Génomes et maladies infectieuses

31 août 2007. Dans la région de Ravenne, en Italie, un nombre significatif de patients a les symptômes du chikunguya.
15 août 2007. La fièvre aphteuse, qui affecte les ruminants, semble s'étendre en Grande Bretagne: après le Surrey le Kent est affecté. La souche virale originelle semble provenir de l'un de deux laboratoires voisins produisant du vaccin, mais ni la source exacte ni le mode de propagation ne sont connus. Cette situation est très préoccupante car dans les pays non endémiques le seul moyen de contrôler une épidémie est l'abattage systématique du cheptel, alors que dans les pays d'endémie, la vaccination est utilisée efficacement. En Ouganda, par exemple, un récent épisode a été jugulé récemment de cette façon.
14 août 2007. La grippe aviaire s'étend à l'est du Togo.
9 août 2007. La grippe du poulet continue à faire des victimes, un adolescent vient d'en mourir au Vietnam. La controverse sur l'accessibilité aux échantillons du virus continue, en Indonésie en particulier. L'OMS vient de proposer une nomenclature unifiée pour décrire les variants du virus H5N1, afin d'en aider l'identification et de mieux suivre l'évolution du virus.Le chikungunya affecte Calcutta (Kolkata) et la maladie pourrait bien s'étendre en parallèle avec la dengue dans les régions voisines de l'Inde et du Bangladesh qui viennent d'être durement frappée par les inondations. Le choléra, endémique en de nombreux endroits de la planète (une épidémie affecte la Guinée, par exemple), pourrait aussi resurgir, comme en avertit l'ICDDR,B. La cause de la fièvre aphteuse en Grande Bretagne est toujours analysée, alors que les mesures contraignants le déplacement des animaux sont partiellement relevées.
7 août 2007. Un deuxième cas de fièvre aphteuse est apparu près du lieu où l'on a trouvé le premier il y a quelques jours en Angleterre. Le virus n'est pas encore identifié. Si la contamination provient d'un laboratoire voisin, comme on le suspecte, la question de son origine reste entière. La contamination aérienne semble écartée, aussi certains se demandent si les inondations de ces derniers jours ne pourraient pas avoir joué un rôle.
6 août 2007. L'hépatite C, maladie causée par un virus transmis par le sang et découvert il y a moins de 20 ans a été propagée par des injections durant une bonne partie du XXe siècle parce que les dangers associés au sang n'étaient pas bien compris. Une remarquable étude menée au Cameroun, montre qu'il y a eu un accroissement exponentiel rapide des infections par ce virus entre 1920 et 1960. Cela est exactement parallèle aux campagnes d'injections destinées à traiter la terrible maladie du sommeil, la trypanosomiase. Il est probable que c'est la même cause qui est responsable du niveau élevé d'hépatites C en Egypte où il a longtemps été habituel de pratiquer des injections contre la schistosomiase. Bien sûr, dans de bonnes conditions, les injections ne posent aucun problème, si les aiguilles sont à usage unique ou soigneusement stérilisées. Mais le regretté docteur Hilaire Tiendrébéogo, du Burkina Faso, qui était particulièrement conscient de la nécessité de développer les meilleures conditions d'hygiène, notait que bien souvent dans les pays en développement, sous la pression du nombre des patients, de l'urgence et de la gravité des cas, ainsi que de l'accès limité aux seringues et aiguilles, elles étaient trop souvent utilisées sans stérilisation d'un patient à l'autre. Il est probable que cette même cause a joué un rôle dans le développement du sida dans les pays en développement.
5 août 2007. C'est bien le virus de Marbourg virus qui est la cause de la fièvre hémorrhagique récemment découverte en Ouganda. Le cas de fièvre aphteuse découvert en Angleterre semble bien causé par un virus utilisé pour la préparation d'un vaccin dans une usine du voisinage. Cela nous rappelle combien il est important de prendre en compte à la fois la biosécurité et la biosûreté dans l'apparition soudaine de maladies.
