'un cliquet pour constituer l'enchaînement polypeptidique, il sélectionne un acide aminé erroné une fois sur 10 000. Il atteint ce faible taux d'erreur grâce à des protéines spécifiques qui, agissant comme des démons de Maxwell, testent (relisent le texte) si l'acide aminé présenté au ribosome est le bon

Cytoplasme
Le milieu intérieur à la cellule. Son organisation est souvent très mal connue, surtout chez les bactéries

Enzyme
Une enzyme est un catalyseur spécifique à une réaction chimique particulière. Les molécules présentes dans les cellules peuvent réagir les unes avec les autres de différentes manières. Cependant, ces réactions ne surviennent généralement pas spontanément ou ne se produisent que très lentement en raison d'une contrainte chimique particulière: la nécessité de surmonter une barrière énergétique d'activation. Imaginez deux étangs, l'un plus haut que l'autre et séparés par un barrage. Pour que l'eau coule de l'un à l'autre, le niveau du barrage doit être abaissé. Le rôle d'une enzyme est à la fois d'abaisser la barrière d'énergie d'activation et d'aligner les molécules impliquées dans la réaction (les substrats) dans leurs positions correctes pour fabriquer les nouveaux produits concernés. Notez que les enzymes sont si spécifiques que deux substrats identiques peuvent donner des produits différents, en fonction de la nature de l'enzyme, car l'enzyme les aligne différemment les uns par rapport aux autres. Le nom de la plupart des enzymes se termine en -ase, (ex. ADN polymérase) mais certaines se terminent en -ine (par exemple, la subtilisine)

Enzyme de restriction
Enzyme qui coupe l'ADN à des sites spécifiques (séquences spécifiques de nucléotides) - par exemple l'enzyme EcoRI coupe après le G dans la séquence GAATTC. Ces enzymes sont utilisées dans la construction d'ADN recombinant. La carte de restriction d'un chromosome est une carte physique qui montre la position des sites reconnus par les enzymes de restriction. Lorsque plusieurs enzymes de restriction sont utilisées ensemble, la séparation des fragments résultants après restriction partielle peut permettre de reconstruire la carte d'un génome. Depuis que nous avons un accès direct à la séquence du génome, cette approche est devenue obsolète.

Eubactéries (Bactéries, domaine Bacteria)
Longtemps supposées se définir par l'absence de noyau, les eubactéries sont désormais un règne à part, comprenant la plupart des bactéries usuelles, qui se distingue aussi bien des archébactéries que des eucaryotes. Les eubactéries sont désormais appelées Bactéries (du domaine du même nom, Bacteria). On a longtemps pensé qu'une classe particulière de bactéries, les Planctomycètes, possède un noyau primitif. Il a été montré récemment qu'il n'en est rien, mais que la membrane cytoplasmique se replie en fait à l'intérieur de la cellule, formant en projection un semblant d'enveloppe nucléaire

Eucaryotes (domaine Eukarya)
Organisme vivant dont les cellules contiennent un noyau, et où sont donc physiquement séparés les processus de réplication de l'ADN, et de transcription de l'ARN, du processus de traduction de l'ARN en protéines. L'un des trois domaines du vivant (Archées, Bactéries et Eucaryotes). On a pensé pendant quelque temps que les bactéries de la famille des Planctomycetes possédaient un noyau primitif. C'est en fait une repliement compliqué de l'enveloppe bactérienne, qui, en projection, donne cette impression

Exon / Intron
Les gènes des eucaryotes contiennent des sections appelées exons et introns: les exons sont la partie de l'ADN exprimée sous forme d'une section de protéine; les introns sont des segments d'ADN qui interviennent entre les parties codantes. Les introns sont transcrits avec les exons mais sont ensuite retirés lors de la formation d'un ARN messager mature. Le rôle des introns n'est pas bien compris, mais ils ne sont certainement pas des "déchets". Ils ont certainement un rôle régulateur, un rôle dans la précision du processus de réplication de l'ADN et peuvent jouer le rôle de minuteries ou d'espaceurs

Gène
Le gène est l'atome fonctionnel de l'hérédité. Il définit un produit (ARN ou protéine) et des éléments de contrôle, de chronologie et d'architecture des chromosomes (nécessaire à la synthèse organisée de son ou de ses produits). La définition du gène a beaucoup varié au cours de l'histoire (la définition initiale due aux travaux de Mendel était opérationnelle, elle ne faisait pas référence à une structure physique). Il est souvent facile de définir la partie codante d'un gène (c'est la portion du chromosome qui code son produit, une protéine le plus souvent). Il est beaucoup plus difficile d'en définir les bords. Il s'ensuit de nombreuses discussions, souvent animées ou même violentes. Il ne s'agit pas simplement de querelles d'experts, mais d'un problème crucial, si l'on veut mettre en œuvre efficacement des bases de données gérant les connaissances biologiques (il faut être précis pour pouvoir manipuler des concepts à l'ordinateur)

