ENSEIGNEMENT
Andrew STEANE
Cours, lectures et conférences en France
Philosophie, Histoire des Sciences, Génomique
Jeudi 21 novembre 2019, 17h15
Mardi 7 mai 2019, 10h-11h (séminaire
de travail Stanislas Noria)
Vendredi 15 février 2019, 14h15-16h (séminaire
de travail Stanislas Noria)
Lundi 22 octobre 2018, 14h-16h
Samedi 30 juin 2018, 14h-15h30
Lundi 14 mai 2018, 14h15
Mercredi 13 septembre 2017,
10h30-12h
Mardi 13 septembre 2016, 15h15-16h
Présentation (texte anglais)
Mercredi 10 décembre 2014, 14h-14h40
23, quai de Conti, Paris
Mardi 25 novembre 2014, 15h
Lundi 10 juin 2013, 20h30-22h30
Samedi 15 mars 2012, 17h30-19h30
Samedi 28 mai 2011, 10h30-13h
Vendredi 15 octobre 2010, Salle des Actes
Lundi 10 mai 2010, 19h
Les gènes du bien et du mal
Si l'homme est bon, pourquoi est-il méchant ?
Apprendre par stabilisation sélective de synapses en développement
Hypothèses sur les origines de la vie
Académie des sciences
16-17 septembre 2013 (vidéo 
)
« Scénario pour l'invention des premières cellules »
Ce qu'on sait de la vie telle qu'elle est
aujourd'hui nous permet de proposer des scénarios d'origine. C'est
que, malgré le passage de plus de trois milliards d'années, le
matériel génétique des cellules contient encore des vestiges
compréhensibles, archives du passé lointain. La fonction des gènes qui
tendent à persister dans une majorité de génomes, et leur répartition
dans le texte génomique définit trois grands ensembles qui nous
donnent une idée de la genèse des premières cellules. Le premier
constitue un ensemble très fragmenté (ce qu'on peut attendre d'un
passé trés ancien). Il conserve la mémoire de la synthèse des
coenzymes, d'acides aminés, des nucléotides et des lipides via un
métabolisme original utilisant des molécules chargées, contenant du
phosphate en particulier. Ce métabolisme privilégie les structures
contenant du fer et du soufre, et gère l'acquisiton de l'azote. Il est
plausible d'imaginer qu'il s'agissait à l'origine d'un métabolisme de
surface. Le second ensemble de gènes persistants s'organise autour du
codage des enzymes qui chargent les acides aminés sur les ARN de
transfert, faisant apparaître un monde où les ancêtres de ces ARN
seraient le substrat du métabolisme. Il contient aussi un
ensemble dont le rôle est de gérer la division cellulaire, indiquant
que les protocellules pouvait fusionner et se scinder tour à tour. Le
troisième est presque entièrement structuré autour de la nanomachine
qui réalise la traduction du message génétique, et il contient les
premiers élements de la réplication de ce message. Pour former cet
ensemble l'ARN a découvert son aptitude à jouer le rôle de matrice
de support du code génétique.
Cela conduit au scénario suivant. Un monde minéral où fer, soufre et
phosphate jouent un rôle central permet la genèse d'un premier
métabolisme de surface qui va produire les éléments de base de la vie,
spécialement les coenzymes, les lipides et les nucléotides (en lien
avec la fixation de l'azote). Suit le temps de la polymérisation des
métabolites de base, donnant naissance à un monde où l'ARN est central
pour le métabolisme, et se substitue peu à peu aux surfaces. A cette
étape les populations des premières cellules, formées par l'isolement
de compartiments permis par la formation de double feuillets
lipidiques, fusionnent et se scindent, transférant d'une population à
l'autre des caractéristiques métaboliques différentes. L'ARN découvre
sa capacité d'autocomplémentarité, ce qui fait apparaître son rôle de
matrice symbolique, et non plus de substrat chimique, et crée le monde
des génomes ARN. Des populations cellulaires se forment où une
propriété centrale est celle d'un processus semblable à la
phagocytose. L'ADN est inventé et stabilise la mémoire des cellules.