1 août 2007. Bien des épidémies les plus fréquentes se développent plus cette année qu'en 2006. C'est le cas de la dengue qui se répand dans les banlieues pauvres des villes qui débordent en Asie. Rien qu'au Vietnam 33 000 personnes ont été infectées cette année et 35 en sont mortes. Il semble désormais probable que le record de1998 (350 000 cas et 1 500 morts) risque d'être atteint. L'épidémie de grippe du poulet reste présente au Bangladesh et en Inde, et elle semble hors de contrôle en Birmanie (Myanmar), où les autorités n'ont pas encore pris les mesures qui s'imposent, et qu'elles avaient prises l'an dernier pour contrôler la maladie. Une jeune femme enceinte est morte de la maladie au Vietnam. Pour la deuxième fois en un mois deux cygnes sont morts du virus H5N1 en Moselle. La tuberculose voit lentement s'accroître le nombre des cas multirésistants aux antibiotiques, et certains bacilles sont désormais hors de contrôle. Les patients qui ne devraient pas voyager en raison de leur contagiosité passent outre, et risquent d'infecter des personnes loin de la source initiale des bacilles les plus dangereux. Le choléra est présent partout dans les pays tropicaux lorsque les conditions d'hygiène sont mauvaises, comme en Guinée où une épidémie a fait plusieurs morts. Il est possible que la fièvre de Marbourg soit la cause de cas de fièvre hémorrhagique en Ouganda. Les infections par le virus West Nile aux USA sont aussi en considérable augmentation par rapport à l'an dernier.
26 juillet 2007. On observe souvent des infections respiratoires sans trouver leur cause. Les maladies émergentes proviennent souvent d'organismes apparentés, où une adaptation préalable à un hôte particulier permet au pathogène de se propager à un nouvel hôte en raison de sa parenté évolutive. Dans ce contexte, les chauve-spouris jouent un rôle important. En effet, au contraire de ce que dit leur nom, elles n'ont pas de rapport avec les rongeurs, mais appartiennent à un très grand groupe qui contient les Primates. Une série d' infections en Malaysie est causée par un réovirus inconnu qui existe chez les chauves-souris de la région. Cela pourrait aussi expliquer des infections respiratoires d'origine inconnue fréquentes au Vietnam et au Laos ces dernières années.
18 juillet 2007. Le virus du chikungunya affecte l'état du Kerala en Inde, où une rumeur l'a pris pour une mystérieuse maladie.
16 juillet 2007. Des infections dues à des Mycobactéries (famille à laquelle appartient l'agent de la tuberculose, à croissance lente, Mycobacterium tuberculosis) à croissance rapide paraissent en augmentation dans le monde industriel. Un complexe de ces Mycobactéries encore mal caractérisé en tant que vraies espèces, M. chelonae, bollettii, massiliense et absessus cause des infections qui sont souvent locales mais parfois invasives.
6 juillet 2007. Le nombre des cas d'une souche hautement virulente du virus H5N1 de la grippe aviaire se répand à la frontière entre la Thuringe et la Saxe et atteint plusieurs dizaines d'oiseaux. Les autorités allemandes élèvent le niveau d'alert à "sérieux". Une extension du foyer est probablement la cause d'infection de trois cygnes dans l'est de la France où toute la volaille doit désormais être confinée.
26 juin 2007. Six cas d'infection d'oiseaux sauvages par le virus grippal H5N1 viennent d'être découverts en Bavière.
17 juin 2007. Le gouvernement de Hong Kong a fermé son célèbre marché aux oiseaux du district de Mong Kok après qu'un corbeau a été découvert mort de la maladie dans les nouveaux territoires, et qu'un étourneau vendu au marché a été découvert proteur du virus H5N1.
16 juin 2007. Un patient est mort de la grippe H5N1 au Vietnam, premier cas dans le pays depuis 2005. Un cas suspect de la maladie dans une élevage a été trouvé dans un village du Togo, non loin du Ghana où d'autres cas ont été identifiés depuis le début de l'année.
10 juin 2007. L'épidémie de chikungunya s'étend au Gabon. On doit désormais craindre qu'elle ne s'étende aux pays voisins, en raison de la taille du réservoir et de l'impossibilité à contrôler les moustiques vecteurs. La grippe aviaire reste présente en de nombreux endroits d'Asie du Sud-Est, et cause un décès de plus enh Egypte. Un cas de tuberculose multirésistante est découvert en Irlande.
1 juin 2007. Comme la grippe aviaire a fait la Une pendant plusieurs années sans causer d'épidémie humaine, les autorités sanitaires locales ont parfois tendance à baisser la garde. Cela pourrait devenir dangereux, comme on le voit avec la réapparition de la maladie au Vietnam, pays qui a été le plus affecté initialement et qui avait réussi à mettre la maladie sous contrôle. Un décès en Indonésie, et un cas humain en Chine nous montrent que la vigilance est toujours nécessaire. Le virus continue d'infecter des élevages au Ghana. Par ailleurs d'autres souches du virus peuvent avoir des conséquences économiques importantes, même pour des virus moins virulents : un foyer causé par la souche H7N2 du virus au Pays de Galles a causé de nombreux cas humains, et a un impact très négatif sur la partie locale de l'économie fondée sur l'élevage de la volaille. Un foyer de dengue affecte Singapour, atteignant presque des proportions épidémiques. La situation doit être surveillée en raison du fait que plusieurs souches du virus sont présentes simultanément.