Génome
L'ensemble des gènes d'un organisme au sens physique de son ADN

Génotype
L'ensemble des gènes d'un organisme par opposition à la façon dont il s'exprime dans un individu, son phénotype

Machine à états
Il existe une hiérarchie complète décrivant les machines à états. La plus simple est une machine à états finis ou automate fini. Elle possède un nombre fini d'états avec un état initial et des transitions déclenchées par des conditions (entrées). Outre les états reflétant sa situation actuelle, un automate fini ne dispose d'aucun mécanisme pour se souvenir des opérations passées. En remontant l’échelle de la hiérarchie, des machines à états plus sophistiquées sont construites avec des moyens de stockage (mémoirisation) de plus en plus développés. La machine de Turing représente le niveau hiérarchique le plus élevé et n'a plus aucune restriction quant au nombre d'états. Les informations traitées par un automate fini résident dans ses états et ses entrées. Dans le cas d'une machine de Turing, les informations sont aussi stockées sous forme de symboles sur la bande lue et modifiée par la machine

Machine de Turing
Machine abstraite comportant une tête de lecture virtuelle capable de lire et écrire des symboles structurés en mots (séquences) à partir d'une bande infinie, en se concentrant sur un symbole à la fois. Un ribosome traduisant les informations d'un ARN messager en une protéine peut être décrit comme une machine de Turing, avec une similitude physique frappante

Membrane
Structure formée d'une double couche de molécules dissymétriques (des lipides — hydrophobes — associés à une tête hydrophile) et de protéines, et qui sépare les différents compartiments de la cellule. La membrane cytoplasmique sépare l'intérieur de l'extérieur de la cellule. Elle peut être incluse dans une enveloppe plus complexe, où s'associent par exemple des structures permettant de donner une forme rigide à la cellule (en bâtonnet dans les bacilles par exemple).

Métabolisme
Somme temporelle de tous les changements physico-chimiques qui se déroulent dans un organisme vivant. La plupart des réactions impliquées sont le fruit de l'action d'enzymes. La mort arrête le métabolisme. Il existe un état intermédiaire, qu'on peut appeler dormance, où l'organisme suspend son activité vitale. Il ne peut alors être défini comme vivant que lorsqu'elle reprend.

Microbiote
Les plantes et les animaux établissent des interactions structurées avec des communautés dynamiques de virus, de bactéries et de champignons, collectivement nommées flore microbienne ou microbiote. Cette relation symbiotique varie du commensal au mutualiste ou au pathogène, en fonction de la composition du microbiote ou du statut immunitaire de l'hôte. Chez les plantes le microbiote forme des interactions d'épiphytes (sur la surface de la plante entière) ou d'endophytes (au sein de la plante). La même situation existe chez les animaux, où certains membres du microbiote forment des associations endosymbiotiques

Mitochondrie
Organite intracellulaire présent dans la majorité des cellules eucaryotes, et responsable de la gestion de l'énergie, via l'utilisation de l'oxygène. Les mitochondries sont des bactéries symbiotiques qui ont dégénéré (Paul Portier, Les Symbiotes, 1918), et ne comprennent plus qu'un génome restreint à un petit nombre de gènes. Les autres ont été transférés dans le noyau au cours de l'évolution. Leur fonction essentielle, en fait, n’est pas la gestion de l’énergie mais la synthèse de groupements prosthétiques fer-soufre, indispensables à la catalyse de nombreuses enzymes

Noyau
Structure formée d'une enveloppe complexe qui retient les chromosomes chez une partie des organismes vivants, les eucaryotes. Notons qu'une famille particulière de Bactéries, les Planctomycetes ont un noyau primitif

Nucléotide
Composant élémentaire des acides nucléiques, formé d'un sucre à cinq atomes de carbone (ribose pour l'ARN et désoxyribose pour l'ADN), d'un cycle composé de carbone et d'azote (encore appelé base) et d'un à trois groupements phosphate. Le nombre de ces groupement définit la richesse en énergie du nucléotide. Il y a quatre désoxyribonuléotides, notés dA, dG, dC, dT et quatre ribonucléotides notés rA, rG, rC et rU. On omet "d" et "r" quand il n'y a pas d'ambiguïté (le plus souvent). Un suite de quelques nucléotides est appelée un oligonucléotide. Une longue suite un polynucléotide. Une question centrale de l'origine de la vie est celle posée par l'énigme de l'orgine des nucléotides