L'existence d'une phagocytose généralisée, qui permet les échanges
métaboliques et le transfert rapide de l'innovation, crée en même
temps l'occasion d'y échapper, de deux manières possibles. D'une part
la formation d'une enveloppe réfractaire, et d'autre part la fuite
vers un environnement hostile. Dans le premier cas les Bactéries
apparaissent, à partir d'une réinvention de la synthèse de la lysine,
via l'acide diaminopimélique (au cœur de leur paroi) et non plus
l'aminoadipate. Dans le deuxième cas des lipides nouveaux, résistants,
permettent aux Archées de vivre en milieu très chaud ou très salé. Ces
deux ensembles échappent presque entièrement à la population des
phagocytes, qui vont cependant réussir à absorber des bactéries, et
ainsi donner naissance aux Eucaryotes.
Confèrences du Centre International de
Synthèse
Collège de France
7 février 1990
Lundi 15 février 2016, Amphithéâtre Buffon
Un châssis inoffensif pour la Biologie Synthétique : Est-ce une
vraie question ?
Mardi 7 janvier 2014, Grande Salle des Séances
Biologie de synthèse : Peut-on oublier qu'une machine lit le
programme ?
Mercredi 18 janvier 2012, 9h - 10h30
La biologie de synthèse : Ouvertures et limites d'une révolution
scientifique
L'avatar actuel de la biologie synthétique (BS) suppose que nous en savons assez pour pouvoir construire la vie à partir de zéro, ou, du moins, modifier cellules et organismes afin qu'ils deviennent des usines cellulaires. Avec cette perspective la BS combine deux entités distinctes, programme et châssis. La plupart des travaux fait comme si la cellule hôte allait accueillir des constructions entièrement artificielles et se comporter comme prévu, faisant les bons produits, avec le bon rendement, au bon moment. Il y a pourtant bien des obstacles à ce rêve. Après avoir souligné un caractère essentiel de l'usine cellulaire : le programme se réplique (fait des copies identiques à lui-même), tandis que la cellule se reproduit (fait des copies semblables à elle-même), nous passerons en revue ici quelques-unes des caractéristiques spécifiques du châssis cellulaire ainsi que quelques-unes des contraintes cachées qui risquent de compromettre la réussite industrielle de la BS à grande échelle.
Sciences et Technologies du Vivant et de
l’Environnement
Mardi 8 février 2011, 14h - 17h
avec une introduction à propos de
l'arsenic chez les organismes vivants et ce que doit être la
science, et comment penser
en ingénieur aide à la respecte
vec Pierre Jacob, Nicolas Baumard, Olivier Postel-VinayCentre Pompidou
Lundi 10 mai 2010, 19h
Ecole Centrale - amphi 7
Grande Voie des Vignes, Châtenay-Malabry 
Présentation (1,5 Mo)
X-Biotech
Présentation (1,5 Mo)
Dans un contexte où l'industrie investit considérablement dans ce qui est présenté comme un discipline nouvelle, la Biologie Synthétique, il nous faut faire la part des choses, et permettre des choix motivés. L'exposé a montré qu'il ne suffit pas de promettre pour réussir, et que des contraintes spécifiques à la biologie sont à prendre en compte. C'est à cette condition, et à cette condition seulement, que ce nouvel avatar des biotechnologies, où le métabolisme a un rôle central, à condition d'être associé au rôle de piège à information des organismes vivants, que viendra le succès. AMAbiotics (renommée Stellate Therapeutics) a fondé son projet de développement dans cette perspective.
Présentation (0.660 Mb) 
Présentation en anglais (0.580
Mb)
Saurons-nous synthétiser la vie ? 8, 15, 22 janvier 2009, La Villette, 18h30
La cellule et l'ordinateur : quels points communs ?
La vie comme piège à information
L'usine cellulaire synthétique : réalité ou fiction ?
Université de tous les savoirs
2008 Cycle: Qu'est-ce que la vie?
Peut-on concevoir la cellule comme un ordinateur qui ferait des ordinateurs ?
