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Metabolic Bioremediation  
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   CONFÉRENCES, DÉBATS, FORMATION

CONFÉRENCES INTERNATIONALES (en anglais)

 

AMAbiotics est une entreprise consacrée à la recherche. Elle repose donc sur le partage du savoir, et participe à des conférences, débats et formations mettant en œuvre ses compétences originales en biotechnologie, biologie des systèmes et biologie synthétique

Hypothèses sur les origines de la vie
Académie des sciences
16-17 septembre 2013 (vidéo video)

« Scénario pour l'invention des premières cellules »

Ce qu'on sait de la vie telle qu'elle est aujourd'hui nous permet de proposer des scénarios d'origine. C'est que, malgré le passage de plus de trois milliards d'années, le matériel génétique des cellules contient encore des vestiges compréhensibles, archives du passé lointain. La fonction des gènes qui tendent à persister dans une majorité de génomes, et leur répartition dans le texte génomique définit trois grands ensembles qui nous donnent une idée de la genèse des premières cellules. Le premier constitue un ensemble très fragmenté (ce qu'on peut attendre d'un passé trés ancien). Il conserve la mémoire de la synthèse des coenzymes, d'acides aminés, des nucléotides et des lipides via un métabolisme original utilisant des molécules chargées, contenant du phosphate en particulier. Ce métabolisme privilégie les structures contenant du fer et du soufre, et gère l'acquisiton de l'azote. Il est plausible d'imaginer qu'il s'agissait à l'origine d'un métabolisme de surface. Le second ensemble de gènes persistants s'organise autour du codage des enzymes qui chargent les acides aminés sur les ARN de transfert, faisant apparaître un monde où les ancêtres de ces ARN seraient le substrat du métabolisme. Il contient aussi un ensemble dont le rôle est de gérer la division cellulaire, indiquant que les protocellules pouvait fusionner et se scinder tour à tour. Le troisième est presque entièrement structuré autour de la nanomachine qui réalise la traduction du message génétique, et il contient les premiers élements de la réplication de ce message. Pour former cet ensemble l'ARN a découvert son aptitude à jouer le rôle de matrice de support du code génétique.
Cela conduit au scénario suivant. Un monde minéral où fer, soufre et phosphate jouent un rôle central permet la genèse d'un premier métabolisme de surface qui va produire les éléments de base de la vie, spécialement les coenzymes, les lipides et les nucléotides (en lien avec la fixation de l'azote). Suit le temps de la polymérisation des métabolites de base, donnant naissance à un monde où l'ARN est central pour le métabolisme, et se substitue peu à peu aux surfaces. A cette étape les populations des premières cellules, formées par l'isolement de compartiments permis par la formation de double feuillets lipidiques, fusionnent et se scindent, transférant d'une population à l'autre des caractéristiques métaboliques différentes. L'ARN découvre sa capacité d'autocomplémentarité, ce qui fait apparaître son rôle de matrice symbolique, et non plus de substrat chimique, et crée le monde des génomes ARN. Des populations cellulaires se forment où une propriété centrale est celle d'un processus semblable à la phagocytose. L'ADN est inventé et stabilise la mémoire des cellules. L'existence d'une phagocytose généralisée, qui permet les échanges métaboliques et le transfert rapide de l'innovation, crée en même temps l'occasion d'y échapper, de deux manières possibles. D'une part la formation d'une enveloppe réfractaire, et d'autre part la fuite vers un environnement hostile. Dans le premier cas les Bactéries apparaissent, à partir d'une réinvention de la synthèse de la lysine, via l'acide diaminopimélique (au cœur de leur paroi) et non plus l'aminoadipate. Dans le deuxième cas des lipides nouveaux, résistants, permettent aux Archées de vivre en milieu très chaud ou très salé. Ces deux ensembles échappent presque entièrement à la population des phagocytes, qui vont cependant réussir à absorber des bactéries, et ainsi donner naissance aux Eucaryotes.


Institut Diderot, Paris
La biologie synthétique
Lundi 10 juin 2013, 20h30-22h30

Ecole des Mines de Paris

Biotechnologie 2013

Mardi 25 juin 2013, 9h45 - 12h30
Fonctions de base et fonctions auxiliaires pour la biologie synthétique

Cours de biotechnologie 2012

Jeudi 21 juin 2012, 9h45 - 12H15

Contraintes de la Biologie Synthétique
Antifragilité et bricolage
microme

 

Centre Cavaillès et Comité pour l'Histoire

Histoire de séquençage

Ecole Normale Supérieure, Salle des Actes, Paris
Samedi 15 mars 2012, 17h30-19h30
A l'origine de la génomique microbienne en France et dans le Monde

Institut des Hautes Etudes pour la Science et la Technologie

Biologie de synthèse : émergence d'une discipline scientifique ou rêve de la biologie?