23 mai 2007. Le virus du chikungunya est présent depuis quelque temps au Gabon (7500 cas ont été" diagnostiqués dans la capitale, Libreville), où des pluies diluviennes, vont créer des conditions favorables à la multiplication des moustiques vecteurs.
22 mai 2007. Notre silence dans cette chronique est parallèle à la diminution de l'impact inattendu des grandes maladies depuis quelque temps. Alors que la grippe aviaire est toujours présente et tue encore beaucoup d'oiseaux et quelques personnes, elle semble bien moins active que l'an dernier à pareille époque (mais de nouvelles régions comme le Ghana en Afrique de l'Ouest ont été atteintes et une épidémie a resurgi en Chine). Il semble bien que les oiseaux sauvages soient moins contaminés que par le passé. Il ne faut pas baisser la garde cependant, car des fluctuations importantes sont courantes dans les maladies épidémiques. La méningite a eu cette année des conséquences moins sévères que l'an dernier en raison des pluies précoces dans les régions sahéliennes. La revue Nature publie une étude remarquable qui suggère que l'infection par certains virus de la famille des herpès (qui sont responsables de bien des maladies infantiles les plus communes) pourraient protéger ultérieurement l'organisme infecté contre des infections bactériennes comme la peste ou Listeria. Cette étude a été développée chez la souris seulement, mais elle éclaire de façon très intéressante le comportement symbiotique ou parasitique de certains virus.
6 avril 2007. Plus de 100 000 cas de tuberculose ont été identifiés en 2006 en République Democratique du Congo (Kinshasa) et il probable que plus de 30,000 patients n'ont pas été identifiés comme porteurs de la maladie (et n'ont donc pas été traités). La Fièvre de la Vallée du Rift reste active dans l'est de l'Afrique et l'île de Zanzibar tente d'y échapper.
30 mars 2007. Un médecin Indonésien qui avait traité un patient atteint de grippe aviaire vient d'être hospitalisé avec les symptômes de la maladie, ce qui fait craindre une transmission interhumaine. La Chine enregistre son premier décès dû au virus H5N1 après une période relativement calme. La FAO avertit d'un risque significatif de constitution d'essaims de criquets en Ethiopie et en Arabie saoudite.
29 mars 2007. Une poule a été trouvée infectée par la grippe aviaire à l'ouest d'Alger, alors qu'en Indonésie la mort de trois nouvelles personnes en raison de cette maladie est confirmée.
26 mars 2007. Maintenant que la grippe aviaire affecte l'ensemble du sous-continent Indien, il faut suivre avec soin la situation, qui risque d'empirer. L'abattage de volaille a causé la panique au Bangladesh. Et comme la maladie est aussi présente en Arabie Saoudite, nous nous trouvons en présence d'une ceinture quasi-continue depuis l'Asie du Sud-Est jusuqu'à l'Afrique. Fort heureusement, il n'y a pas eu jusqu'à présent de cas bien documentés de contamination interpersonnelle.
18 mars 2007. Les principales épidémies, en 2007, se répartissent de façon habituelle. La méningite affecte l'Afrique sub-saharienne dans les régions où la poussière imprègne l'air pendant la saison sèche. La dengue suit la multiplication des moustiques lorsque la pluie, associée à l'insouciance humaine, multiplie les lieux de multiplication des larves. Le réchauffement global étend les zones de multiplication des insectes vecteurs (moustiques et tiques) principalement au nord du tropique du Cancer. Le choléra est présent dans toutes les régions sans hygiène et la tuberculose multirésistante augmente son aire. La grippe aviaire a retrouvé toute l'ampleur qu'elle avait l'an dernier, et a probablement assis sa présence en Afrique (Egypte et Nigeria en particulier). En Asie du sud-est elle a atteint le Laos et le Myanmar (Birmanie) où nous disposons de peu d'information sur son ampleur. Une initiative inhabituelle pour partager les données sur le virus H5N1, lancée par le spécialiste des media de masse Peter Bogner a créé une base de données qui est gérée par l'Institut Suisse de Bioinformatique. L'inclusion des données chinoises est en discussion.
5 mars 2007. Les initiatives pour gérer la crise possible de la grippe aviaire se multiplient, mais cela demande clarification. En effet ce ne sont pas les pays les plus directement concernés et qui pourraient subir de plein fouet les conséquences de la maladie qui decident de la meilleure façon de traiter le problème en termes vaccination, de contrôle des mouvements de la population, d'éducation, etc. Il est donc tout à fait surprenant que venant de pays qui n'ont pas été affectés jusqu'à présent se multiplient les initiatives pour avoir accès à toutes les données, avec la proposition de les rendre partout accessibles à tous. Apparemment personne n'a soulevé de questions à propos des problèmes éthiques que cela devrait soulever (ne serait-ce qu'en termes de sécurité). La question évidente que pose ce type de "générosité" est : qui doit bénéficier de cette action ? Où doivent être localisées les bases de données correspondantes ? Et qui doit les gérer ?
