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Table des Matières


Veuillez noter que la page de référence de celle-ci est écrite en anglais.

Nomenclature des Microbes

Les microbes ont un nom, qui joue le rôle d'identifiant. Il est essentiel que les noms soient validés afin d'éviter une duplication et des attributions erronées. La méthode utilisée, comme pour les autres activités de recherche est le "jugement par les pairs". Des listes d'espèces de bactéries sont publiées dans le International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB) ou dans le IJSEM avec les noms valides des bactéries. Il faut noter que la publication de nouveaux noms ou de nouvelles combinaisons de noms dans une liste est sous la responsibilité des auteurs qui proposent les nouvelles nomenclatures. Les auteurs qui souhaitent proposer de nouveaux noms ou de nouvelles combinaisons pour inclusion dans une liste validée doivent envoyer un tiré à part ou une photocopie à l'adresse suivante : IJSEM Editorial Office, Society for General Microbiology, Marlborough House, Basingstoke Road, Spencers Wood, Reading RG7 1AE, UK. - e-mail: ijsem@sgm.ac.uk - Tel: + 44 118 988 1815 - Fax: + 44 118 988 1834.

La liste des noms valide des bactéries et leur nomenclature est publique sur un site de la Toile.

La nomenclature des gènes

La nomenclature des gènes n'est malheureusement pas encore standardisée. Pourtant de nombreux généticiens emploient tous leurs efforts à mettre en œuvre les règles de Demerec comme nomenclature standard. Et comme Escherichia coli est la bactérie de référence, les noms seront habituellement dérivés des noms de gènes donnés chez E. coli. Il faudra cependant faire quelques ajustements car beaucoup de noms chez E. coli ont été donnés plus ou moins par hasard, en raison d'un phénotype observé par les généticiens qui ont travaillé sur les premiers mutants de ce gène. La base de données sur les protéines, SwissProt, est pionnière dans ce domaine.

Les règles de Demerec sont simples. Un gène est écrit en italique. Le nom comporte 3 lettres minuscules (habituellement un mnémotechnique de la fonction), suivi d'une lettre capitale. Puis un chiffre arabe indiquant un allèle spécifique. Dans le cas où il n'y a pas de lettre capitale, un tiret précède le chiffre. Exemples : argH1, cyaA610, leu-1. Quand les gènes sont groupés en unités de transcription (opérons) le nom entier du gène n'est habituellement pas répété mais seules les lettres capitales sont notées, par exemple hisABCDEFGH.

Pour les gènes de fonction inconnue, les 3 lettres du gène commencent (temporairement) par un "y" ("why" pourquoi? en anglais), et les lettres suivantes indiquent habituellement la position du gène le long du chromosome, par exemple : ywhE, ywhFG sont voisins, et n'ont pas été encore identifiés.

Quand des séquences sont insérées à l'intérieur d'un gène, on l'indique en caractères romains après deux fois deux points: speA::Tn10 signifie que le gène speA est interrompu par le transposon Tn10.

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Microbes et Cancer

En plus des virus, de nombreux microbes sont cause de cancers. Mais leur action négative se situe surtout durant les traitements contre le cancer. En fait, l'une des raisons pour lesquelles la chimiothérapie est souvent sans succès est que, pendant le traitement, les malades se trouvent infectés par une variété de pathogènes et meurent d'une infection. Par conséquent, le combat contre le cancer devrait être complémentaire d'un gros effort de lutte contre les microbes, en particulier les bactéries nosocomiales et un champignon microscopique de l'environnement Aspergillus fumigatus.

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Controverses

Le magazine Nature (10 janvier 2002) publie un éditorial sur l'usage et l'abus des statistiques des citations, mettant en évidence les nombreuses erreurs catastrophiques dans l'évaluation des publications des chercheurs au moyen d'une seule source de référence : l'Institute for Scientific Information, structure à but lucratif.

Le magazine Nature (8 septembre 2001) publie un editorial sur le futur de la littérature scientifique électronique, clairement en faveur ce nouveau medium comme le futur des échanges scientifiques. Nature étant un magazine "support papier", cela provoque de vives réactions dans les sociétés d'édition.

