COMPILATION Pour compiler le programme et les utilitaires, lancer la commande ./install . Cette commande compile les utilitaire distances (programme caml calculant les distances de Levenshtein sur les fichiers entrés), ainsi que neighbor, drawtree et drawgram (programmes du package phylip utilisé en biologie pour établir des liens de parenté entre les espèces à partir de séquences d'ADN), et enfin clearcut. UTILISATION Pour établir une matrice de distances de Levenshtein entre différents textes et en extraire un arbre non enraciné (selon l'algorithme neighbor-joining utilisé en phylogénie), lancer la commande ./calcul sur un répertoire contenant les fichiers à comparer. Par exemple, si les collations d'un même passage (et uniquement elles ) se trouvent dans le répertoire ~/COLLATIONS/, il suffit de lancer la commande ./calcul ~/COLLATIONS/ Cette commande réalise successivement trois opérations: elle calcule les distances de Levenshtein entre les textes, afin d'en établir la matrice (programme distances); puis elle interprète cette matrice à l'aide de l'algorithme neighbor-joining, qui en déduit un arbre non enraciné (seconde étape du programme distances); enfin, elle dessine cet arbre et l'exporte au format ps (grâce au programme drawtree). OPTIONS Avant de commencer les calculs, vous devez choisir le statut que vous accordez aux différences orthographiques: * Si vous répondez 1, vous ne tenez pas compte des différences orthographiques entre les textes, donc "e" est considéré comme la même chose que "ae", "nm" que "mm", "np" que "mp", ainsi que pour toutes les autres assimilations de consonnes. * Si vous répondez 2, les distances sont établies en considérant qu'une différence entre "ae" et "e", une différence entre "nm" et "mm" (ou toute autre assimilation de consonnes) vaut la moitié d'une différence réelle entre deux lettres. Dans tous les cas, il convient de représenter par le caractère * les lettres illisibles: ce caractère est traité comme la moitié d'une différence réelle (mais comme cette différence existe par rapport à tous les textes, elle n'affecte que très peu la classification finale). Le répertoire EXEMPLE contient des textes correspondant au poème final du De Nuptiis Philologiae et Mercurii de Martianus Capella (chaque titre de fichier correspondant à un sigle de manuscrit). Pour tester le programme, lancez la commande calcul sur ce répertoire : ./calcul EXEMPLE/