3 mars 2007. Depuis la fin du mois dernier la grippe aviaire affecte la région de la capitale Yangon au Myanmar. On ne sait toutefois pas grand chose sur la situation dans cette région très secrète d'Asie.
2 mars 2007. Le gouvernement du Paraguay a déclaré l'état d'urgence à propos de la vague de dengue qui se propage dans le pays comme dans toute l'Amérique Latine. La grippe aviaire se répand continûment en Asie orientale, où des cas humains commencent à être notifiés à l'OMS.
25 février 2007. Comme l'an dernier, avec la saison sèche une épidémie de méningite bactérienne affecte l'ensemble de l'arc sahélien au sud du Sahara, du Burkina Faso au Soudan. Une campagne de vaccination tente d'enrayer la propagation de la maladie. La répartition de la grippe du poulet en 2007 suit à peu près le même modèle qu'en 2006, et la maladie est loin d'être sous contrôle en Indonésie, toujours présente en Egypte et dans les pays du sud de la Russie.
14 février 2007. Les norovirus sont célèbres parce qu'ils causent probablement la moitié des "grippes intestinales" qui affectent le monde entier chaque année. Ces virus sont restés très peu connus en raison de l'extrême difficulté de les cultiver. Une étude publiée dans le journal Emerging Infectious Diseases montre que cette situation malheureuse est en train de changer grâce à la création d'un "organoïde" modèle de l'épithelium de l'intestin grêle humain. Une remarquable étude développée par Vassilis Koliatsos et ses collègues des Johns Hopkins Medical Institutions démontre que des greffes de cellules souches humaines dans la moëlle épinière du rat peuvent se développer sous la forme de neurones fonctionnels qui établissent des contacts avec d'autres neurones. Si cette étude peut être étendue à l'Homme, elle permettra peut-être de remédier aux terribles conséquences des traumatismes de la moëlle épinière.
7 février 2007. Il est généralement admis que la raison pour laquelle le virus H5N1 de la grippe aviaire ne se propage pas dans la population humaine vient de ce qu'il ne trouve de récepteurs pour entrer dans les cellules de l'hôte que dans le système respiratoire profond. Malheureusement une étude ex vivo développée à Hong Kong et publiée dans le magazine Nature Medicine vient de démontrer que le virus se développe efficacement dans les tissus du système respiratoire supérieur de volontaires humains. Cela montre que nous ne comprenons pas encore bien les raisons qui font que le virus actuel se propage très mal de personne à personne.
3 février 2007. Alors que l'humidité qui prévaut au nord du Kenya et dans la corne de l'Afrique, en parallèle avec la guerre, a permis un nouvel épisode de Fièvre de la Vallée du Rift, une autre catastrophe est peut-être en vue : les criquets se reproduisent rapidement dans les plaines côtières le long de la Mer Rouge en Erythrée malgré les efforts de la FAO pour les contrôler. Quelques insectes ont déjà atteint l'Arabie Saoudite de l'autre côté de la mer, et si les conditions humides se maintiennent on pourrait voir des essaims se former. La grippe aviaire a atteint un élevage de l'est de l'Angleterre, au moment où une nouvelle étude sur le virus H1N1 de 1918 donne une image inattendue de la façon dont il pourrait se transmettre de mammifère à mammifère après deux changements dans l'hémagglutinine (le "H" dans H5N1 par exemple), la protéine de l'enveloppe qui permet au virus de se lier aux cellules de l'hôte où il se reproduit ensuite.
1 février 2007. La grippe aviaire se répand dans le monde d'une façon semblable à celle de l'année dernière. En particulier les régions au sud ouest de la Russie sont affectées (avec des rapports contradictoires à propos de l'extension de la maladie) et deux foyers ont été découverts au Japon. Le premier décès en Afrique sub-saharienne vient dêtre constaté à Lagos, la capitale du Nigeria, faisant craindre que la maladie ne soit plus étendue qu'on ne le pense. 122 personnes sont mortes de la Fièvre de la Vallée du Rift au Kenya où deux personnes sont atteintes dans la capitale, Nairobi.
