Les paramètres avec § dans la liste ci-dessus ne sont modifiables que par édition du fichier .pmathrc, les autres sont modifiés par des commandes de pMATH si l'on sauve une configuration. La configuration est modifiée en changeant la géométrie de la fenêtre (lignes 1 et 2), par les menus «Options» (lignes 3, 28, 29, 30, 31 et 64) et «Fontes» (lignes 18 à 27), fonte de travail), soit enfin en compilant une mise en page (lignes 33 à 52 et 63 mais aussi les lignes 18 à 27 qui sont laissées dans les conditions à la fin de l'impression).
Sauf pour les lignes 32, 36 et 65 à 71, tous les caractères suivant le premier espace sont ignorés (commentaires). Notes particulières : Lignes 1 et 2: en pixels écran. Lignes 5 et 6: couleurs à l'écran du trait et du fond des caractères «ordinaires» données par leurs codes easyX11 (1=bleu, 2=vert, 3=rouge, 4=blanc, 5=noir et 6=gris) Lignes 7 à 12: les caractères spéciaux sont ceux de la fonte auxiliaire (la fonte 1 au démarrage) qui est généralement utilisée pour les symboles mathématiques mais peut avoir un autre usage (p.ex. les caractères cyrilliques) car les caractères de cette fonte sont affichés dans l'éditeur comme ils apparaissent à l'impression et non comme les caractères de même code de la fonte de visualisation à l'écran (voir ligne 64). Lignes 11, 12 et 13: caractère et sa couleur utilisé à la place de l'espace «ordinaire» (personnellement je met un point vert pour pouvoir compter les espaces). Lignes 16 et 17: La couleur «fond» est utilisée pour les ascenseurs, les menus déroulants les commentaires du mode d'emploi etc. Ligne 32: si la valeur est suivie de «/cm» pMATH utilise les centimètres pour les commandes et le reste du fichier de configuration, sinon pMATH comprend les dimensions en pouces. Lignes 53 à 62: Les fichiers correspondants ne doivent pas nécessairement être encapsulés, car le fond de page sera ajusté aux dimensions de la feuille. On peut très bien utiliser pMATH pour faire un fond de page ! Noter que les traits «clipés» sont pris en compte dans l'ajustement de l'échelle (c'est ce qui permet d'avoir un fond de page qui ne couvre pas nécessairement toute la surface de la feuille). Lignes 65 à 71: Il faut être extrêmement prudent pour modifier ces lignes (et connaître le langage PostScript) Les caractères sont définis de façon arbitraire sur un espace 10001000 et sont mis à une échelle double de celle de la fonte 1 pour les caractères 0 à 5, le caractère 6 est recalculé à chaque usage en fonction de la taille de ce qui est dans la racine, les autres caractères sont mis à l'échelle de la fonte 1.
Les dimensions de la fenêtre pMATH peuvent généralement être modifiées à partir du window manager par exemple sous twm, la commande f.resize (par défaut, cette commande est dans le menu appelé en cliquant sur le fond d'écran avec le bouton de droite) permet de changer la taille d'une fenêtre. Généralement pMATH met quelques secondes à se reconfigurer, donc soyez patient si vous faites plusieurs f.resize à la suite par exemple en bougeant les quatre coins d'une fenêtre...
Pour changer les dimensions relatives des sous­fenêtres, utiliser la huitième ligne du menu «Options».
Pour changer la fonte de caractère courante, les commandes et les échelles de visualisation/impression, utilisez le menu «Options». Pour rappel, l'échelle 0 correspond à une sortie Postscript une par une de toutes les pages sélectionnées dans un seul fichier pmath.out.PS définissant aussi le nombre de copies. La commande d'impression est appelée une fois par page en fin d'impression. Les autres valeurs (entières) de l'échelle correspondent à une sortie sous forme d'images TIM ou SunRaster à «échelle» points par pixel. Ces sorties sont successives (une par page) dans les fichiers pmath.out.1 et pmath.out.inf (éventuellement pmath.out.2 et pmath.out.3 si l'option couleur est sélectionnée ou pmath.out.ras en mode SunRaster). La commande d'impression est alors appelée une fois par page.
Les autres paramètres de configuration, sauvegardés par la ligne «Sauve la configuration» du menu «Options», sont ceux valides à l'issue (c'est­à­dire sur la dernière page) de la dernière impression/visualisation/vérification effectuée, à l'exception toutefois du numéro de la première page qui correspond à celui de la première page imprimée/visualisée/vérifiée. (voir le chapitre commandes d'impression pour le détail sur ces modifications)