Un débat intéressant s'est ouvert à propos de l'origine de l'épidémie de grippe de 1918-1919 : alors qu'on pensait que les segments de l'ARN négatifs du virus pouvaient seulement se réarranger d'un virus avec delles du segment homologue d'un autre virus, les données de séquence de ce virus mortel qu'on possède désormais suggère qu'il s'agit plutôt de recombinaison. Mark Gibbs de l'Université Nationale d'Australie à Canberra rapporte des observations qui confortent cette hypothèse le 25 avril 2001 au cours d'un symposium de la Royal Society.

Le Programme Génome Humain a commencé aux USA quand Charles DeLisi a pu obtenir 5.5 million de dollars US en 1987 pour commencer une étude de faisabilité. Ce programme est le successeur (see A rattling good History) d'un programme de la commission à l'Energie Atomique qui étudiait les effets des radiations. Le point de départ de cette étude était l'intérêt porté par James Neel au devenir des personnes irradiées à Hiroshima et à Nagasaki et de leurs enfants.






Le travail de James Neel a été récemment gravement mis question au cours d'un vif débat en raison de son intérêt enthousiaste pour des procédés de sélection d'une simplicité naïve qui pourraient être appliqués à l'Homme. Ce débat est fortement lié aux problèmes éthiques associés au programme Génome Humain.

Il est donc intéressant d'avoir une idée de son contenu pour en connaître la valeur. Ce programme est clairement exposé dans une étude récente de la célèbre New York Review of Books, où le rôle de Neel dans l'étude controversée d'une tribu d'indiens du Venezuela, les Yanomami est rapportée. Comme le dit Clifford Geertz, le livre de Neel: Physician to the Gene Pool: Genetic Lessons and Other Stories (Médecin du patrimoine génétique : leçons de génétique et autres histoires)(Wiley, 1994) "est la combinaison d'une autobiographie et d'un prêche en "médecine génétique"." Neel va jusqu'à dire: "L'une des déceptions majeures de notre travail sur le terrain a été que , en dépit de nombreuses séances de réflexion, nous n'avons jamais pu mettre au point un test de l'intelligence Yanomama - et si nous l'avions construit, les Yanomama n'auraient eu aucun motif de le prendre au sérieux." A Tierney il confessa en 1997 au cours d'un interview, que son échec dans l'isolement d'allèles spécifique pour la construction d'un index de l'"Intelligence Innée", et par conséquent de tester directement sa théorie du grand homme/grande astuce/grand reproducteur, "a été la plus grande déception de [sa] vie.'' Toute la controverse est dépeinte dans le livre de Tierney : Darkness in El Dorado: How Scientists and Journalists Devastated the Amazon" (Cauchemar dans l'El Dorado, comment les chercheurs et les journalistes ont dévasté l'Amazonie) Norton, 2000. Voir le débat en cours dans le références indiquées ici. Il s'agit là d'un livre intéressant pour comprendre les débats actuels et futurs à propos des questions éthiques suscitées par la connaissance du Génome Humain.

Mi-janvier 2002 la controverse n'est pas éteinte.



La campagne pour l'accès libre par Internet aux articles de recherche dans leur intégralité, rencontre un grand succès (avril 2001). Le nombre d'éditeurs souhaitant donner libre accès au contenu de leurs journaux six mois après publication est régulièrement en augmentation. Il ne manque que l'avis des plus grands éditeurs commerciaux (Reed Elsevier et le groupe Nature) qui doivent déclarer leurs intentions, mais il y a de bonnes raisons de croire qu'il reconsidèreront activement leur politique.

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L' origine de la vie (information préliminaire)

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Lubies et idées fausses au nom de la Science