23 janvier 2007. Les Mycobactéries forment une famille de microbes qui propagent de dangereuses maladies. Alors que la lèpre, causée par Mycobacterium leprae, peut être guérie et devrait être éradiquée, elle reste endémique dans les régions les plus pauvres du monde. Récemment, 39 nouveaux cas ont été découverts en Côte d'Ivoire. Mais la situation de la tuberculose, causée par Mycobacterium tuberculosis est beaucoup plus inquiétante. De nouvelles souches de ce microbe, apparues dans le années 1990 en Russie, et résistantes aux antibiotiques (XDR-TB), se répandent très rapidement. En l'absence de traitement la mortalité est très élevée. L'Afrique du Sud, où ces souches se multiplient dans des régions où le taux de prévalence à l'infection par le VIH est très élevé, pourrait devenir la source d'une épidémie majeure. Dans une autre partie d'Afrique (Kenya et Somalie) la Fièvre de la Vallée du Rift continue à se propager, tandis que les habituelles rumeurs causées par les foyers de pneumonies fréquents en hiver se répandent en Chine du Sud, rendant difficile l'identification de causes dangereuses de la maladie, comme la grippe aviaire ou une résurgence du SRAS.
18 janvier 2007. La situation constatée l'an dernier semble se reproduire: la grippe aviaire se répand un peu partout dans le monde et en particulier en Asie du Sud-Est (et en Indonésie). Une fois encore, il se pourrait que le Nigeria soit infecté. Comme cela peut difficilement s'expliquer par la migration d'oiseaux, il faut penser que la contrebande de volaille, ajoutée à la difficulté d'identifier la maladie dans les pays pauvres, est un facteur très important de sa diffusion. Dans ce contexte, les nouveaux résultats de l'étude du virus H1N1 reconstitué à partir d'échantillons de la grippe de 1918 sont particulièrement préoccupants. Ce virus ressuscité tue en effet les singes à cause d'une "tempête de cytokines" (càd la surexpression de la réaction initiale du système immunitaire de l'hôte) comme on le pensait. Le numéro de cette semaine du magazine Nature discute ce sujet mais publiera néanmoins des résultats expliquant le deuxième facteur le plus dangereux du virus, les raisons de son caractère particulièrement contagieux. Est-il vraiment raisonnable (et moral) de donner ainsi tous les moyens possibles de refaire un virus qui a tué des millions de personnes dans le monde ?
11 janvier 2007. Le 3 janvier le Premier Ministre Indien a donné un remarquable discours au 94e Congrès de la Science Indienne, où il a tracé les grandes lignes du développement souhaitable de la Science et proposé des moyens pour former et attirer des jeunes talents dans ces disciplines. Nous aurions certainement à nous en inspirer.... Le cas récent de grippe aviaire dans la province de Anhui en Chine date en fait d'il y a un mois, ce qui ravive la discussion à propos de l'information dans ce domaine, comme le rapporte The Standard à Hong Kong. En Indonesie, trois personnes d'une même famille semblent être atteintes de la maladie. Un nombre important d'oiseaux d'un élevage de volaille au Sud du Japon est mort récemment, mais la maladie n'est pas encore identifiée.
10 janvier 2007. Déclenchée par les pluies diluviennes dans la région causées par le phénomène el Niño's en 1997 une épidémie importante de Fièvre de la Vallée du Rift s'était répandue au Kenya, en Somalie et en Tanzanie ; les mêmes conditions cette année, ajoutées à la guerre en Somalie font craindre un scénario catastrophe. Des centaines d'animaux sont déjà morts de la maladie et plus de 75 personnes sont mortes dans le seul Kenya. Une campagne de vaccination tente d'enrayer le développement de l'épidémie. Mais tandis que des maladies spectaculaires de ce type font la Une, on a tendance à oublier d'autres maladies associées à la pauvreté et à l'absence d'hygiène. Le parasite Taenia solium, le ver solitaire, infecte non seulement le tube digestif des mammifères, y compris l'Homme (50 millions de personnes sont infectées dans le monde), mais, dans un nombre important de cas, ses larves peuvent franchir la barrière sanguine et infecter le cerveau, où elles font des dégâts considérables. La neurocysticercose est ainsi la cause première de l'épilepsie dans le monde en développement et en Chine. Même les Etats-Unis ne sont pas à l'abri, et l'on y recense plus de mille cas par an. Une remarque intéressante : comme le porc est l'hôte principal de la maladie, et que cet animal est souvent élevé dans des conditions d'hygiène déplorables (il est pourtant facile de déparasiter les animaux), les pays musulmans ne voient qu'un petit nombre de cas de la maladie à conditions d'hygiène comparables. La grippe aviaire continue à s'étendre au Vietnam, et elle vient de réapparaître en Chine.