2000 Quatrième conférence, cycle: Qu'est-ce que la vie?
L'identité génétique
coordonné par Yves Michaud, Odile Jacob (2000) 1: 59-68Deux lois fondamentales régissent la génétique. La première est la conservation de la mémoire. Elle est permise par la structure de la molécule d'ADN, support de l'information génétique. Celle-ci est constituée de deux brins en vis-à-vis utilisant la complémentarité des bases deux à deux. Il est donc possible de recopier l'information en séparant les deux brins pour leur associer à chacun un nouveau brin complémentaire. Cette réplication est indépendante de la signification de l'information recopiée. La seconde loi correspond à l'existence d'un code génétique. Il s'agit d'une règle de correspondant entre deux niveaux, les acides nucléiques et les protéines. Les mécanismes de copie de l'information génétique font des erreurs qui créent des formes non identiques sur lesquelles la sélection exerce un tri passif. Il n'y a pas survie du plus apte mais simplement élimination du moins apte. Le concept de fonction est central. Toute fonction est issue d'une évolution et contrainte par une structure. La genèse des fonctions a lieu de façon opportuniste à partir de moyens préexistants. L'évolution va donc créer de nouvelles fonctions en capturant des structures déjà utilisées pour d'autres fonctions. Le but de tout organisme est d'occuper le plus de place possible. La première solution consiste à se dupliquer. Comme des variants apparaissent il faut ensuite cohabiter avec l'autre. La première réaction est de chercher à l'éliminer. Des sondes, des capteurs ont ainsi été créés pour déterminer si l'autre est identique ou différent de soi-même. Des relais sont ensuite activés jusqu'à la fabrication et la libération dans l'environnement d'une substance ou antibiotique qui puisse tuer l'autre. D'autres interactions entre les organismes peuvent être la coopération, le parasitisme ou la création d'organismes multicellulaires. L'ordre des gènes sur les chromosomes n'est pas innocent. Ainsi, il existe pour les gènes du développement une correspondance entre l'ordre des gènes et la disposition des parties du corps de l'animal qu'ils induisent. L'ordre tête, thorax, abdomen puis queue est ainsi respecté.
Centre International de Synthèse
Réflexion sur les origines, Collège de France, 7 février 1990, 20h
L'aurore des pierres (aux origines de la vie)
, 9h30 - 12h30Antifragilité et Biologie Synthétique
avec une introduction sur le cauchermar de l'arsenic et ce que doit être la vraie science, et pourquoi penser en ingénieur aide à la respecter, 9h30 - 12h30
Les gènes du démon de Maxwell9h30 - 12h30
Archives ou Palimpsestes ? Les génomes bactériens nous parlent de l'origine de la vie
Les gènes du démon de Maxwell
(836 Ko)
Les organismes vivants comme pièges à
information
(1,2 Mo)
Cours de Biotechnologie à l'École des Mines de Paris
Biotechnologie 2013
Mardi 25 juin 2013, 9h45 - 12h30
Fonctions de base et fonctions auxiliaires pour
la biologie synthétique
Biotechnologie 2012
Jeudi 21 juin 2011, 9h45 - 12h30
Biotechnologie 2011
Jeudi 16 juin 2011, 9h45 - 12h15
Biotechnologie 2010
Lundi 21 juin 2010, 15h30 - 18h30
1993 -1998
Introduction épistémologique : produire un savoir scientifique en Occident, la méthode critique générative [an outline in English]
Illustration de cette méthode en Intelligence Artificielle, le pilotage intelligent des fermenteurs
Qu'est-ce que la Vie ?
Métabolisme/Compartimentation/Mémoire/Manipulation [résumé en Français, summary in English]
Le dogme central de la biologie moléculaireAux origines de la vie : une chimie de surfaces
Métabolites et coenzymes
Acides nucléiques
Les ARN catalytiques
Origine de la traduction
Une question énigmatique, l'origine des nucléotides [résumé en Français, summary in English]Le génie génétique
Rappels de biologie moléculaire
Typogénétique
Organisation de la cellule
La correction des erreurs
Méthodes : conjugaison, plasmides
Exemples biotechnologiques : vaccination, protéines recombinées, immunoprotéinesLe futur de la biologie et de la biotechnologie: le séquençage des génomes entiers
Pourquoi séquencer ?
Génomes modèles
Acquisition des données
Exploitation
GestionInformation et génomes
Modèles de la différenciation
Cours de Microbiologie générale de l'Institut Pasteur
1972 -1976 Cours
d'option "Biologie" à l'École Polytechnique
21, rue Descartes, Paris Ve
|
The
first formal account of the creation of the course in
Biology, at the Ecole Polytechnique in the mid-1970's,
with Maurice Guéron, was summarized in a first book in
french
|
Le premier exposé détaillé de la création du cours de Biologie à l'École Polytechnique avec Maurice Guéron, au milieu des années 1970, a donné lieu à un premier livre |
Ordre et Dynamique du Vivant. Chemins de la Biologie
Moléculaire
Le Seuil (1978) 350 pages
SCIENCE