On cherche à déterminer les ancêtres d'un échantillon de population sous des conditions particulières : à l'instant initial, un gène mute de manière bénéfique chez un individu, si bien que quelques générations plus tard, la population toute entière va être porteuse du mutant.
L'évolution des gènes alentours étant corrélée à l'évolution de ce gène sous sélection positive, on s'intéresse à l'histoire de l'échantillon en chacun de ces sites.