4 janvier 2007. L'épidémie de Fièvre de la Vallée du Rift fait de nouvelles victimes au Nord du Kenya. 57 personnes en sont mortes depuis que l'épidémie s'est déclarée.
3 janvier 2007. La contrebande de volaille est sans doute l'une des causes majeures de la difficulté à contrôler la grippe aviaire : voir par exemple un compte rendu de ce jour du Thanh Nien Daily.
31 décembre 2006. La pollution de l'eau est préoccupante dans le monde entier. En particulier la concentration d'arsenic dans l'eau des puits est largement au dessus des limites de toxicité au Bangladesh et en China. Depuis quelque temps aus Burkina Faso, des signes d' empoisonnement par l'arsenic ont été constatés chez les populations du nord du Yatenga au Burkina Faso. Il devient urgent de trouver des moyens de dépollution biologique permettant de transformer les composés d'arsenic les plus toxiques en composés inoffensifs.
30 décembre 2006. Le Centre du Vietnam voit resurgir la grippe aviaire. Plusieurs personnes en contact avec la volaille ont les symptômes de la maladie. La contrebande de volaille à partir de la Chine s'intensifie à l'approche du Nouvel An Lunaire. Au Kenya la fièvre hémorrhagique de la Vallée du Rift semble avoir tué au moins 30 personnes en deux semaines.
24 décembre 2006. Le gouvernement de Corée du Sud prend des mesures drastiques pour tenter de contenir l'épidémie de grippe aviaire dont quatre foyers sont apparus au cours du mois. Pour prévenir le passage du virus des oiseaux aux mammifères le gouvernement a décidé l'abattage des porcs dans un périmètre de 500 mètres autour de chaque foyer. Plus de 4 000 cochons ont été tués à Asan, à 90 kilomètres au sud de Séoul, où un foyer s'est déclaré la semaine dernière. Trois cas humains de la maladie viennent d'être déclarés en Egypte, dans la région du delta du Nil.
5 décembre 2006. Au cours de la conférence EAGLES Food Workshop tenue à Hangzhou (Chine), Zhizhong Cui de l'Université d'Agriculture du Shandong a montré chez la volaille élevée en Chine (et la même observation tient probablement pour d'autres endroits dans le monde) les poulets sont souvent infectés par plusieurs virus causant une immunodépression. Cela a pour conséquence que la vaccination contre beaucoup de maladies est partiellement, voire totalement inefficace, ce qui conduit à la propagation d'autres maladies en dépit des campagnes de vaccination. Cette très importante observation devrait être prise en compte pour la planification de la vaccination contre la grippe aviaire.
28 novembre 2006. Le Sri Lanka est désormais le théâtre d'une épidémie importante de chikungunya, qui se répand en parallèle avec l'épidémie saisonnière de dengue. Le Journal of Virology publie une étude qui suggère qu'un réservoir considerable de virus du type influenza A (dont fait partie le virus de la grippe aviaire H5N1) se trouve dans la glace et dans l'eau des lacs situés aux latitudes élevées visitées par un grand nombre d'oiseaux migrateurs. On sait déjà que l'eau, y compris celle des Océans abrite un nombre gigantesque de virus, surtout des bactériophages, les virus qui infectent les bactéries.
16 novembre 2006. Au cours de sa première visite au Vietnam il est prévu que George W Bush visite l'Institut Pasteur de Ho Chi Minh Ville après avoir participé au sommet des 21 membres de la Coopération Economique Asie-Pacifique à Hanoï et qu'il discute du contrôle de la grippe aviaire dans ce pays. Plus d'un million de paires de bases du génome d'un Homme de Néanderthal ont été séquencés, et une première analyse est publiée dans les magazines Science et Nature. Cela correspond à un en semble de très petits fragments d'ADN (en moyenne 100-150 nucléotides) extraits d'un os âgé de 38,000 ans et provenant de la grotte Vindija en Croatie et séquencé en utilisant la technique massivement parallèle du pyroséquençage.
11 novembre 2006. Un nouveau foyer de grippe aviaire H5N1 affecte la volaille dans la région de Louxor, Egypte. Les autorités sanitaires Chinoises réfutent l'assertion de Guan Yi et de ces collègues postulant l'émergence d'un nouveau type de grippe aviaire H5N1 en Chine du sud.