Truc: Garder l'esprit critique. Cela signifie, non pas poser de mauvaises questions, mais toujours contrôler l'information apportée par les chercheurs ou les médecins. Lorsqu'une personne utilise des mots comme "pour la première fois" "jamais décrit auparavant " "imprévu" "extraordinaire" etc.. il est bon de vérifier. Souvent, c'est en effet inattendu ou trouvé pour la première fois par la personne qui vous informe (Cela peut être un pur mensonge...ou un phénomène déjà observé ailleurs, parfois même il y a très longtemps...). De nombreuses façons simples existent pour contrôler l'information. Un moyen très rapide et efficace : prendre les mots clés donnés par votre informateur, les mettre dans le champ "recherche"du logiciel Entrez au NCBI, par exemple ou dans la base de données PubMed, et lire quelques résumés des travaux en question. Souvent cela vous fera découvrir les groupes rivaux, ainsi que le contexte du travail. Vous serez probablement surpris par leur quantité et leur contenu. Se souvenir que, à ce jour, il y a plus de 2.5 millions de chercheurs impliqués dans la recherche en biologie à travers le monde. Se souvenir aussi que les chercheurs d'autrefois (et même d'il y a longtemps) étaient aussi intelligents, sinon plus intelligents que ceux d'aujourd'hui. En particulier, la plupart étaient conscients du fait que ce qu'ils construisent est édifié sur une connaissance précédente. Il étaient intéressés par l'histoire. C'est un élément que les journalistes devraient toujours considérer comme pertinent (et qui heureusement est profondément enraciné dans la tradition chinoise). Se méfier de la mode ! La mode possède comme principe de base qu'elle ne doit pas durer. La mode doit créer un environnement qui change tout le temps. Et c'est exactement à l'opposé du principal objectif de la science, qui est de fournir une explication des phénomènes sur la longue durée. Essayer, enfin, d'échapper à l'"argument d'autorité" qui veut que les gens couverts d'honneurs sont supposés mieux connaître les domaines qui ne sont pas ceux où ils sont spécialisés, que les gens ordinaires, et qui ont du bon sens. Les Prix et les Médailles sont profondément enracinés dans l'idéologie, la sociologie et la psychologie humaine. Vous avez le droit d'être informé mais que l'on n'impose pas des idées toutes faites, de la part de gens qui pensent d'eux-mêmes qu'ils sont les meilleurs. Par définition, un savant doit être modeste et devrait avoir comme devise celle de Montaigne "Que sais-je" ou la dernière phrase dite par Jacques Monod au moment de sa mort : "Je cherche à comprendre"

Mise en garde : Il est important de noter que les escrocs qui construisent leurs tours au nom de la science, utilisent des pratiques (naturellement, pas toutes) qui appartiennent à la science, afin de prétendre avoir une pratique scientifique. Une façon classique de faire est d'utiliser la reproductibilité comme seul critère scientifique de validité. Naturellement, ces escrocs vous demandent de reproduire leurs expériences. Mais, bien sûr, les erreurs systématiques (comme l'indique leur nom) sont reproductibles ! La façon de tester une escroquerie est simple : demander d'abord si un contrôle a été effectué (correctement). Par exemple, certains affirment que les molécules biologiques peuvent avoir un effet quand elles sont diluées au delà du nombre d'Avogadro (ce qui signifie que seul leur fantôme pourrait être actif). Eh bien, le contrôle de l'expérience est évident (mais jamais fait : les escrocs refusent évidemment de contrôler leurs expériences) : demandez à ces personnes de mesurer la concentration de tous les composées de leur mélanges (il n'y a pas d'eau pure, par exemple, car elle contient toujours des impuretés mesurables, comme on peut le voir sur les étiquettes d'eaux minérales : même la silice est soluble dans l'eau!), avant d'aller plus loin (c'est le contrôle qu'on demanderait à n'importe quel étudiant, et c'est aisé à faire). Maintenant, si vous voulez reproduire correctement l'expérience en cause il vous faudra suivre la concentration des atomes et molécules présents dans le mélange (de façon à savoir ce que vous êtes en train de faire). Vous pouvez parier qu'ils ne le feront jamais, mais qu'il vous demanderont de refaire leur expérience! C'est le truc... Le magazine à la mode Nature a ainsi publié un mémoire sur la "mémoire de l'eau" où absolument aucun contrôle de la qualité de l'eau n'avait été fait ni même proposé ! L'étude soigneuse de ce "travail" scandaleux est un excellent test pour étudier sa propre crédulité.

Un travail remarquable (à nouveau, publié par Nature, qui aurait dû mieux faire il y a 15 ans que de publier le délire d'une personnalité grossièrement irrationnelle) démontre qu'il y a une perte ultrarapide de la mémoire et de l'énergie, correspondant à la redistribution du réseau des liaisons hydrogène de H2O. Cette perte de mémoire de tout état particulier de l'eau se fait en moins de 50 femtosecondes (50 millièmes de milliardième de seconde)...

