Trucs sérieux / Serious stuff

Mémoires de Thèse et DEA / PhD and Master dissertations

Mon mémoire de thèse (et le diaporama de la soutenance) / My PhD thesis (and the defense slides):
Fiabilité des clades et congruence taxinomique. Aplication à la phylogénie des téléostéens acanthomorphes (2008).
Mon mémoire de DEA / My Master's thesis:
Phylogénie des Herpestidae (2004).

Articles / Papers

Caro et al. (2023).
Titre / Title: BioConvert: a comprehensive format converter for life sciences.

Bussotti et al. (2023).
Titre / Title: Leishmania allelic selection during experimental sand fly infection correlates with mutational signatures of oxidative DNA damage.

Cornes et al. (2022).
Titre / Title: piRNAs initiate transcriptional silencing of spermatogenic genes during C. elegans germline development.

Singh et al. (2021).
Titre / Title: Translation and codon usage regulate Argonaute slicer activity to trigger small RNA biogenesis.

Quarato et al. (2021).
Titre / Title: Germline inherited small RNAs facilitate the clearance of untranslated maternal mRNAs in C. elegans embryos.

Barucci et al. (2020).
Titre / Title: Small RNA-mediated transgenerational silencing of histone genes impairs fertility in piRNA mutants.

Barckmann et al. (2018).
Titre / Title: The somatic piRNA pathway controls germline transposition over generations

Akkouche et al. (2017).
Titre / Title: Piwi is required during Drosophila embryogenesis to license dual-strand piRNA clusters for transposon repression in adult ovaries

Pinzon et al. (2017). and its supplement.
Titre / Title: microRNA target prediciton programs predict many false positives

Mugat et al. (2015).
Titre / Title: MicroRNA-dependent transcriptional silencing of transposable elements in Drosophila follicle cells

Li et al. (2014) and its supplement.
Titre / Title: Compositional biases among synonymous substitutions cause conflict between gene and protein trees for plastid origins

Cox et al. (2014).
Titre / Title: Conflicting phylogenies for early land plants are caused by composition biases among synonymous substitutions

Chaubey et al. (2014).
Titre / Title: Unravelling the distinct strains of Tharu ancestry

Li (2013) and its supplement.
English title: Evaluating strategies of phylogenetic analyses by the coherence of their results
Titre en français: Évaluation des stratégies d’analyse phylogénétique par la cohérence de leurs résultats
URL: (version de l'auteur / author's version)

Li et al. (2010).
Titre / Title:, a python script to detect reliable clades
Les scripts Python qui accompagnent l'article sont ici.
The Python scripts that go with the paper are here.

Ropiquet et al. (2009).
English title: SuperTRI: A new approach based on branch support analyses of multiple independent data sets for assessing reliability of phylogenetic inferences
Titre en français: SuperTRI : une nouvelle approche reposant sur l'analyse de plusieurs jeux de données indépendants pour évaluer la fiabilité des inférences phylogénétiques
Le script Python qui accompagne l'article est ici.
The Python script that goes with the paper is here.

Khonsari et al. (2009).
Titre / Title: Agnathan brain anatomy and craniate phylogeny

Li et al. (2009).
Titre / Title: RNF213, a new nuclear marker for acanthomorph phylogeny

Li and Lecointre (2009) and its supplement.
Titre / Title: Formalizing reliability in the taxonomic congruence approach

Perez et al. (2006).
Titre / Title: Systematic relationships of the bushy-tailed and black-footed mongooses (genus Bdeogale, Herpestidae, Carnivora) based on molecular, chromosomal and morphological evidence

Présentations orales / Oral communications

Li (2012).
Titre / Title: Évaluation des stratégies d'analyse phylogénétique par la cohérence des résultats.
Communication orale lors des journées 2012 de la Société Française de Systématique (SFS).
Oral communication (in French, with slides in English) at the French Systematics Society 2012 meeting.

Li et al. (2012).
Titre / Title: Diagnosing phylogenetic conflict between genes and proteins: Evidence for the origin of plastids.
Communication orale lors de la conférence SMBE 2012 (Dublin).
Oral communication at the SMBE 2012 (Dublin) meeting.

Li et al. (2008).
Titre / Title: Surprizing findings in the acanthomorph large-scale interrelationships.
Communication orale lors de la conférence ICZ 2008 (Paris).
Oral communication at the ICZ 2008 (Paris) meeting.

Li_and_Lecointre (2005).
Titre / Title: Towards a reliability index for clades: An application on acanthomorph teleosts.
Communication orale lors de la conférence ASIH 2005 (Tampa).
Oral communication at the ASIH 2005 (Tampa) meeting.

Posters / Posters

Li and_Seitz (2016).
Titre / Title: Does microRNA seed match conservation guarantee miRNA targeting?
Poster présenté (par moi) lors des journées de l'IGH 2015 puis (par Hervé Seitz) lors de la conférence SifrARN 2016 (Toulouse).
Poster presented (by me) at the IGH days 2015 and then (by Hervé Seitz) at the SifrARN 2016 (Toulouse) meeting.

Pinzón et al. (2014).
Titre / Title: Predicted conserved targets of microRNAs are abundant enough to titrate them.
Poster présenté lors de la conférence Microsymposium 2014 (Vienne).
Poster presented at the Microsymposium 2014 (Vienna) meeting.

Li and Foster (2011).
Titre / Title: An eTBR proposal for non-binary trees in MCMC Bayesian phylogeny.
Poster présenté lors de la conférence EBM 2011 (Marseille).
Poster presented at the EBM 2011 (Marseilles) meeting.

Autres productions / Other productions

Un papier non accepté, en génétique des populations humaines (travail datant de 2010) / A non accepted paper, in human population genetics (work done during the year 2010).
Titre / Title: An exploratory analysis of combined genome-wide SNP data from several recent studies.
Les figures du papier ci-dessus sont disponibles sur / The figures of the above paper are available on:

Ailleurs sur la toile / Elsewhere on the web

Page ORCID / ORCID page


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