8 novembre 2006. Le magazine Nature Medicine souffle le chaud et le froid à propos de l'évolution des grandes épidémies. D'une part il semble que le nombre des cas de Sida dans le monde est probablement surestimé, en raison de la méthode utilisée (prévalence chez les femmes enceintes). A l'opposé le combat contre la poliomyélite (qui aurait dû être éradiquée prochainement) est loin d'être gagné : dans l'état d'Uttar Pradesh en Inde, le nombre des cas cette année arrêtés le 17 octobre est de 383, alors qu'il n'était que de 66 pour tout 2005. Plus grave le virus cause de l'épidémie s'est répandu non seulement dans les états et les pays voisins mais aussi en Afrique (Angola, Namibie, et République Démocratique du Congo). Margaret Chan, de Hong Kong, a été nommée à la tête de l'OMS. Cette nomination doit encore être approuvée demain par l'Assemblée de l'Organisation.
3 novembre 2006. L'affirmation par des chercheurs de Hong Kong qu'un nouveau variant du virus H5N1 se répand en Chine déclenche une controverse entre les autorités sanitaires chinoises et l'OMS. Il n'est cependant pas clair que la situation est aussi sérieuse que dépeinte depuis Hong Kong.
1 novembre 2006. Selon Guan Yi, du département de l'Université de Hong Kong, un nouveau variant du virus H5N1 se répand depuis l'an dernier à partir de la province du Fujian et pourrait être résistant au vaccin actuellement utilisé en Chine pour protéger les oiseaux, ce qui favoriserait son expansion. Cependant cette inforrmation demande à être confirmée par une étude épidémiologique sérieuse, tant la question de la vaccination est débattue.
24 octobre 2006. Une vaste campagne de vaccination contre la poliomyélite va commencer le 3 novembre au Nord-Est du Kenya après qu'un cas y a été rapporté. Le virus semble d'origine nigériane, mais importé de Somalie, ce qui montre qu'il circule largement.
13 octobre 2006. La fièvre jaune est réapparue dans la région de Korogho, en Côte d'Ivoire. Cette maladie transmise par des moustiques du genre Aedes dont le réservoir est fait de rongeurs est endémique dans la région du Sud Est du Burkina Faso, du Nord du Togo, du Bénin et de la Côte d'Ivoire. Une campagne de vaccination est nécessaire, mais la situation politique en Côte d'Ivoire la rend très difficile à mettre en œuvre.
11 octobre 2006. Des travaux menés par le professeur émérite Nigel Dimmock de l'Université de Warwick développent une méthode entièrement nouvelle pour protéger contre la grippe. Cette méthode a protégé des animaux contre plusieurs souches de grippe, et pourrait protéger contre toutes les grippes du groupe A, y compris celle causée par le virus H5N1. La méthode repose sur l'infection par un virus défectif, incapable de se multiplier, sauf dans des cellules co-infectées par un virus sauvage. Dans ces conditions le virus muté se multiplie extrêmement rapidement, et remplace très vite le virus normal, ce qui laisse à l'hôte le temps de construire une réponse immunitaire forte. Cette approche rappelle le scénario de la double épidémie de propagation du SRAS où l'on a constaté des régions entières sans épidémie à côté de régions de forte incidence de la maladie.
7 octobre 2006. L'Inde est le théâtre de deux épidémies sévères, dengue et chikungunya, toutes deux transmises par le moustiques. L'épidémie de chikungunya n'est pas causée par le virus asiatique bénin, mais par le virus Africain qui a récemment affecté l'île Maurice et l'île de La Réunion. Une rumeur se répand que le virus H5N1 a infecté des porcs à Bali il y a quelque temps.
4 octobre 2006. L'ajout à la nourriture d'un dérivé de la vitamine E a considerablement réduit le développement d'un cancer métastatique du sein chez la souris. Il est beaucoup trop tôt bien sûr pour extrapoler à l'Homme. Mais cela indique qu'un moyen simple d'apporter un médicament contre le cancer peut parfois être efficace. Plusieurs dérivés de la vitamine E sont intéressants car ils apparaissent souvent se comporter comme des agents selectifs contre les cellules tumorales pas les cellule normales en déclenchant l'apoptose, le suicide cellulaire. Une poussée épidémique de dengue affecte Dehli en Inde.
3 octobre 2006. Andrew Fire et Craig Mellow se voient attribuer le Prix Nobel de physiologie et médicine pour leur travail de déchiffrage du phénomène de l'interférence ARN. Ce phénomène, découvert quelques années plus tôt par Richard Jorgensen chez le pétunia est probablement apparu chez les cellules à noyau (les eucaryotes) comme moyen de combattre les virus. Il conduit à l'inactivation spécifique de certains ARN messagers via une cascade de dégradation de l'ARN déclenchée par de l'ARN double brin, un ARN antisens s'associant à des endroits spécifiques du messager. Le "post-transcriptional gene silencing" (inactivation post-transcriptionnelle de l'expression des gènes), très souvent observé chez les plantes, est un phénomène de cette nature qui conduit à de nombreux effets épigénétiques. Cette découverte faite chez le ver nématode Caenorhabditis elegans, largement développée aujourd'hui pour combattre les maladies, est un nouvel exemple de l'apport essentiel de la recherche académique à la connaissance et à ses applications médicales. Par ce prix à nouveau le Comité Nobel envoie un message à ceux qui ont du mal à comprendre que la découverte ne peut être programmée, et que la recherche doit donc être très large et ouverte, plutôt que dirigée par des rêves pieux d'applications hypothétiques.