Un amusant site (en anglais) expose les délires et les tricheries les plus communs en biologie: on y trouve d'autres liens à toutes sortes de questions qu'on peut se poser à propos de la biologie. Un simple contrôle des expériences de "haute dilution" se trouve exposé dans une lettre à Nature 334, 286 (28 Juillet 1988). Bien entendu ce contrôle n'a jamais été réalisé tant les intérêts financiers en jeu sont importants, même pour la note à payer par la Sécurité Sociale: ces "expériences" utilisent la silice, mais n'ont jamais remarqué que les silicates sont solubles dans l'eau (et la silice s'hydrate et devient soluble dès qu'on la met dans l'eau) et sont donc présents dans tous les échantillons d'eau qui ont été mis dans du verre! Il suffit d'ailleurs de lire les étiquettes des eaux minérales pour s'en convaincre, mais qui a ce sain réflexe avant de croire n'importe quel charlatan, fût-il protégé par le pouvoir politique en place.

Printemps 2002: le magazine Science, publie un nouvel article sur la "fusion froide", malgré l'avis très négatif de la communauté des physiciens.  Ce très mauvais travail augmentera certainement le Facteur d'Impact du journal... Voir par exemple (la liste est malheureusement en croissance constante, et c'est juste à titre d'illustration) :

rétraction: Metal-insulator transition in chains with correlated disorder

PEDRO CARPENA, PEDRO BERNAOLA-GALVAN, PLAMEN CH. IVANOV & H. EUGENE STANLEY

rétraction: A cytosolic catalase is needed to extend adult lifespan en C. elegans daf-C and clk-1 mutants

J. TAUB, J. F. LAU, C. MA, J. H. HAHN, R. HOQUE, J. ROTHBLATT & M. CHALFIE

Une autre rétraction en microbiologie (février 2002): le magazine Science a publié une "intéressante" étude sur la nature clonal d'isolats virulents de Staphylococcus aureus dans la nature. Ce travail est maintenant retiré: Science (2002) 295: 971. Encore un autre moyen (involontaire) d'augmenter le Facteur d'Impact d'un journal...

Voici encore le cas d'un travail cochonné (aux mieux) publié dans des journaux estimés. Cette fois à propos d'un sujet important  et pour lequel il est crucial d'avoir de bonnes observations (la surveillance des Organismes Génétiquement Modifiés). Cela démontre le dangereux impact de la mode dans les journaux scientifiques.

      "DNA Contamination Feared," déclarait le Washington Post l'automne dernier. L'ADN génétiquement modifié pourrait 'polluer' le maïs," avertissait USA Today. Ces deux articles— de même que bien d'autres media dans le monde—rapportaient les résultats d'une étude publiée dans le prestigieux journal Nature. Les membres anti-biotechnologie de Greenpeace, des Amis de la Terre, et l'Union of Concerned Scientists s'en sont immédiatement emparés pour tenter d'obtenir un embargo sur la plantation et l'exportation de récoltes provenant d'organismes génétiquement modifiés, alors que le sujet mérite une vraie analyse.

      Or une revue détaillée parue en février 2002 dans le journal Transgenic Research, trouve qu'"aucune preuve crédible n'est présentée dans le papier de [Chapela et Quist] pour étayer l'affirmation par les auteurs qu'un flux de gènes entre le maïs transgenique et des races traditionnelles de maïs a eu lieu." La revue précise, "Il est très probable que le rapport de Quist et Chapela est la manifestation d'échecs techniques et des artefacts courants lorsqu'on utilise la PCR et l'IPCR." De façon classique les faux positifs de la PCR arrivent parce que les échantillons sont facilement contaminated avec le materiel qu'on a testé. Or ce sujet mérite mieux : il est tout à fait possible qu'apparaissent des transferts de gènes (et il serait intéressant de les connaître pour les plantes domestiques, vers leurs parents sauvages, puisque la domestication est très ancienne), mais cela doit être mesuré d'autant plus sérieusement qu'on prend le sujet à cœur.

    Une étude Allemande sur un possible vaccin contre le cancer vaccins a été purement et simplement inventée par ses auteurs (discuté dans Nature vol. 412 p. 8: article original Nature Medicine Kugler et al.). Malheureusement les articles qui publient des fraudes sont rarerétractés et, plus grave, les articles rétractés sont encore cités pendant longtemps....

Autres faux...


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