Opéron
Chez les procaryotes, la transcription peut conduire à la synthèse d'un ARN messager codant plusieurs protéines, et pas seulement une seule comme c'est presque toujours le cas chez les eucaryotes. Une unité de transcription de ce type, avec son système de régulation, s'appelle un opéron

Organite
Les cellules eucaryotes contiennent des organites, structures visibles au microscope optique et généralement faciles à isoler à l'aide de moyens physico-chimiques appropriés (en particulier la centrifugation). Les plus importants sont le noyau (qui contient les chromosomes), les mitochondries (qui contiennent un chromosome dont le génome ne code que quelques gènes) et, dans les cellules végétales, les chloroplastes (qui contiennent également un chromosome). Il existe de nombreux autres types d'organites plus variés, dont les fonctions sont moins universelles. Les ribosomes, très petits organites constitués d'ARN et de protéines, et qui sont le site de la traduction, sont reconnus depuis longtemps dans toutes les cellules, pas seulement les eucaryotes. Les ribosomes sont principalement visibles en microscopie électronique, car ils ont un diamètre d'environ 20 nm (20 millionièmes de millimètre)

Paléome
Comme les fonctions ubiquistes ne sont pas nécessairement le résultat de structures semblables, il n'y a pas de gène ubiquiste. Pourtant, quand un gène code une fonction qui doit être présente partout, il a tendance à être conservé dans la descendance de l'organisme qui l'abrite. Cela signifie que certains gènes ont tendance à persister dans un grand nombre de génomes. L'analyse de la persistance des gènes a permis d'identifier deux grandes classes. Des gènes qui ne peuvent pas être inactivés sans perte immédiate de la capacité de propager la vie (ce qui correspond à la plupart des gènes de la machinerie de transcription / traduction / réplication) et des gènes qui semblent être facultatifs, au moins durant plusieurs générations. La classe des gènes persistants peut être organisée en un réseau qui récapitule les caractéristiques générales d'un scénario de l'origine de la vie fondé sur un métabolism à la surface de minéraux. Il a été nommé paléome souligner cette observation

Phénotype
La manifestation explicite d'un génotype, dans un individu donné. Le phénotype résulte du concours de tous les gènes de l'individu. Il faut donc se garder, comme on le fait malheureusement trop souvent, d'identifier le génotype au travers du phénotype, ou encore de prédire le phénotype à partir de la connaissance explicite d'un seul gène. Dans certains environnements il arrive que le phénotype particulier associé à un programme génétique donné ressemble à s'y méprendre à un phénotype correspondant à un autre génome, une "phénocopie" en quelque sorte. Cette absence de correspondance biunivoque génotype / phénotype est la source de la plupart des confusions à propos de l'hérédité

Prion
Les maladies de la famille des encéphalopathies spongiformes (« maladie de la vache folle », par exemple) semblent être causées par un agent infectieux « non conventionnel », une protéine appelée prion. Tous les mammifères, et même des cellules beaucoup plus simples telles que la levure de bière, possèdent une protéine appelée PrP (protéine du prion). Il en existe deux formes, la forme non pathogène habituelle et une forme anormale (le prion lui-même), qui a une forme différente et qui s'aggrège facilement, formant des plaques qui détruisent les cellules nerveuses. Cette forme anormale déclenche la conversion de la forme normale de la protéine PrP en sa forme pathogène. Bien que le mécanisme des derniers stades de la maladie semble bien compris, le mécanisme de la contagion n’est pas clairement établi

Procaryote
Organisme vivant dépourvu de noyau. Réplication, transcription et traduction se déroulent dans le même compartiment cellulaire. Notons qu'une famille particulière de Bactéries, les Planctomycetes ont un noyau primitif