1 octobre 2006. Une épidémie de fièvre de Lassa a fait au moins sept morts dans la région du mont Nimba, au nord du Liberia. Un nouveau foyer de grippe aviaire s'est déclaré en Mongolie Intérieure, en Chine. Les latest statististiques sur la grippe aviaire montrent que l'Indonésie est un point faible de la lutte contre la maladie, alors qu'on ne dispose pas de données fiables sur la situation en Afrique. Un foyer de légionellose près de la Gare d'Austerlitz à Paris a affecté 26 personnes (deux sont mortes).
26 septembre 2006. Le nombre des victimes de l'infection par Escherichia coli O157:H7 atteint 175 aux USA, alors que l'origine de la contamination n'est pas clairement établie. 28 patients ont souffert d'urémie hémolytique sévère (HUS), une grave atteinte des reins, deux patients sont morts (non confirmé). Le nombre des victimes de la girppe aviaire en Indonésie ne cesse d'augmenter, et il est probable qu'il est sous-estimé. Un ensemble de cas familiaux est peut-être apparu dans la région de Bandung.
23 septembre 2006. Robert Webster, Malik Peiris, et leurs collègues, bénéficiant de l'aide de l'Ambassade des Etats-Unis à Vientiane (Laos), établissent que, alors que le virus de la grippe aviaire circulait au Laos jusqu'à 2004 et qu'aucune identification n'avait été obtenue ensuite, ils ont découvert depuis 2005 une proportion importante de canards porteurs de virus de type H5 et H9. Au moins un type de virus H5N1 était différent des types précédemment identifiés, ce qui indique une réintroduction récente du virus.
20 septembre 2006. Si le virus H5N1 de la grippe aviaire est actuellement le plus préoccupant plusieurs autres virus de la grippe sont potentiellement aussi dangereux. La compagnie Sanofi Pasteur a annoncé hier le début des essais cliniques, organisés par la collaboration européenne FLUPAN, d'un vaccin H7N1, destiné à protéger dans le cas d'une pandémie qui serait causée par un virus de la famille H7.
19 septembre 2006. Une épidémie (premier avertissement du 14 septembre) causée par le colibacille Escherichia coli O157:H7, et qui semble liée à la consommation d'épinards frais, affecte 21 états, et a infecté 114 personnes aux Etats-Unis. Au moins une personne est morte du syndrome d'urémie hémolytique associé.
13 septembre 2006. Une étude publiée dans PLoS Medicine montre que les voyages aériens jouent un rôle considérable dans la propagation de la grippe. Cette étude est fondée sur les conséquences de la restriction du trafic aérien aux Etats-Unis après les événements du 11 septembre. Cela montre qu'il sera essentiel de contrôler les déplacements par ce moyen si une contamination interhumaine apparaît dans le cas du virus H5N1.
12 septembre 2006. Le Soudan rapporte son premier cas de grippe aviaire, chez le poulet. Pour avoir une vue de la façon dont se répand le virus il peut être intéressant d'analyser la longue collaboration entre le CDC d'Atlanta, aux USA, et l'Université de Hong Kong à un moment où l'OMS avertit que l'Est Africain court un grand risque d'épidémie et où l'influence croissante du CDC dans le monde apparaît au grand jour.
8 septembre 2006. Le virus du chikungunya se trouve désormais en Indonésie, où les autorités affirment en avoir arrêté la propagation. Il serait intéressant d'en connaître l'origine. En Inde il a atteint la capitale, New Delhi, probablement sous la forme de cas importés.
6 septembre 2006. Un foyer de fièvre jaune semble affecter le Congo. La séquence du virus H5N1 du district de Garut en Indonésie est semblable à celui trouvé dans la région de Jakarta. L'OMS a lancé un avertissement indiquant que de nouvelles souches du bacille de la tuberculose, incurable avec les traitements actuels (en anglais, extreme drug-resistant TB, ou XDR-TB), se répandent rapidement. On évalue à 180 000 le nombre des patients déjà infectés. Selon la FAO, entre 25 et 30 pour cent des gaz à effet de serre rejetés dans l'atomosphère chaque année - 1,6 milliards de tonnes - est dû à la déforestation.

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