Mercredi 18 janvier 2012, 9h - 10H30

La biologie de synthèse : Ouvertures et limites d'une révolution scientifique

L'avatar actuel de la biologie synthétique (BS) suppose que nous en savons assez pour pouvoir construire la vie à partir de zéro, ou, du moins, modifier cellules et organismes afin qu'ils deviennent des usines cellulaires. Avec cette perspective la BS combine deux entités distinctes, programme et châssis. La plupart des travaux fait comme si la cellule hôte allait accueillir des constructions entièrement artificielles et se comporter comme prévu, faisant les bons produits, avec le bon rendement, au bon moment. Il y a pourtant bien des obstacles à ce rêve. Après avoir souligné un caractère essentiel de l'usine cellulaire : le programme se réplique (fait des copies identiques à lui-même), tandis que la cellule se reproduit (fait des copies semblables à elle-même), nous passerons en revue ici quelques-unes des caractéristiques spécifiques du châssis cellulaire ainsi que quelques-unes des contraintes cachées qui risquent de compromettre la réussite industrielle de la BS à grande échelle.

Ecole des Mines de Paris

Cours de biotechnologie

Jeudi 16 juin 2011, 9h45 - 12H15

Antifragilité et bricolage en biologie microme

 

Cité des Sciences

Science et Philosophie
Les Machines
La Villette, Paris, Samedi 28 mai 2011, 10h30-13h
Machines vivantes: Le projet de la Biologie Synthétique microme

 

AgroParisTech

Biologie Intégrative 2011

Sciences et Technologies du Vivant et de l’Environnement

Mardi 8 février 2011, 14h - 17h

Antifragilité et Biologie Synthétique
avec une introduction épistémologique à propos de l'arsenic chez les organismes vivants et ce que doit être la science, et pourquoi penser en ingénieur aide à la respecter

Ecole Normale Supérieure

Ecole doctorale - Evolution 2011

Mardi 25 janvier 2011, 9h30 - 12h30

 

Antifragilité et Biologie Synthétique
avec une introduction sur le cauchermar de l'arsenic et ce que doit être la vraie science, et pourquoi penser en ingénieur aide à la respecter

LIX Ecole Polytechnique

LIX - BioInformatique Colloquium 2010

Lundi 8 novembre 2010, 17h15 - 18H15

 

Reproduction vs replication: a role for Maxwell's demon

Ecole des Mines de Paris

Cours de biotechnologie

Lundi 21 juin 2010, 15h30 - 18H30

 

Les gènes du démon de Maxwell

Bibliothèque publique d'information

Débat public autour de la revue BoOks, avec Pierre Jacob, Nicolas Baumard, Olivier Postel-Vinay

Centre Pompidou,
Lundi 10 mai 2010, 19h

 

Les gènes du bien et du mal
Si l'homme est bon, pourquoi est-il méchant ?

Ecole Centrale

Table ronde Biotechnologie pour la Santé

Vendredi 2 avril 2010, 8h30-12h
Ecole Centrale - amphi 7
Grande Voie des Vignes, Châtenay-Malabry

centrale

 

 

Présentation conférence180110

 

 

X-Biotech

La Biologie Synthétique: enjeux et défis

Lundi 18 janvier 2010, 19h00
Ecole des Mines de Paris - amphi L109
60, Bld Saint Michel, Paris 6ème

mines

 

 

Présentation conférence180110

 



Dans un contexte où l'industrie investit considérablement dans ce qui est présenté comme un discipline nouvelle, la Biologie Synthétique, il nous faut faire la part des choses, et permettre des choix motivés. L'exposé a montré qu'il ne suffit pas de promettre pour réussir, et que des contraintes spécifiques à la biologie sont à prendre en compte. C'est à cette condition, et à cette condition seulement, que ce nouvel avatar des biotechnologies, où le métabolisme a un rôle central, à condition d'être associé au rôle de piège à information des organismes vivants, que viendra le succès. AMAbiotics a fondé son projet de développement dans cette perspective.

Ecole doctorale interdisciplinaire Paris 6

6 janvier 2010 Cours à l'Ecole Normale Supérieure, rue d'Ulm

Cours de Mastère I, évolution

Les gènes du démon de Maxwell (2,5 Mo)

 

 
 


 

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