Protéine
Enchaînement d'acides aminés, par élimination d'une molécule d'eau entre le résidu carboxylate (—COO-) et le résidu amino (—NH3+) de chaque acide aminé, replié dans l'espace. Un courte suite d'acides aminés ainsi enchaînés s'appelle un peptide. Un polypeptide est une suite longue d'acides aminés. On peut distinguer plusieurs niveaux d’architecture protéique. Les acides aminés formant la chaîne polypeptidique constituent sa structure primaire. Cette chaîne se replie alors, produisant un petit nombre d'éléments de base différents: hélices, feuilles et spires. C'est la structure secondaire de la protéine. Ces éléments se combinent pour former une conformation tridimensionnelle, la structure tertiaire. Par exemple, la protéine prion a deux structures tertiaires différentes, avec des hélices et des feuilles différentes, dont l'une est normale et fonctionnelle, l'autre toxique. Les protéines forment souvent des complexes fonctionnels constitués de plusieurs chaînes polypeptidiques individuelles, et le terme structure quaternaire décrit la forme spatiale de ces structures composées de plusieurs chaînes. Les protéines remplissent de nombreuses fonctions. En tant qu'enzymes, elles sont avant tout des catalyseurs du métabolisme des petites molécules et de celles impliquées dans la réplication, la transcription et la traduction. Ils sont aussi responsables du transport des métabolites. Bien sûr, en raison de leur forme, elles jouent un rôle architectural essentiel, comme on peut le voir avec les protéines de soie, celles des cheveux et des ongles. Elles jouent encore un rôle crucial en tant qu'éléments de contrôle : ce sont normalement les protéines qui déterminent si un certain gène doit être transcrit et quand. Presque toutes les fonctions d'un organisme sont donc fondées sur les protéines

Réplication
Duplication de la molécule d'ADN des chromosomes, par application de la règle de correspondance A->T C->G G->C et T->A entre les quatre nucléotides qui se font face dans les hélices complémentaires formant le chromosome.

Réticulum endoplasmique
Réseau membranaire du cytoplasme de la cellule eucaryote, généralement associé aux ribosomes en cours de traduction.

Ribosome
Organite cytoplasmique (ou présent dans les mitocondries et les chloroplastes) formé des plusieurs ARN, et d'une cinquantaine de protéines, et servant de filière pour l'ARN messager matrice de la synthèse des protéines.

Traduction
Réécriture d'un ARN messager sous la forme d'une suite d'acides aminés, les triplets successifs de l'ARN messager, ou codons, à partir d'un triplet de démarrage (le plus souvent AUG) étant mis en correspondance avec l'un des vingt acides aminés, selon la règle du code génétique.

Transcription
Réécriture d'une portion de l'ADN des chromosomes en ARN faisant correspondre les quatre désoxyribonucléotides aux quatre ribonucléotides.

Transplantation (d'un génome)
Approche expérimentale où un nouveau programme génétique synthétique remplace entièrement le programme génétique d'une cellule bactérienne. Le fait que les cellules expriment facilement le nouveau chromosome, dans le cas des bactéries du genre Mycoplasma, montre que le programme génétique est séparé de la machine cellulaire, comme dans un ordinateur. On a là par conséquent une preuve supplémentaire du fait que la cellule se comporte comme une machine de Turing. Comme dans un ordinateur, où un programme ne fonctionne pas s'il n'est pas correctement reconnu par la machine, on ne peut pas s'attendre à ce qu'une transplantation de génome aléatoire soit toujours productive

Vecteurs, phages et plasmides
En génie génétique, un vecteur est une unité de réplication autonome dans laquelle les chercheurs insèrent (clonent) des fragments d’ADN pour les amplifier. Le vecteur est ensuite introduit dans une cellule hôte (généralement E. coli, le colibacille, mais aussi la levure de bière et d'autres organismes), où il se réplique avec l'ADN cloné qu'il porte. Il existe deux principaux types de vecteurs. Il peut s'agir de mini-chromosomes appelés plasmides, dont la plupart sont des cercles à double brin d'ADN. Ceux-ci ne sont pas essentiels à la vie de la cellule, mais ils lui confèrent des propriétés particulières, comme la résistance à un antibiotique. Ces vecteurs peuvent aussi être des virus, et quand ils infectent des bactéries, ils sont appelés bactériophages, ou phages pour faire court. Il existe deux types de phages : les phages virulents infectent leur hôte et se multiplient jusqu’à ce qu’ils éclatent (lysent), ce qui les tue (il s’agit d’un cycle lytique). Les phages tempérés ne tuent pas toujours leur hôte, et beaucoup d'entre eux ont une méthode originale de multiplication. Ils peuvent choisir d'agir comme des phages virulents pendant un certain temps, déclencher un cycle lytique (et tuer leur hôte), ou rester cachés dans leur hôte sous la forme d'un plasmide, ou même en s'intégrant dans le chromosome de l'hôte sous la forme d'un prophage (un cheval de Troie en quelque sorte). Dans ce cas, le cycle lytique ne sera déclenché que si des événements particuliers surviennent dans lesquels la survie du phage est primordiale. Par exemple, si la survie de l'hôte est menacée par son environnement, le cycle lytique est déclenché, permettant au virus de s'échapper au lieu de mourir à l'état de prophage